Đây là lệnh gmx-make_ndx có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-make_ndx - Tạo tệp chỉ mục
SYNOPSIS
gmx make_ndx [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-n [<.ndx> […]]] [-o [<.ndx>]]
[-natom ] [- [không] song sinh]
MÔ TẢ
Nhóm chỉ mục là cần thiết cho hầu hết mọi chương trình GROMACS. Tất cả các chương trình này có thể
tạo các nhóm chỉ mục mặc định. Bạn CHỈ phải sử dụng GMX make_ndx khi bạn cần ĐẶC BIỆT
các nhóm chỉ mục. Có một nhóm chỉ mục mặc định cho toàn hệ thống, 9 nhóm chỉ mục mặc định
đối với protein và một nhóm chỉ mục mặc định được tạo cho mọi tên dư lượng khác.
Khi không có tệp chỉ mục nào được cung cấp, GMX make_ndx sẽ tạo các nhóm mặc định. Với
trình soạn thảo chỉ mục mà bạn có thể chọn trên các tên và số nguyên tử, cặn và chuỗi. Khi chạy
tệp đầu vào được cung cấp, bạn cũng có thể chọn loại nguyên tử. Bạn có thể sử dụng KHÔNG, VÀ và HOẶC, bạn
có thể tách nhóm thành chuỗi, dư lượng hoặc nguyên tử. Bạn có thể xóa và đổi tên nhóm.
Việc đánh số nguyên tử trong trình soạn thảo và tệp chỉ mục bắt đầu từ 1.
Sản phẩm -sinh đôi chuyển đổi các bản sao của tất cả các nhóm chỉ mục với hiệu số -natom, rất hữu ích
để thiết lập màng hai lớp Computational Electrophysiology.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-f [<.gro / .g96 / ...>] (conf.gro) (Tùy chọn)
Tệp cấu trúc: Gro g96 pdb brk ent đặc biệt Tpr
-n [<.ndx> […]] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.ndx>] (index.ndx)
Tệp chỉ mục
Các lựa chọn khác:
-natom (0)
đặt số nguyên tử (mặc định: đọc từ tệp tọa độ hoặc chỉ mục)
- [không] song sinh (không)
Sao chép tất cả các nhóm chỉ mục với phần bù -natoms
Sử dụng gmx-make_ndx trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
