Đây là lệnh dsimulator có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
dsimulator - tạo các lần đọc tổng hợp cho một bộ gen ngẫu nhiên
SYNOPSIS
giả lập genlen: gấp đôi [-cgấp đôi (20.)] [-bgấp đôi (.5)] [-rint] [-mint(10000)]
[-sint(2000)][-xint(4000)] [-egấp đôi (.15)][-Mhồ sơ]
MÔ TẢ
giả lập đầu tiên tạo ra một bộ gen giả có kích thước genlen* Dài 1Mb, có thiên vị AT là
-b. Sau đó, nó tạo ra các lần đọc mẫu có độ dài trung bình -m từ độ dài log-bình thường
phân phối với độ lệch chuẩn -s, nhưng bỏ qua các lần đọc có độ dài nhỏ hơn -x. Nó
thu thập đủ số lần đọc để che bộ gen -c thời gian và giới thiệu -e lỗi phân số thành
mỗi lần đọc trong đó tỷ lệ chèn, xóa và thay thế được thiết lập bởi
hằng số INS_RATE (mặc định 73%) và DEL_RATE (mặc định 20%) trong create.c. Người ta có thể
cũng kiểm soát tốc độ đọc được chọn từ các sợi chuyển tiếp và đảo ngược bằng cách
thiết lập hằng số FLIP_RATE đã xác định (mặc định 50/50). Các -r tùy chọn gieo hạt ngẫu nhiên
bộ tạo số để tạo ra bộ gen để một bộ gen có thể tái tạo
cùng một bộ gen cơ bản để lấy mẫu. Nếu thiếu tham số này, thì id công việc
của lời gọi tạo ra trình tạo số ngẫu nhiên. Đầu ra được gửi đến tiêu chuẩn
đầu ra (tức là nó là một đường ống UNIX). Đầu ra ở định dạng Pacbio .fasta phù hợp làm đầu vào
đến fasta2DB(1). cuối cùng -M tùy chọn yêu cầu tọa độ mà từ đó mỗi lần đọc
đã được lấy mẫu được ghi vào tệp được chỉ định, một dòng trên mỗi lần đọc, được mã hóa ASCII.
Tệp "bản đồ" này về cơ bản cho người ta biết nơi mà mọi lần đọc thuộc về một hội đồng và rất
hữu ích cho mục đích gỡ lỗi và thử nghiệm. Nếu một cặp đọc được nói là b, e thì nếu b <e
đọc được lấy mẫu từ [b, e] theo hướng chuyển tiếp và nếu b> e từ [e, b] trong
hướng ngược lại.
Sử dụng dsimulator trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
