gmx-make_edi - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-make_edi - Tạo tệp đầu vào để lấy mẫu động lực học thiết yếu

SYNOPSIS

gmx make_edi [-f [<.trr / .cpt / ...>]] [-eig [<.xvg>]]
[-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-tar [<.gro / .g96 / ...>]] [-ori [<.gro / .g96 / ...>]]
[-o [<.edi>]] [-xvg ] [-Thứ hai ]
[-linfix ] [-lincc ] [-radfix ]
[-radacc ] [-radcon ] [-lụt ]
[-outfrq ] [-dốc ] [- bước đi ]
[-acccdir ] [-radstep ] [-maxedsteps ]
[-eqsteps ] [-deltaF0 ] [-deltaF ]
[-tau ] [-Eflnull ] [-T ]
[-alpha ] [-[không] kiềm chế] [-[không] hessian]
[-[không]hài hòa] [-constF ]

MÔ TẢ

GMX make_edi tạo ra một tệp đầu vào lấy mẫu động lực học thiết yếu (ED) để sử dụng với
mdrun dựa trên các vectơ riêng của ma trận hiệp phương sai (GMX đồng cỏ) hoặc từ chế độ bình thường
phân tích (GMX nmeig). Lấy mẫu ED có thể được sử dụng để thao tác vị trí dọc theo tập thể
tọa độ (vector riêng) của các đại phân tử (sinh học) trong quá trình mô phỏng.
Đặc biệt, nó có thể được sử dụng để nâng cao hiệu quả lấy mẫu của mô phỏng MD bằng cách
kích thích hệ thống khám phá các vùng mới dọc theo các tọa độ chung này. Một số
của các thuật toán khác nhau được triển khai để điều khiển hệ thống dọc theo các vectơ riêng
(-linfix, -lincc, -radfix, -radacc, -radcon), để giữ vị trí dọc theo một (bộ
of) tọa độ cố định (-linfix), hoặc chỉ giám sát hình chiếu của các vị trí
vào các tọa độ này (-Thứ hai).

Tài liệu tham khảo:

A. Amadei, ABM Linssen, BL de Groot, DMF van Aalten và HJC Berendsen; MỘT
phương pháp hiệu quả để lấy mẫu không gian con thiết yếu của protein., J. Biomol. Cấu trúc. Dyn.
13:615-626 (1996)

BL de Groot, A. Amadei, DMF van Aalten và HJC Berendsen; Hướng tới một cách toàn diện
lấy mẫu các không gian cấu hình của hai dạng hormone guanylin peptide,
J. Sinh khối. Cấu trúc. Dyn. 13 : 741-751 (1996)

BL de Groot, A.Amadei, RM Scheek, NAJ van Nuland và HJC Berendsen; Một sự mở rộng
lấy mẫu không gian cấu hình của HPr từ E. coli Protein: Struct. Chức năng. Tướng quân
26: 314-322 (1996)

Bạn sẽ được nhắc về một hoặc nhiều nhóm chỉ mục tương ứng với các vectơ riêng,
cấu trúc tham chiếu, vị trí mục tiêu, v.v.

-Thứ hai: giám sát các hình chiếu của tọa độ lên các vectơ riêng đã chọn.

-linfix: thực hiện khai triển tuyến tính theo bước cố định dọc theo các vectơ riêng đã chọn.

-lincc: thực hiện khai triển tuyến tính chấp nhận dọc theo các vectơ riêng đã chọn. (các bước trong
hướng mong muốn sẽ được chấp nhận, những hướng khác sẽ bị từ chối).

-radfix: thực hiện mở rộng bán kính bước cố định dọc theo các vectơ riêng đã chọn.

-radacc: thực hiện mở rộng bán kính chấp nhận dọc theo các vectơ riêng đã chọn. (các bước trong
hướng mong muốn sẽ được chấp nhận, những hướng khác sẽ bị từ chối). Lưu ý: theo mặc định
Cấu trúc MD bắt đầu sẽ được lấy làm gốc của chu kỳ mở rộng đầu tiên cho bán kính
sự bành trướng. Nếu như -ori được chỉ định, bạn sẽ có thể đọc trong tệp cấu trúc xác định
một nguồn gốc bên ngoài.

-radcon: thực hiện thu hẹp bán kính chấp nhận dọc theo các vectơ riêng đã chọn hướng tới một
cấu trúc mục tiêu được chỉ định với -tar.

LƯU Ý: mỗi vectơ riêng chỉ có thể được chọn một lần.

-outfrq: tần suất (theo bước) của việc viết ra các phép chiếu, v.v. .xvg hồ sơ

-dốc: độ dốc tối thiểu khi mở rộng bán kính chấp nhận. Một chu kỳ mở rộng mới sẽ được
bắt đầu nếu mức tăng tự phát của bán kính (tính bằng nm/bước) nhỏ hơn giá trị
được chỉ định.

-maxedsteps: số bước tối đa trên mỗi chu kỳ khi mở rộng bán kính trước một chu kỳ mới
bắt đầu

Lưu ý về việc triển khai song song: vì việc lấy mẫu ED là một việc 'toàn cầu' (tập thể
tọa độ, v.v.), ít nhất là về mặt 'protein', việc lấy mẫu ED không chính xác lắm
thân thiện song song từ quan điểm thực hiện. Bởi vì ED song song yêu cầu một số
giao tiếp bổ sung, hy vọng hiệu suất sẽ thấp hơn như trong mô phỏng MD miễn phí,
đặc biệt là trên một số lượng lớn các cấp và/hoặc khi nhóm ED chứa nhiều nguyên tử.

Cũng xin lưu ý rằng nếu nhóm ED của bạn chứa nhiều hơn một loại protein thì .tpr
tệp phải chứa biểu diễn PBC chính xác của nhóm ED. Hãy nhìn vào
RMSD ban đầu từ cấu trúc tham chiếu, được in ra ở phần đầu của
mô phỏng; nếu giá trị này cao hơn nhiều so với dự kiến ​​thì một trong các phân tử ED có thể bị dịch chuyển
bởi một vectơ hộp.

Tất cả đầu ra liên quan đến ED của mdrun (ghi rõ bằng -eo) được ghi vào một .xvg tập tin như một chức năng
thời gian trong khoảng thời gian của các bước OUTFRQ.

Chú thích rằng bạn có thể áp đặt nhiều ràng buộc ED và khả năng tràn ngập trong một
mô phỏng (trên các phân tử khác nhau) nếu một số .edi các tập tin đã được nối đầu tiên. Các
các ràng buộc được áp dụng theo thứ tự chúng xuất hiện trong .edi tài liệu. Tùy thuộc vào những gì đã được
được chỉ định trong .edi tệp đầu vào, tệp đầu ra chứa cho mỗi tập dữ liệu ED

· RMSD của phân tử được gắn vào cấu trúc tham chiếu (đối với các nguyên tử liên quan đến
phù hợp trước khi tính toán các ràng buộc ED)

· hình chiếu của các vị trí lên các vectơ riêng đã chọn

LŨ LŨ:

với -lụt, bạn có thể chỉ định vectơ riêng nào được sử dụng để tính toán khả năng lũ lụt,
điều này sẽ dẫn đến các lực bổ sung đẩy cấu trúc ra khỏi vùng được mô tả bởi
ma trận hiệp phương sai. Nếu bạn chuyển đổi -restrain thì điện thế bị đảo ngược và cấu trúc bị đảo ngược
được giữ ở khu vực đó.

Nguồn gốc thường là cấu trúc trung bình được lưu trữ trong eigvec.trr tài liệu. Nó có thể
thay đổi với -ori đến một vị trí tùy ý trong không gian cấu hình. Với -tau, -deltaF0,
và -Eflnull bạn kiểm soát hành vi lũ lụt. Efl là cường độ lũ lụt, nó là
được cập nhật theo quy luật lũ thích ứng. Tau là hằng số thời gian thích nghi
lũ lụt, tau cao có nghĩa là thích ứng chậm (tức là tăng trưởng). DeltaF0 là cường độ lũ lụt
bạn muốn tiếp cận sau quá trình mô phỏng. Để sử dụng bộ Efl không đổi -tau về không.

-alpha là một tham số fudge để kiểm soát độ rộng của khả năng ngập lụt. Giá trị 2
đã được phát hiện là mang lại kết quả tốt cho hầu hết các trường hợp tiêu chuẩn trong việc tràn ngập protein.
về cơ bản, alpha chiếm tỷ lệ lấy mẫu không đầy đủ, nếu bạn lấy mẫu thêm chiều rộng của
tập hợp sẽ tăng lên, điều này được mô phỏng bởi alpha > 1. Để hạn chế, alpha < 1 có thể
cung cấp cho bạn chiều rộng nhỏ hơn trong tiềm năng hạn chế.

KHỞI ĐỘNG LẠI VÀ LŨ: Nếu bạn muốn khởi động lại mô phỏng lũ lụt bị lỗi, vui lòng tìm
giá trị deltaF và Efl trong tệp đầu ra và đặt chúng theo cách thủ công vào .edi nộp dưới
DELTA_F0 và EFL_NULL.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.trr / .cpt / ...>] (eigenvec.trr)
Quỹ đạo hoàn toàn chính xác: trr cpt tng

-eig [<.xvg>] (eigenval.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

-tar [<.gro / .g96 / ...>] (target.gro) (Tùy chọn)
Tệp cấu trúc: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt Tpr

-ori [<.gro / .g96 / ...>] (nguồn gốc.gro) (Tùy chọn)
Tệp cấu trúc: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt Tpr

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.edi>] (sam.edi)
Đầu vào lấy mẫu ED

Các lựa chọn khác:

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-Thứ hai
Các chỉ số của vectơ riêng cho các hình chiếu của x (ví dụ 1,2-5,9) hoặc 1-100:10 có nghĩa là 1 11
21 31 ... 91

-linfix
Các chỉ số của vectơ riêng để lấy mẫu tuyến tính tăng cố định

-lincc
Các chỉ số của vectơ riêng để lấy mẫu tuyến tính chấp nhận

-radfix
Các chỉ số của vectơ riêng để mở rộng bán kính tăng dần cố định

-radacc
Các chỉ số vectơ riêng cho việc mở rộng bán kính chấp nhận

-radcon
Các chỉ số của vectơ riêng thu hẹp bán kính chấp nhận

-lụt
Các chỉ số vectơ riêng của lũ lụt

-outfrq (100)
Tần suất (theo bước) của đầu ra ghi trong .xvg hồ sơ

-dốc (0)
Độ dốc tối thiểu khi mở rộng bán kính chấp nhận

- bước đi
Kích thước các bước (nm/bước) để lấy mẫu tuyến tính tăng dần cố định (đặt trong dấu ngoặc kép! "1.0 2.3
5.1 -3.1")

-acccdir
Hướng dẫn lấy mẫu tuyến tính chấp nhận - chỉ đếm dấu hiệu! (đặt trong dấu ngoặc kép! "-1
+1 -1.1")

-radstep (0)
Kích thước bước (nm/bước) để mở rộng bán kính tăng dần cố định

-maxedsteps (0)
Số bước tối đa trên mỗi chu kỳ

-eqsteps (0)
Số bước để chạy mà không có bất kỳ sự xáo trộn nào

-deltaF0 (150)
Mục tiêu mất ổn định năng lượng cho lũ lụt

-deltaF (0)
Bắt đầu deltaF với tham số này - mặc định là 0, các giá trị khác XNUMX chỉ cần thiết cho
khởi động lại

-tau (0.1)
Hằng số ghép để điều chỉnh cường độ ngập theo deltaF0, 0 =
vô cực tức là cường độ lũ lụt không đổi

-Eflnull (0)
Giá trị ban đầu của cường độ lũ lụt. Cường độ lũ lụt được cập nhật
theo sơ đồ lũ thích ứng. Để sử dụng cường độ lũ lụt liên tục
-tau 0.

-T (300)
T là nhiệt độ, giá trị này là cần thiết nếu bạn muốn làm ngập nước

-alpha (1)
Độ rộng quy mô của khả năng gây ngập gaussian với alpha^2

-[không] kiềm chế (không)
Sử dụng thế tràn có dấu ngược -> tác dụng như chuẩn điều hòa
tiềm năng hạn chế

-[không] hessian (không)
Các vectơ riêng và giá trị riêng lấy từ ma trận Hessian

-[không]hài hòa (không)
Các giá trị riêng được hiểu là hằng số lò xo

-constF
Tràn ngập lực không đổi: thiết lập thủ công các lực cho các vectơ riêng được chọn bằng
-flood (đặt trong dấu ngoặc kép! "1.0 2.3 5.1 -3.1"). Không cần thông số lũ lụt khác
khi xác định trực tiếp các lực.

Sử dụng gmx-make_edi trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net