Đây là lệnh cmtk-groupwise_affine có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
groupwise_affine - Đăng ký dân số liên kết
SYNOPSIS
groupwise_affine [tùy chọn] image0 [image1 ...]
MÔ TẢ
Công cụ này đăng ký một tập hợp các hình ảnh đầu vào đồng thời, không có khuôn mẫu, bằng cách sử dụng
thuật toán 'đông tụ' hoặc một biện pháp tương tự theo nhóm dựa trên một liên tục
xấp xỉ thông tin lẫn nhau ('RMI').
LỰA CHỌN
Toàn cầu Toolkit Các lựa chọn (những đang chia sẻ by tất cả các CMTK công cụ)
--Cứu giúp
Viết danh sách các tùy chọn dòng lệnh cơ bản vào đầu ra tiêu chuẩn.
- trợ giúp tất cả
Viết danh sách đầy đủ các tùy chọn dòng lệnh cơ bản và nâng cao vào đầu ra tiêu chuẩn.
--wiki
Viết danh sách các tùy chọn dòng lệnh vào đầu ra tiêu chuẩn trong đánh dấu MediaWiki.
--Đàn ông
Viết nguồn trang người đàn ông trong đánh dấu 'nroff' cho đầu ra tiêu chuẩn.
--phiên bản
Viết phiên bản bộ công cụ ra đầu ra tiêu chuẩn.
--echo
Viết dòng lệnh hiện tại vào đầu ra tiêu chuẩn.
--verbose cấp
Đặt mức độ chi tiết.
--dài dòng, -v
Mức độ chi tiết tăng lên 1 (không dùng nữa; được hỗ trợ cho khả năng tương thích ngược).
--chủ đề
Đặt số lượng luồng song song tối đa (cho luồng POSIX và OpenMP).
Đăng Ký metric Các lựa chọn
--rmi
Sử dụng chỉ số RMI (hay còn gọi là thông tin chung theo khu vực) để thúc đẩy đăng ký).
--đông lại
Sử dụng thuật toán đông tụ bằng cách sử dụng các entropi ngăn xếp pixelwise để điều khiển
đăng ký. [Cái này is các vỡ nợ]
Template Hình ảnh Các lựa chọn
--bản mẫu , -t
Nhập tên tệp cho hình ảnh mẫu được xác định trước. [Vỡ nợ: KHÔNG AI]
--template-với-dữ liệu , -T
Sử dụng dữ liệu pixel của hình ảnh mẫu do người dùng cung cấp trong đăng ký [Vỡ nợ: Vô hiệu hóa]
Đầu ra Các lựa chọn
--output-root , -O
Thư mục gốc cho tất cả các tệp đầu ra. [Vỡ nợ: KHÔNG AI]
- đầu ra , -o
Tên tệp đầu ra cho kho lưu trữ đăng ký theo nhóm. [Vỡ nợ: theo nhóm.xforms ]
- đầu ra-trung bình
Tên tệp đầu ra cho hình ảnh trung bình đã đăng ký. [Vỡ nợ: trung bình.nii ]
- trung bình-tuyến tính
Sử dụng nội suy tuyến tính cho hình ảnh trung bình [Cái này is các vỡ nợ]
- trung bình-khối
Sử dụng phép nội suy khối cho hình ảnh trung bình
- không có đầu ra-trung bình
Không ghi hình ảnh trung bình.
Đa giải pháp Thông số
--downsample-từ , -d
Hệ số lấy mẫu xuống ban đầu [Vỡ nợ: 4]
--downsample-to , -D
Hệ số lấy mẫu cuối cùng. [Vỡ nợ: 1]
- mật độ lấy mẫu , -s
Mật độ lấy mẫu theo xác suất. Giá trị pháp lý từ 0 đến 1. [Vỡ nợ: Vô hiệu hóa]
Hình ảnh Các lựa chọn và Hoạt động
--lực-nền , -B
Buộc các pixel nền (bên ngoài FOV) thành giá trị (bin) đã cho. [Vỡ nợ: Vô hiệu hóa]
- histogram-thùng , -H
Đặt thủ công số lượng ngăn biểu đồ để đánh giá entropy [Vỡ nợ: Vô hiệu hóa]
--crop-biểu đồ
Cắt biểu đồ hình ảnh để sử dụng tốt hơn các thùng biểu đồ.
--mịn màng
Sigma của hạt nhân làm mịn Gaussian trong bội số kích thước pixel của hình ảnh mẫu.
[Vỡ nợ: Vô hiệu hóa]
--match-histogram
Khớp tất cả các biểu đồ hình ảnh với dữ liệu mẫu (hoặc hình ảnh đầu tiên, nếu không có hình ảnh mẫu nào
được cho)
- miễn phí và đọc lại
Bộ nhớ trống được phân bổ cho hình ảnh gốc bất cứ khi nào không cần thiết và đọc lại
các tệp hình ảnh khi cần thiết. Điều này có thể hữu ích khi chạy trên máy có giới hạn
tài nguyên bộ nhớ.
Chuyển đổi Thông số
--dofs [, , ...]
Thêm DOF vào danh sách [mặc định: một lần, 6 DOF]
--tổng bằng không, -z
Thực thi phép tính tổng bằng không.
--bình thường-nhóm-đầu tiên-n , -N
N hình ảnh đầu tiên thuộc nhóm bình thường và nên được đăng ký không thiên vị.
[Vỡ nợ: 0]
--zero-sum-first-n , -Z
Thực thi phép tính tổng bằng XNUMX cho N hình ảnh đầu tiên. [Vỡ nợ: Vô hiệu hóa]
Chuyển đổi Khởi tạo
- hộp bao quanh thiết kế
Ban đầu căn chỉnh tâm của các hộp giới hạn của tất cả các hình ảnh bằng các bản dịch [Cái này is các
vỡ nợ]
--align-center-of-mass
Ban đầu căn chỉnh các khối tâm bằng phép tịnh tiến
- quy mô đơn vị
Khởi tạo hệ số tỷ lệ bằng cách sử dụng các khoảnh khắc bậc nhất
Tối ưu hóa Thông số
--thăm dò , -e
Khám phá sự tối ưu hóa theo pixel [Vỡ nợ: 0.25]
--sự chính xác , -a
Độ chính xác của tối ưu hóa tính bằng pixel [Vỡ nợ: 0.01]
- cấp tốc độ , -r
Số lần lặp lại trên mỗi cấp độ tối ưu hóa [Vỡ nợ: 5]
- yếu tố bước , -S
Yếu tố bước để tối ưu hóa liên tiếp vượt qua [Vỡ nợ: 0.5]
--delta-f-ngưỡng
Ngưỡng tùy chọn để kết thúc (cấp độ) tối ưu hóa nếu mục tiêu thay đổi tương đối
hàm giảm xuống dưới giá trị này. [Vỡ nợ: 0]
- vô hiệu hóa-tối ưu hóa
Tắt tối ưu hóa và xuất cấu hình ban đầu.
TÁC GIẢ
Torsten Rohlfing, với sự đóng góp của Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B.Russakoff và Yaroslav Halchenko
Sử dụng cmtk-groupwise_affine trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
