genome-music-Survivalp - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

genome âm nhạc sống sót - Tạo âm mưu sinh tồn và giá trị P cho lâm sàng và đột biến
các kiểu hình.

PHIÊN BẢN

Tài liệu này mô tả phiên bản sinh tồn của genome âm nhạc 0.04 (2016-01-01 lúc 23:10:18)

SYNOPSIS

genome âm nhạc sinh tồn --bam-list =? --output-dir =? [--maf-file =?] [--skip-im lặng]
[--genetic-data-type =?] [--numeric-Clinical-data-file =?]
[--categorical-Clinical-data-file =?] [--glm-Clinical-data-file =?]
[--phenotypes-to-include =?] [--legend-setting =?] [--skip-non-coding]

... âm nhạc tồn tại \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--numeric-Clinical-data-file /path/myNumericData.tsv \
--categorical-Clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--output-dir / path / output_directory

... âm nhạc tồn tại \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--glm-Clinical-data-file /path/myGLMClinicalData.tsv \
--output-dir / path / output_directory

... âm nhạc tồn tại \
--bam-list /path/myBamList.tsv \
--maf-file /path/myMAF.tsv \
--genetic-data-type 'gene' \
--glm-Clinical-data-file /path/myGlmClinicalData.tsv \
- kiểu hình cần bao gồm 'Chủng tộc, Giới tính, TP53' \
--output-dir / path / output_directory

YÊU CẦU TRANH LUẬN

danh sách bam bản văn
Danh sách các tên mẫu được đưa vào phân tích. (Xem Mô tả)

đầu ra-dir bản văn
Thư mục nơi các tệp đầu ra sẽ được ghi

CHỌN TRANH LUẬN

tệp maf bản văn
Danh sách các đột biến ở định dạng MAF

bỏ qua im lặng Boolean
Bỏ qua các đột biến im lặng khỏi tệp MAF được cung cấp

Giá trị mặc định 'true' nếu không được chỉ định

noskip-im lặng Boolean
Đặt chế độ im lặng bỏ qua 'false'

kiểu dữ liệu di truyền bản văn
Tương quan dữ liệu lâm sàng với dữ liệu mức "gen" hoặc "biến thể"

Giá trị mặc định 'gen' nếu không được chỉ định

số-lâm sàng-dữ liệu-tệp bản văn
Bảng mẫu (y) so với danh mục dữ liệu lâm sàng số (x)

phân loại-lâm sàng-dữ liệu-tệp bản văn
Bảng mẫu (y) so với danh mục dữ liệu lâm sàng phân loại (x)

glm-Clinical-data-file bản văn
Đặc điểm lâm sàng, cấu hình đột biến, dữ liệu lâm sàng hỗn hợp khác (Xem MÔ TẢ).

kiểu hình-to-bao gồm bản văn
Chỉ bao gồm những gen và / hoặc kiểu hình này trong lớp phủ. (COMMA-DELIMITED)

vị trí chú giải bản văn
Chọn một trong các "bottomleft", "topleft", "topright" hoặc "bottomright".

Giá trị mặc định 'bottomleft' nếu không được chỉ định

bỏ qua không mã hóa Boolean
Bỏ qua các đột biến không mã hóa khỏi tệp MAF được cung cấp

Giá trị mặc định 'true' nếu không được chỉ định

noskip-không mã hóa Boolean
Đặt bỏ qua không mã hóa 'false'

MÔ TẢ

Lệnh này thực hiện phân tích tỷ lệ sống sót và vẽ các đường cong tỷ lệ sống sót cho dữ liệu đột biến, như
cũng như bất kỳ đặc điểm lâm sàng nào được quan tâm như được chỉ định thông qua đầu vào - kiểu hình để bao gồm
tham số. Các phân tích được thực hiện bao gồm công cụ ước tính Kaplan-Meier theo sau là Cox
Mô hình mối nguy theo tỷ lệ. Kết quả đầu ra cho mỗi gen / đặc điểm lâm sàng được phân tích bao gồm tỷ lệ sống sót
đường cong, tỷ lệ nguy hiểm (với khoảng tin cậy) và giá trị P và FDR mô tả
tầm quan trọng của sự khác biệt giữa những người sống sót và những người không sống sót.

Tất cả các tệp dữ liệu lâm sàng đều được tìm kiếm theo yêu cầu (không phân biệt chữ hoa chữ thường) "important_status"
và cột "days_to_last_followup" được ghép nối với kiểu hình thông qua ID mẫu cho
Phân tích sống còn. Cột đầu tiên của tất cả các tệp dữ liệu lâm sàng PHẢI chứa mẫu
ID, giống như trong các công cụ MuSiC khác. Theo mặc định, phân tích được thực hiện trên mọi gen hiện diện
trong MAF. Theo tùy chọn, phân tích có thể chỉ giới hạn ở các gen cụ thể bằng cách liệt kê chúng
(được phân tách bằng dấu phẩy) sau tham số đầu vào --phenotypes-to-include. Phân tích sự sống còn có thể
cũng được thực hiện trên các cột khác trong tệp dữ liệu lâm sàng bằng cách thêm các tiêu đề cột
vào danh sách các mục nhập được chỉ định sau tham số đầu vào --phenotypes-to-include.

Dưới đây là một số quy trình chung để tạo tệp đầu vào dữ liệu lâm sàng:

· Các tiêu đề là bắt buộc.

· Cột đầu tiên của mỗi tệp dữ liệu lâm sàng phải chứa các ID mẫu phù hợp với
trong cả danh sách --bam và danh sách biến thể MAF (trong MAF, đây là
Cụ thể là cột Tumor_Sample_Barcode).

· Trong ít nhất một trong các đầu vào tệp dữ liệu lâm sàng, các cột có tiêu đề "important_status"
và "days_to_last_followup" (không phân biệt chữ hoa chữ thường) phải tồn tại. "important_status" phải là
được phân định bởi 1 và 0, trong đó 0 biểu thị 'đang sống' và 1 biểu thị 'đã qua đời'.

Lưu ý rằng tất cả các tệp đầu vào phải được phân tách bằng tab.

TRANH LUẬN

--bam-danh sách
Cung cấp tệp chứa tên mẫu và vị trí BAM bình thường / khối u cho mỗi. Sử dụng
định dạng được phân tách bằng tab [tên_mẫu_bình_bình_băm] trên mỗi dòng. Công cụ này chỉ
cần sample_name, vì vậy có thể bỏ qua tất cả các cột khác. Tên_mẫu phải là
giống như tên mẫu khối u được sử dụng trong tệp MAF (cột thứ 16, với tiêu đề
Khối u_Mẫu_Mã vạch).

Sử dụng genome-music-Survivalp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net