Đây là lệnh tiêu hóa có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
tiêu hóa - Các báo cáo về vị trí phân cắt enzym phân giải protein hoặc thuốc thử
SYNOPSIS
tiêu -seqall tiếp theo -mwdata tập tin dữ liệu -thực đơn -bệnh tăng bạch cầu đơn nhân boolean -không ưa thích boolean
- rách rưới boolean -termini -chồng chéo boolean -tất cả các bên boolean
-outfile báo cáo
tiêu -Cứu giúp
MÔ TẢ
tiêu là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Protein: Motifs".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-seqall tiếp theo
-mwdata tập tin dữ liệu
Dữ liệu trọng lượng phân tử cho các axit amin Giá trị mặc định: Emolwt.dat
Yêu cầu phần
-thực đơn
Giá trị mặc định: 1
-bệnh tăng bạch cầu đơn nhân boolean
Giá trị mặc định: N
Nâng cao phần
-không ưa thích boolean
Trypsin thường sẽ không bị cắt sau 'KR' nếu chúng được theo sau bởi bất kỳ 'KRIFLP' nào.
Lys-C thường sẽ không bị cắt sau 'K' nếu nó được theo sau bởi 'P'. Arg-C sẽ không
thường được cắt sau 'R' nếu nó được theo sau bởi 'P'. V8-bicarb thường sẽ không bị cắt sau
'E' nếu nó được theo sau bởi bất kỳ 'KREP' nào. V8-phosph thường sẽ không bị cắt sau 'DE' nếu
chúng được theo sau bởi 'P'. Chymotrypsin thường sẽ không bị cắt sau 'FYWLM' nếu chúng
theo sau là 'P'. Việc chỉ định không có hương vị cho thấy các vết cắt không có hương vị này cũng như
những người được ưu ái.
- rách rưới boolean
Cho phép tiêu hóa bán đặc hiệu và không đặc hiệu. Tùy chọn này đặc biệt hữu ích
để tạo danh sách các trình tự peptit để xác định protein bằng cách sử dụng
khối phổ.
-termini
Giá trị mặc định: 1
Đầu ra phần
-chồng chéo boolean
Được sử dụng để tiêu hóa một phần. Hiển thị tất cả các đoạn cắt từ các vị trí cắt ưa thích cộng với 1..3, 2..4,
3..5 vv nhưng không phải (ví dụ) 2..5. Do đó, phần chồng chéo là các phần có chính xác một
trang web cắt tiềm năng bên trong nó.
-tất cả các bên boolean
Đối với chồng chéo nhưng các đoạn có nhiều hơn một vị trí cắt tiềm năng được bao gồm.
-outfile báo cáo
Sử dụng tiêu hóa trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
