Đây là lệnh ecoPCR có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
ecoPCR - tìm kiếm trình tự và phân loại lai với các đoạn mồi nhất định
SYNOPSIS
sinh tháiPCR [tùy chọn] <hạt nhân mẫu>
MÔ TẢ
ecoPCR là một phần mềm PCR điện tử được phát triển bởi LECA và Helix-Project. Nó giúp
ước tính chất lượng mồi mã vạch.
LỰA CHỌN
-a : Nồng độ muối tính bằng M để tính Tm (mặc định 0.05 M)
-c : Hãy xem xét rằng các trình tự cơ sở dữ liệu là [c] không quan trọng
-d : [D] atabase: để khớp với định dạng mong đợi, cơ sở dữ liệu
phải được hình thành trước bởi định dạng ecoPCR(1) chương trình. định dạng ecoPCR(1) tạo
ba loại tệp:
.sdx: chứa các chuỗi
.tdx: chứa thông tin liên quan đến phân loại
.rdx: chứa thứ hạng phân loại
ecoPCR cần tất cả các loại tệp. Do đó, bạn phải viết cơ sở dữ liệu gốc
mà không có bất kỳ phần mở rộng nào. Ví dụ / ecoPCRDB / gbmam
-D : Giữ số lượng nucleotit xác định ở mỗi bên của silico
trình tự khuếch đại (bao gồm đoạn DNA được khuếch đại cộng với hai mục tiêu
trình tự của các mồi).
-e : [E] rror: lỗi tối đa được cho phép bởi oligonucleotide (0 theo mặc định)
-h : [H] elp - in Cứu giúp
-i : [I] gnore id phân loại đã cho.
Id phân loại có sẵn bằng cách sử dụng chương trình ecofind. xem trợ giúp của nó khi gõ ecofind
-h để biết thêm thông tin chi tiết.
-k : [K] ingdom mode: đặt chế độ vương quốc
chế độ siêu vương quốc theo mặc định.
-l : Minimum [L] ength: xác định độ dài bộ khuếch đại tối thiểu.
-L : max [L] ength: xác định cường độ khuếch đại tối đa.
-m : Phương pháp hiệu chỉnh muối để tính toán Tm (SANTALUCIA: 1
hoặc OWCZARZY: 2, mặc định = 1)
-r : [R] giới hạn tìm kiếm đối với id phân loại đã cho.
Id phân loại có sẵn bằng cách sử dụng chương trình ecofind. xem trợ giúp của nó khi gõ ecofind
-h để biết thêm thông tin chi tiết.
đối số đầu tiên: oligonucleotide cho sợi trực tiếp
đối số thứ hai: oligonucleotide cho chuỗi ngược
Bảng mô tả kết quả:
cột 1: số gia nhập
cột 2: độ dài trình tự
cột 3: id phân loại
cột 4: xếp hạng
cột 5: id phân loại loài
cột 6: tên khoa học
cột 7: id phân loại chi
cột 8: tên chi
cột 9: id phân loại gia đình
cột 10: họ
cột 11: id phân loại siêu vương quốc
cột 12: tên siêu vương quốc
cột 13: sợi (trực tiếp hoặc đảo ngược)
cột 14: oligonucleotide đầu tiên
cột 15: số lỗi cho sợi đầu tiên
cột 16: Tm để lai mồi 1 tại vị trí này
cột 17: oligonucleotide thứ hai
cột 18: số lỗi cho sợi thứ hai
cột 19: Tm để lai mồi 1 tại vị trí này
cột 20: chiều dài khuếch đại
cột 21: trình tự
cột 22: định nghĩa
Sử dụng ecoPCR trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
