exonerate-server - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

exonerate-server - một máy chủ so sánh trình tự cho exonerate

SYNOPSIS

máy chủ minh oan [ lựa chọn ] <chỉ mục đường dẫn>

MÔ TẢ

máy chủ minh oan là một máy chủ đa luồng cho chương trình căn chỉnh trình tự miễn phí.

Nó sử dụng một tập hợp các trình tự và một tệp chỉ mục tương ứng để cho phép nhanh chóng các bộ dữ liệu lớn.

TỔNG QUAN

Thứ nhất, một .esd tệp phải được tạo từ các tệp trình tự. Các .esd tệp là một Exonerate
Tệp Tập dữ liệu trình tự và có thể được sử dụng để nhóm lại với nhau bất kỳ tập hợp trình tự nào trong đó mỗi
chuỗi chứa các số nhận dạng duy nhất. Điều này được thực hiện bằng cách sử dụng fasta2esd tiện ích.

fasta2esd bộ gen.fasta bộ gen.esd

Tiếp theo, một .esi hồ sơ của tôi được làm từ .esd tập tin. Các .esi tệp là một trình tự Exonerate
Tệp chỉ mục và chứa một chỉ mục hoặc tập hợp các chỉ số tương ứng với một tập dữ liệu cụ thể.
Điều này được thực hiện bằng cách sử dụng esd2esi tiện ích.

esd2esi bộ gen.esd bộ gen.esi

Một khi các .esi tệp đã được tạo, máy chủ exonerate có thể được khởi động.

máy chủ minh oan bộ gen.esi

Trong khi máy chủ đang chạy, exonerate có thể được sử dụng để truy vấn máy chủ bằng cách thay thế
trình tự đích trong dòng lệnh với tên của máy chủ và số cổng. Các
số cổng mặc định cho exonerate-server là 12886.

tha truy vấn.fasta localhost: 12886

LỰA CHỌN

Một số tùy chọn dòng lệnh cho exonerate-server cũng giống như đối với
khách hàng exonerate và những điều này được ghi lại trong trang người đàn ông cho tha. Sản phẩm
các tùy chọn khác dành riêng cho máy chủ minh oan được ghi lại ở đây.

--Hải cảng
Chỉ định cổng mà máy chủ sẽ lắng nghe. Theo mặc định, máy chủ minh oan
sẽ lắng nghe trên cổng 12886, nhưng các cổng thay thế có thể được chỉ định với tùy chọn này.

--đầu vào <chỉ mục tập tin>
Chỉ định tệp chỉ mục sẽ được sử dụng khi máy chủ được khởi động. Tùy chọn này là
bắt buộc. Tệp chỉ mục là một .esi tệp được tạo bởi esd2esi tiện ích.

- tải trước
Theo mặc định, các chỉ số có trong .esi tệp và các trình tự được tham chiếu trong
tương ứng .esd tệp được tải vào bộ nhớ khi máy chủ được khởi động.
Điều này là cần thiết để đạt được hiệu suất nhanh chóng mà nếu không sẽ bị cản trở bởi
truy cập đĩa thường xuyên. Tùy chọn này cho phép tải trước chỉ mục và trình tự
bị tắt, điều này cho phép máy chủ chạy chậm hơn nhiều, nhưng nhanh hơn
khởi động và bộ nhớ nhỏ hơn. Không nên tắt tải trước
trừ khi kiểm tra hoặc gỡ lỗi máy chủ.

--các kết nối tối đa
Máy chủ là đa luồng. Tùy chọn này đặt số lượng khách hàng xử lý
được phép kết nối với máy chủ đồng thời. Để có hiệu suất tốt, nó
không được đặt thành nhiều hơn số CPU trên máy mà trên đó
máy chủ đang chạy.

--sự dài dòng
Đặt mức độ chi tiết cho máy chủ. Nếu nó bằng XNUMX, máy chủ sẽ im lặng,
và con số càng cao, máy chủ càng báo cáo nhiều thông báo về những gì
đang xảy ra.

GIAO DIỆN

Phần này ghi lại giao diện liên lạc giữa
máy khách và máy chủ. Giao diện được tài liệu cho những người muốn viết
máy chủ tùy chỉnh của riêng họ để ngồi đằng sau exonerate - đối với việc sử dụng exonerate thông thường, nó
là không cần thiết để biết điều này.

Giao diện hoạt động bằng cách máy khách gửi các dòng lệnh đơn giản và máy chủ gửi
dòng trả lời đơn giản trên một ổ cắm. Tất cả các lệnh và câu trả lời là các dòng đơn giản của ASCII
văn bản, vì vậy có thể sử dụng telnet làm máy khách để kiểm tra máy chủ.

Bất kỳ lệnh nào cũng là một dòng văn bản, nhưng một câu trả lời có thể chứa nhiều dòng văn bản. Các
câu trả lời ở dạng :

Bất kỳ câu trả lời nào cũng có thể bao gồm các dòng có thẻ cảnh báo: or lỗi: Kia là cảnh báo: và lỗi: thẻ
được ứng dụng khách lặp lại và ứng dụng khách sẽ thoát ra sau khi nhận được bất kỳ lỗi: Đáp lại.

Khi máy chủ trả về câu trả lời nhiều dòng, dòng đầu tiên phải hiển thị số
các dòng trong toàn bộ câu trả lời như: số lượng dòng: Ví dụ, hãy xem các câu trả lời từ được
hsp trong phiên ví dụ bên dưới.

Máy khách sẽ chỉ mở một kết nối duy nhất đến bất kỳ máy chủ nào, mặc dù đa luồng
rõ ràng là cần có máy chủ để cho phép nhiều máy khách kết nối đồng thời.

Lệnh và trả lời đã sử dụng in cho các diệnngười dùng.
command: phiên bản
Trả lời: phiên bản

command: ra
Trả lời: (không trả lời - máy chủ đóng kết nối)

command: thông tin db
Trả lời: dbinfo:

Sản phẩm thông tin db lệnh trả về thông tin về cơ sở dữ liệu được tải trên máy chủ.
Các trường được trả về là:

dna hoặc protein
có mặt nạ mềm hoặc không có mặt nạ
số lượng trình tự trong cơ sở dữ liệu
độ dài của chuỗi dài nhất trong cơ sở dữ liệu
tổng độ dài của tất cả các chuỗi trong cơ sở dữ liệu

command: tra cứu
Trả lời: tra cứu:

Lệnh tra cứu được sử dụng để ánh xạ một mã định danh bên ngoài với một
định danh.

command: được Thông tin
Trả lời: seqinfo: [ ]

Lệnh get info trả về thông tin về một chuỗi trong cơ sở dữ liệu. Các
các trường được trả về là:

độ dài trình tự
một tổng kiểm tra định dạng gcg (xem bên dưới)
id bên ngoài (ví dụ: từ tiêu đề fasta)
một dòng mô tả cho trình tự (cũng từ fasta
header), trường này là tùy chọn và có thể được bỏ qua.

command: được seq
Trả lời: seq:

Lệnh get seq trả về một chuỗi toàn bộ trên một dòng.

command: được subq
Trả lời: subsq:

Lệnh get subq trả về một phần của chuỗi. Bắt đầu của trình tự là
vị trí số không. ví dụ. get subq 0 0 10 sẽ trả về 10 cơ sở đầu tiên của
trình tự đầu tiên trong cơ sở dữ liệu.

command: định truy vấn
Trả lời: ok:

Lệnh truy vấn seq được sử dụng để gửi một chuỗi truy vấn đến máy chủ. Nó
trả về độ dài của chuỗi và tổng kiểm tra gcg

command: biên dịch lại
Trả lời: ok: sợi dây

Lệnh truy vấn revcomp làm cho máy chủ bổ sung ngược lại cho truy vấn. Cái này
là tiết kiệm băng thông của việc gửi truy vấn hai lần.

Lệnh mục tiêu revcomp là để yêu cầu máy chủ coi cơ sở dữ liệu là
bổ sung ngược. Máy khách chỉ gửi lệnh này khi tìm kiếm
cơ sở dữ liệu đã dịch, vì vậy không cần thực hiện cho hầu hết các loại tìm kiếm.

command: định tiền của tôi
Trả lời: ok:

Lệnh set tham số gửi các tham số từ dòng lệnh exonerate tới
máy chủ. Tất cả các lệnh này đều có thể bị khách hàng bỏ qua vì lý do cơ bản
thực hiện, nhưng không thể bỏ qua để đạt hiệu quả tối ưu.

command: được hsp
Trả lời: hspset: { }
Hoặc: hspset: trống

Lệnh get hsps là lệnh chính để lấy các tập hợp hsps. Máy chủ
có thể trả về nhiều hspsets. Các trường được trả về là:

Id nội bộ của chuỗi đích cho các HSP này.
Vị trí bắt đầu truy vấn hsp
Vị trí bắt đầu mục tiêu hsp
Chiều dài hsp

Ba trường cuối cùng đại diện cho một HSP và có thể được lặp lại nhiều lần trên một
hspset: dòng trả lời.

A đơn giản ví dụ khách hàng máy chủ thoại.
% mạng máy chủ cục bộ 12886
Đang thử 127.0.0.1 ...
Đã kết nối với localhost.localdomain.
Ký tự thoát là '^]'.
% phiên bản
phiên bản: exonerate-server 2.0.0
% dbthông tin
dbinfo: mặt nạ mềm dna 100000 1701 38113579
% tra cứu AA159529.1
tra cứu: 88065
% nhận thông tin 88065
seqinfo: 62 2028 AA159529.1 zo72g05.s1 Tuyến tụy tầng (# 937208) Homo sapiens cDNA
% lấy seq 88065
tiếp theo: NAACTCATCNTTTTCTGCCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
% nhận được subq 88065 10 20
subq: TTTTCTGCTGNATCCTCTTC
% set truy vấn NAACTCATCNTTTTCTGCTGNATCCTCTTCACCAGTTTGGGGGANGGCCTGCACTTCCANAG
được rồi: 62 2028
% nhận hsp
số lượng dòng: 15
hspset: 12423 1 349 41
hspset: 44900 1 356 47
hspset: 61781 1 358 41 36 392 26
hspset: 70065 1 349 41 36 383 26
hspset: 88065 1 1 61
hspset: 91032 1 357 41 36 391 26
hspset: 91442 1 350 41 36 384 26
hspset: 92971 1 348 41 36 382 26
hspset: 94311 1 375 41
hspset: 95381 1 346 41 36 380 26
hspset: 96808 10 385 32 36 410 26
hspset: 88449 18 11 22
hspset: 91036 6 6 56
hspset: 93736 36 400 26
% revcomp truy vấn
ok: truy vấn chuỗi revcomp
% nhận hsp
số lượng dòng: 6
hspset: 12564 0 64 26 20 83 41
hspset: 61780 0 266 61
hspset: 29148 0 116 61
hspset: 25849 15 445 22
hspset: 93938 26 265 34
% lối ra
Kết nối bị đóng bởi máy chủ nước ngoài.

MÔI TRƯỜNG

Chưa được ghi lại.

VÍ DỤ

1. Ví dụ về cách tạo một chỉ mục đã dịch và chạy tìm kiếm protein2genome nhanh chóng bằng cách sử dụng
máy chủ minh oan

fasta2esd con người.genomic.fasta con người.genomic.esd esd2esi --dịch vâng human.genomic.esd
con người.genomic.trans.esi máy chủ minh oan --cổng 1234 con người.genomic.trans.esi tha
pep.fasta localhost: 1234 - model p2g --seedrepeat 3 --geneseed 250

PHIÊN BẢN

Tài liệu này đi kèm với phiên bản 2.2.0 của gói exonerate.

Sử dụng máy chủ exonerate trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net