Đây là lệnh gmx-filter có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-filter - Quỹ đạo bộ lọc tần số, hữu ích để tạo phim mượt mà
SYNOPSIS
bộ lọc gmx [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xtc / .trr / ...>]] [-ồ [<.xtc / .trr / ...>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[hiện nay] [-nf ]
[- [không] tất cả] [- [không] xin lỗi] [-[không phù hợp]
MÔ TẢ
GMX lọc thực hiện lọc tần số trên một quỹ đạo. Hình dạng bộ lọc là cos (pi t / A)
+ 1 từ -A đến + A, trong đó A được cho bởi tùy chọn -nf nhân với bước thời gian trong đầu vào
quỹ đạo. Bộ lọc này giảm 85% biến động với giai đoạn A, với giai đoạn 2 * A là 50%
và với khoảng thời gian 3 * A là 17% để lọc thông thấp. Cả một bộ lọc thông thấp và thông cao
quỹ đạo có thể được viết.
Tùy chọn -ol ghi quỹ đạo lọc thông thấp. Một khung được viết mỗi -nf đầu vào
khung. Tỷ lệ độ dài bộ lọc và khoảng thời gian đầu ra này đảm bảo ngăn chặn tốt
răng cưa của chuyển động tần số cao, rất hữu ích để tạo ra những thước phim mượt mà. Cũng trung bình
thuộc tính tuyến tính trong các tọa độ được giữ nguyên, vì tất cả các khung đầu vào
đều có trọng số như nhau trong đầu ra. Khi cần tất cả các khung, hãy sử dụng -tất cả tùy chọn.
Tùy chọn -ồ ghi quỹ đạo lọc thông qua cao. Các tọa độ được lọc vượt qua cao là
được thêm vào tọa độ từ tệp cấu trúc. Khi sử dụng tính năng lọc thông cao, sử dụng -Phù hợp
hoặc đảm bảo rằng bạn sử dụng quỹ đạo đã được lắp trên các tọa độ trong cấu trúc
tập tin.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Tùy chọn)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-ol [<.xtc / .trr / ...>] (lowpass.xtc) (Tùy chọn)
Quỹ đạo: xtc trr Gro g96 pdb tng
-ồ [<.xtc / .trr / ...>] (đường cao tốc.xtc) (Tùy chọn)
Quỹ đạo: xtc trr Gro g96 pdb tng
Các lựa chọn khác:
-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo
-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo
-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)
-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin
-nf (10)
Đặt độ dài bộ lọc cũng như khoảng thời gian đầu ra để lọc thông thấp
- [không] tất cả (không)
Viết tất cả các khung được lọc thông qua thấp
- [không] xin lỗi (Đúng)
Loại bỏ bước nhảy của các nguyên tử trên hộp
-[không phù hợp (không)
Điều chỉnh tất cả các khung với một cấu trúc tham chiếu
Sử dụng gmx-filter trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net