gdcm2vtk - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gdcm2vtk - Chuyển đổi tệp được VTK hỗ trợ thành DICOM.

SYNOPSIS

gdcm2vtk [tùy chọn] tệp vào tệp ra

MÔ TẢ

Sản phẩm gdcm2vtk lấy làm đầu vào cho bất kỳ tệp nào được VTK hỗ trợ (bao gồm cả tệp DICOM) và sẽ
tạo ra dưới dạng tệp DICOM.

THÔNG SỐ

tên tệp đầu vào file-in (hỗ trợ DICOM hoặc VTK)

tên tệp đầu ra ra tệp (hỗ trợ DICOM hoặc VTK)

LỰA CHỌN

riêng lựa chọn
bán lại lực lượng --force-rescale.
- giãn cách lực-force-spacing.
--palette-color khi được hỗ trợ tạo tệp PALETTE COLOR.
--argb khi được hỗ trợ tạo tệp ARGB.
--compress khi được hỗ trợ tạo tệp nén.
--use-vtkdicom Sử dụng vtkDICOMImageReader (thay vì GDCM).
--modality đặt Phương thức.
--lower-left đặt phía dưới bên trái.
- shift set shift.
--cale set scale.
- nén bộ nén (MetaIO).
-T --study-uid Nghiên cứu UID.
-S --series-uid Dòng UID.
--root-uid UID gốc.

nén lựa chọn
-J --jpeg Nén hình ảnh trong jpeg.
-K --j2k Nén hình ảnh trong j2k.
-L --jpegls Nén hình ảnh trong jpeg-ls.
-R --rle Nén hình ảnh trong rle (chỉ không mất dữ liệu).

chung lựa chọn
-h - trợ giúp
in văn bản trợ giúp này và thoát

-v --version
in thông tin phiên bản và thoát

-V --dài dòng
chế độ tiết (cảnh báo + lỗi).

-W - cảnh báo
chế độ cảnh báo, in thông tin cảnh báo

-E --lỗi
chế độ lỗi, thông tin lỗi in

-D --gỡ lỗi
chế độ gỡ lỗi, in thông tin gỡ lỗi

môi trường biến
GDCM_ROOT_UID UID gốc

MÔ TẢ

Chuyển đổi tệp được VTK hỗ trợ thành DICOM.

Cách sử dụng điển hình là:

$ gdcm2vtk đầu ra tệp đầu vào.dcm

Nó sử dụng cơ chế nhà máy nội bộ của VTK để nhận dạng tệp (chức năng CanRead). Nhìn thấy
Tệp được hỗ trợ VTK tại đây:

VTK có thể đọc và ghi những định dạng tệp hình ảnh nào? http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ# What_image_file_formats_can_VTK_read_and_write.3F

Nếu tệp đầu vào của bạn có 4 thành phần, thì thành phần thứ 4 (alpha) sẽ bị xóa khỏi đầu ra
tệp như DICOM không hỗ trợ thành phần alpha nữa (xem tùy chọn –argb).

Đặc biệt chú ý đến định dạng tệp sau:

1. DICOM: Direction Cosines và vtkMedicalImageInformation được chuyển đến đầu ra
2. BMP: Tệp có thể được lưu bằng Bảng tra cứu (xem --palette-color)
3. GE Signa: vtkMedicalImageProperties được chuyển đến đầu ra
4. MINC: Định hướng Cosin được chuyển đến đầu ra
5. TIFF: vtkTIFFReader hiện đang ở trong tình trạng xấu trong VTK (hành vi khác nhau trong VTK 5.2 và git / master). Chỉ sử dụng nó, nếu bạn biết bạn đang làm gì.

CHUYỂN ĐỔI Siêu hình ảnh (mhd, mha)
$ gdcm2vtk tệp đầu vào đầu ra.mha

Lệnh này sẽ chuyển đổi tệp DICOM đầu vào: inputfile thành tệp MetaImage .mha. Tương tự
đi cho tệp .mhd.

CHUYỂN ĐỔI MHA / MHD
$ gdcm2vtk tệp đầu vào đầu ra.mha

or

$ gdcm2vtk tệp đầu vào đầu ra.mhd

Lệnh này sẽ chuyển đổi tệp DICOM đầu vào: inputfile thành MetaImageData .mha / .mhd
tập tin.

CHUYỂN ĐỔI TIV
$ gdcm2vtk tệp đầu vào đầu ra.vti

Lệnh này sẽ chuyển đổi tệp DICOM đầu vào: inputfile thành tệp XML VTK ImageData .vti
tập tin.

CHUYỂN ĐỔI VTK
$ gdcm2vtk đầu vào tệp đầu ra.vtk

Lệnh này sẽ chuyển đổi tệp DICOM đầu vào: inputfile thành một VTK cũ có cấu trúc
Tệp PointSets .vtk.

CHUYỂN ĐỔI DICOM

$ gdcm2vtk đầu vào.dcm đầu ra.dcm

vtkGDCMImageReader sẽ được sử dụng để đọc trong tệp DICOM, không phải là tệp mặc định
vtkDICOMImageReader. Xem tùy chọn –use-vtkdicom để sử dụng vtkDICOMImageReader.

KHỨ HỒI DICOM ĐẾN MHD ĐẾN DICOM

$ gdcm2vtk đầu vào_ybr.dcm đầu ra.mhd
$ gdcm2vtk --modality US - định dạng hình ảnh 7 output.mhd output.dcm

Sự tái khảo sát ở trên cho thấy cách chuyển đổi một DICOM bằng cách sử dụng Diễn giải trắc quang của
YBR_FULL (hoặc thậm chí YBR_FULL_422 bị mất dữ liệu) thành một định dạng tệp khác: MetaImage (mhd). Từ
định dạng tệp này không xử lý không gian màu, chúng tôi phải đặt nó một cách rõ ràng bằng cách sử dụng
–Imageformat tùy chọn dòng lệnh. Tùy chọn dòng lệnh –modality là bắt buộc trong
vì họ Lớp lưu trữ hình ảnh chụp thứ cấp mặc định không cho phép YBR
Phiên dịch trắc quang.

GDCM2VTK GHI CHÚ

LƯU Ý QUAN TRỌNG: Cấu trúc VTK nội bộ sẽ được điền từ DICOM đầu vào, sau đó
chuyển đến đầu ra DICOM nhà văn. Một số thông tin có thể bị mất trong quá trình chuyển đổi
DICOM đến VTK đến DICOM. Tùy chọn này chủ yếu được sử dụng để kiểm tra
kết hợp vtkGDCMImageReader / vtkGDCMImageWriter.

LƯU Ý QUAN TRỌNG: Khi chuyển đổi từ định dạng mất dữ liệu chẳng hạn như JPEG, thông tin về
mất mát là quan trọng. DICOM đầu ra sẽ chứa Hình ảnh mất mát cần thiết
Thuộc tính nén cho biết rằng hình ảnh đã bị nén ở đâu đó dọc theo
đường ống dẫn. Xem thêm gdcmimg (xử lý JPEG tốt hơn nói chung).

LƯU Ý QUAN TRỌNG: Khi sử dụng –use-vtkdicom, tệp DICOM đầu ra sẽ luôn được viết là
MR Image Storage vì thông tin này không có sẵn từ đầu đọc. Điều này cho phép
thiết lập Hướng hình ảnh (Bệnh nhân) đúng cách.

Sử dụng gdcm2vtk trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net