Đây là lệnh fastaq-filter có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
fastaq_filter - Lọc các chuỗi để lấy một tập hợp con của chúng
MÔ TẢ
cách sử dụng: fastaq_filter [tùy chọn]
Lọc tệp trình tự theo độ dài trình tự và / hoặc theo tên phù hợp với biểu thức chính quy
vị trí tranh luận:
infile Tên của tập tin đầu vào sẽ được lọc
ô uế
Tên của tệp đầu ra
không bắt buộc tranh luận:
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát
--Độ dài nhỏ nhất INT
Độ dài tối thiểu của trình tự để giữ [0]
--max_length INT
Độ dài tối đa của trình tự để giữ [inf]
--regex ĐĂNG KÝ
Nếu được cung cấp, chỉ những lần đọc có tên phù hợp với biểu thức chính quy sẽ được giữ lại
--ids_file TÊN TỆP
Nếu được cung cấp, chỉ những lần đọc có ID trong tệp đã cho sẽ được sử dụng. Một ID trên mỗi dòng của
tập tin.
-v, --đảo ngược
Chỉ giữ lại các chuỗi không khớp với bộ lọc
Mate hồ sơ cho đọc cặp lựa chọn:
--mate_in TÊN TỆP
Tên của tệp đầu vào của bạn tình. Nếu sử dụng, cũng phải cung cấp --mate_out
--mate_out TÊN TỆP
Tên của tệp đầu ra của bạn tình
--both_mate_pass
Theo mặc định, nếu một trong hai người vượt qua bộ lọc, thì cả hai đều đọc đầu ra. Sử dụng cờ này để
yêu cầu cả hai lần đọc của một cặp đều vượt qua bộ lọc
Sử dụng bộ lọc fastaq trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
