Đây là lệnh gap5 có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi, chẳng hạn như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gap5 - Chương trình lắp ráp bộ gen (một phần của gói staden)
SYNOPSIS
gap5 [-ro] [-maxseq ] [-maxdb ] [-skip_notes] [CƠ SỞ DỮ LIỆU_NAME.V]
MÔ TẢ
Gap5 là một chương trình lắp ráp bộ gen. Chương trình chứa tất cả các công cụ sẽ
mong đợi từ một chương trình lắp ráp cộng với nhiều tính năng độc đáo và rất dễ sử dụng
giao diện. Phiên bản gốc được mô tả trong Bonfield, JK, Smith, KF và Staden, R. MỘT
chương trình lắp ráp trình tự DNA mới. Axit nucleic Res. 24, 4992-4999 (1995)
Gap5 rất lớn và mạnh mẽ. Mọi người sử dụng một tập hợp con các tùy chọn và có
cách truy cập và sử dụng chúng yêu thích. Mặc dù có rất nhiều trong số đó, nhưng người dùng
được khuyến khích xem qua toàn bộ tài liệu một lần, chỉ để khám phá
có thể, và cách phù hợp nhất với công việc của họ. Ít nhất, toàn bộ điều này
Nên đọc chương giới thiệu vì về lâu dài sẽ tiết kiệm thời gian.
LỰA CHỌN
-ro Chỉ đọc
-maxseq N
Tổng độ dài đồng thuận tối đa ban đầu
-maxdb N
Số đường viền + số đọc tối đa ban đầu
-(Không kiểm tra
(Không) chạy Kiểm tra Cơ sở dữ liệu khi mở DB
- (no_) executive_notes
(Không) thực hiện ghi chú MỞ / ĐÓNG CỬA khi cơ sở dữ liệu mở
- (no_) rawdata_note
(Không) sử dụng ghi chú RAWD thay vì RAWDATA env. Biến đổi
- (no_) csel
(Không) khởi động bộ chọn contig khi mở db
-trưng bày
X Hiển thị để sử dụng
-bitsize N
Chỉ định kích thước bit của tệp aux cho cơ sở dữ liệu mới (32/64)
-đồng bộ hóa Sử dụng chế độ đồng bộ cho máy chủ hiển thị (gỡ lỗi)
-- Kết thúc danh sách đối số
Sử dụng gap5 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
