gmx-sasa - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-sasa - Diện tích bề mặt có thể tiếp cận với dung môi tính toán

SYNOPSIS

gmx sasa [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [Hoặc [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-truyền hình [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-bạn ] [-xvg ] [- [không] rmpbc]
[- [không] pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-quá trình ]
[-ndots ] [- [không] bảo vệ] [-dgs ]
[-bề mặt ] [-đầu ra ]

MÔ TẢ

GMX sasa tính toán diện tích bề mặt có thể tiếp cận với dung môi. Xem Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos
P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Tính toán. Chèm. 16, 273-284 cho thuật toán được sử dụng. Với
-q, bề mặt Connolly cũng có thể được tạo ra trong .pdb tập tin nơi các nút
được biểu diễn dưới dạng các nguyên tử và các cạnh nối các nút gần nhất dưới dạng bản ghi CONECT. -odg
cho phép ước tính năng lượng tự do solvat hóa từ năng lượng phân giải trên mỗi nguyên tử
diện tích bề mặt tiếp xúc.

Chương trình yêu cầu một lựa chọn để tính toán bề mặt được chỉ định với
-bề mặt. Điều này phải luôn bao gồm tất cả các nguyên tử không dung môi trong hệ thống. Khu vực của
nhóm này luôn được tính toán. Tùy ý, -đầu ra có thể chỉ định các lựa chọn bổ sung,
mà phải là các tập con của nhóm tính toán. Các khu vực có thể tiếp cận dung môi cho những
các nhóm cũng được chiết xuất từ ​​bề mặt đầy đủ.

Độ lệch trung bình và độ lệch chuẩn của khu vực trên quỹ đạo có thể được tính theo
cặn và nguyên tử (tùy chọn Hoặc và -oa).

Với -truyền hình tùy chọn tổng khối lượng và mật độ của phân tử có thể được tính toán. Với
-pbc (mặc định), bạn phải đảm bảo rằng phân tử / nhóm bề mặt của bạn không bị phân tách qua
PBC. Nếu không, bạn sẽ nhận được kết quả không hợp lý. Cũng vui lòng xem xét liệu
bán kính đầu dò bình thường là thích hợp trong trường hợp này hoặc liệu bạn có muốn sử dụng, ví dụ: 0.
Cần lưu ý rằng các kết quả về khối lượng và mật độ là rất gần đúng.
Ví dụ, trong Ih nước đá, người ta có thể dễ dàng phù hợp với các phân tử nước trong các lỗ chân lông, điều này sẽ tạo ra
âm lượng quá thấp và cả diện tích bề mặt và mật độ đều quá cao.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc) (Tùy chọn)
Quỹ đạo đầu vào hoặc cấu hình đơn: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr) (Tùy chọn)
Cấu trúc đầu vào: Tpr Gro g96 pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Nhóm chỉ mục bổ sung

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xvg>] (khu vực.xvg)
Tổng diện tích theo thời gian

-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) (Tùy chọn)
Năng lượng tự do hóa giải ước tính dưới dạng hàm số của thời gian

Hoặc [<.xvg>] (resarea.xvg) (Tùy chọn)
Diện tích trung bình trên mỗi dư lượng

-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) (Tùy chọn)
Diện tích trung bình trên một nguyên tử

-truyền hình [<.xvg>] (tập.xvg) (Tùy chọn)
Tổng khối lượng và mật độ theo thời gian

-q [<.pdb>] (connolly.pdb) (Tùy chọn)
Tệp PDB cho bề mặt Connolly

Các lựa chọn khác:

-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo

-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo

-dt (0)
Chỉ sử dụng khung nếu t MOD dt == lần đầu tiên (ps)

-bạn (ps)
Đơn vị cho các giá trị thời gian: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg (xmgrace)
Định dạng lô: không có, xmgrace, xmgr

- [không] rmpbc (Đúng)
Làm cho các phân tử hoàn chỉnh cho mỗi khung

- [không] pbc (Đúng)
Sử dụng các điều kiện biên tuần hoàn để tính toán khoảng cách

-sf
Cung cấp các lựa chọn từ các tệp

-selrpos (nguyên tử)
Các vị trí tham chiếu lựa chọn: nguyên tử, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
Whole_res_com, Whole_res_cog, Whole_mol_com, Whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog

-quá trình (0.14)
Bán kính của đầu dò dung môi (nm)

-ndots (24)
Số chấm trên mỗi quả cầu, càng nhiều chấm có nghĩa là độ chính xác cao hơn

- [không] bảo vệ (Đúng)
Xuất protein cho Connolly .pdb hồ sơ quá

-dgs (0)
Giá trị mặc định cho năng lượng tự do solvat hóa trên mỗi diện tích (kJ / mol / nm ^ 2)

-bề mặt
Lựa chọn tính toán bề mặt

-đầu ra
(Các) lựa chọn đầu ra

Sử dụng gmx-sasa trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net