Đây là lệnh glam2-purge có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
glam2-purge - Loại bỏ các chuỗi dư thừa khỏi tệp FASTA
SYNOPSIS
thanh lọc glam2 hồ sơ Điểm số [lựa chọn]
MÔ TẢ
thanh lọc glam2 là phiên bản sửa đổi của Andrew Neuwald purge chương trình loại bỏ dư thừa
trình tự từ một tệp FASTA. Điều này được khuyến khích để ngăn chặn sự tương tự cao
trình tự làm biến dạng việc tìm kiếm họa tiết. Thanh lọc hoạt động với DNA hoặc protein
các chuỗi và tạo một tệp đầu ra sao cho không có hai chuỗi nào có một tệp cục bộ (không có khoảng trống).
điểm căn chỉnh lớn hơn ngưỡng do người dùng chỉ định. Tệp đầu ra được đặt tên
. . Điểm căn chỉnh dựa trên ma trận BLOSUM62 cho protein và trên
Sơ đồ tính điểm +5/-1 cho DNA. Thanh lọc cũng có thể được sử dụng để che giấu sự lặp lại song song. Nó sử dụng
chương trình XNU cho mục đích này.
LỰA CHỌN
-n
Trình tự là DNA (mặc định: protein).
-b
Sử dụng phương pháp blast heuristic (mặc định cho protein).
-e
Sử dụng phương pháp toàn diện (mặc định cho DNA).
-q
Giữ trình tự đầu tiên trong bộ.
-x
Sử dụng xnu để che giấu sự lặp lại song song của protein.
Sử dụng glam2-purge trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
