Đây là lệnh gmx-insert-architects có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-insert-architects - Chèn các phân tử vào vị trí trống hiện có
SYNOPSIS
gmx insert-phân tử [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-cái này [<.gro / .g96 / ...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro / .g96 / ...>]] [-cái hộp ]
[-nmol ] [-cố gắng ] [-hạt giống ]
[-bán kính ] [-tỉ lệ ] [-NS ]
[-thúi ]
MÔ TẢ
GMX phân tử chèn chèn -nmol bản sao của hệ thống được chỉ định trong -cái này tập tin đầu vào.
Việc chèn diễn ra hoặc vào không gian trống trong cấu trúc chất tan được đưa ra với
-fhoặc vào một hộp trống do -cái hộp. Chỉ định cả hai -f và -cái hộp những biểu hiện cư xử như là -f, Nhưng
đặt một hộp mới xung quanh chất tan trước khi cho vào. Bất kỳ vận tốc nào hiện tại là
bỏ đi.
Theo mặc định, các vị trí chèn là ngẫu nhiên (với hạt giống ban đầu được chỉ định bởi -hạt giống). Các
chương trình lặp lại cho đến khi -nmol các phân tử đã được đưa vào trong hộp. Các phân tử không
được chèn vào trong đó khoảng cách giữa bất kỳ nguyên tử hiện có và bất kỳ nguyên tử nào của nguyên tử được chèn
phân tử nhỏ hơn tổng dựa trên bán kính van der Waals của cả hai nguyên tử. Một cơ sở dữ liệu
(vdwradii.dat) của bán kính van der Waals được chương trình đọc và bán kính kết quả
thu nhỏ bởi -tỉ lệ. Nếu bán kính không được tìm thấy trong cơ sở dữ liệu, các nguyên tử đó được gán cho
(tỷ lệ trước) khoảng cách -bán kính.
Tổng cộng -nmol * -cố gắng cố gắng chèn được thực hiện trước khi bỏ cuộc. Tăng -cố gắng nếu bạn
có một số lỗ nhỏ để lấp đầy. Lựa chọn -thúi chỉ định liệu các phân tử chèn
được định hướng ngẫu nhiên trước khi cố gắng chèn.
Ngoài ra, các phân tử chỉ có thể được chèn vào các vị trí được xác định trong các vị trí. Dat
(-ip). Tệp đó phải có 3 cột (x, y, z), cung cấp các chuyển vị so với
vị trí phân tử đầu vào (-cái này). Do đó, nếu tệp đó phải chứa giá trị tuyệt đối
vị trí, phân tử phải được căn giữa vào (0,0,0) trước khi sử dụng GMX phân tử chèn
(ví dụ từ GMX chỉnh sửa -trung tâm). Các chú thích trong tệp bắt đầu bằng # sẽ bị bỏ qua.
Tùy chọn -NS xác định các dịch chuyển tối đa được phép trong quá trình thử nghiệm chèn. -cố gắng và
-thúi hoạt động như ở chế độ mặc định (xem ở trên).
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (protein.gro) (Tùy chọn)
Cấu hình hiện có để chèn vào: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt Tpr
-cái này [<.gro / .g96 / ...>] (chèn.gro)
Cấu hình để chèn: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt Tpr
-ip [<.dat>] (vị trí. dat) (Tùy chọn)
Các vị trí thử nghiệm chèn được xác định trước
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.gro / .g96 / ...>] (ngoài.gro)
Cấu hình đầu ra sau khi chèn: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt
Các lựa chọn khác:
-cái hộp (0 0 0)
Kích thước hộp (tính bằng nm)
-nmol (0)
Số lượng phân tử bổ sung để chèn
-cố gắng (10)
Thử chèn -nmol thời gian -cố gắng thời gian
-hạt giống (1997)
Hạt giống máy phát ngẫu nhiên
-bán kính (0.105)
Khoảng cách van der Waals mặc định
-tỉ lệ (0.57)
Hệ số tỷ lệ để nhân bán kính Van der Waals từ cơ sở dữ liệu trong
share / gromacs / top / vdwradii.dat. Giá trị mặc định là 0.57 mang lại mật độ gần bằng
1000 g / l đối với protein trong nước.
-NS (0 0 0)
Cho phép dịch chuyển theo x / y / z từ các vị trí trong -ip hồ sơ
-thúi
Xoay các phân tử được chèn một cách ngẫu nhiên: xyz, z, none
Sử dụng gmx-insert-phân tử trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
