faidx - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

faidx - Tìm nạp chuỗi từ FASTA

SYNOPSIS

faidx [-h] [-b GIƯỜNG] [-o OUT] [-i {bed, chromsizes, nucleotide, transposed}] [-c] [-r] [-n |
-NS] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ] [-d DELIMITER] [-g REGEX] [-m | -NS] [--phiên bản] fasta
[khu vực [khu vực ...]]

MÔ TẢ

Tìm nạp trình tự từ FASTA. Nếu không có vùng nào được chỉ định, tất cả các mục nhập trong tệp đầu vào là
trả lại. Tệp FASTA đầu vào phải được bao dòng nhất quán và bao bọc dòng của đầu ra
dựa trên độ dài dòng đầu vào.

LỰA CHỌN

Vị trí đối số
tệp fasta FASTA

vùng
các vùng được phân tách bằng dấu cách của trình tự để tìm nạp, ví dụ: chr1: 1-1000

Tùy chọn đối số
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát

-b GIƯỜNG, --Giường GIƯỜNG
hồ sơ giường của các vùng

-o NGOÀI, --ngoài OUT
tên tệp đầu ra (mặc định: stdout)

-i {giường, kích thước crom, nucleotide, chuyển vị}, --biến đổi
{giường, kích thước crom, nucleotide, chuyển vị}
chuyển đổi các vùng được yêu cầu thành một định dạng khác. mặc định: Không có

-c, --bổ sung
bổ sung cho trình tự. mặc định: Sai

-r, --đảo ngược
đảo ngược trình tự. mặc định: Sai

-n, --Không có tên
bỏ qua tên trình tự khỏi đầu ra. mặc định: Sai

-f, --tên đầy đủ
xuất tên đầy đủ bao gồm cả mô tả. mặc định: Sai

-x, --split-tệp
ghi mỗi vùng vào một tệp riêng biệt (tên được lấy từ các vùng)

-l, --lười biếng
điền vào --default-seq cho các phạm vi bị thiếu. mặc định: Sai

-s DEFAULT_SEQ, --default-seq DEFAULT_SEQ
cơ sở mặc định cho các vị trí bị thiếu và mặt nạ. mặc định: N

-d dấu phân cách, --dấu phân cách PHÂN BIỆT
dấu phân tách để tách tên thành nhiều giá trị (tên trùng lặp sẽ là
loại bỏ). mặc định: Không có

-g ĐĂNG KÝ, --regex ĐĂNG KÝ
biểu thức chính quy để lọc các tên chuỗi không khớp. vỡ nợ: .*

-m, --mask-with-default-seq
che tệp FASTA bằng cách sử dụng --default-seq mặc định: Sai

-M, - mặt nạ theo từng trường hợp
che tệp FASTA bằng cách thay đổi thành chữ thường. mặc định: Sai

--phiên bản
in số phiên bản pyfaidx

Sử dụng faidx trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net