Đây là lệnh gmx-saxs có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-saxs - Tính toán quang phổ tán xạ tia X góc nhỏ
SYNOPSIS
gmx saxophone [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-sq [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-xvg ] [-ng ] [-startq ]
[-endq ] [-năng lượng ]
MÔ TẢ
GMX kèn saxophone tính toán các yếu tố cấu trúc SAXS cho các nhóm chỉ số nhất định dựa trên Cromer
phương pháp. Cả hai tệp cấu trúc liên kết và quỹ đạo đều được yêu cầu.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] (topol.tpr)
Cấu trúc + khối lượng (db): Tpr Gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục
-d [<.dat>] (sfactor.dat) (Tùy chọn)
Tệp dữ liệu chung
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-sq [<.xvg>] (sq.xvg)
tệp xvgr / xmgr
Các lựa chọn khác:
-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo
-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo
-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)
-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có
-ng (1)
Số lượng nhóm để tính SAXS
-startq (0)
Bắt đầu q (1 / nm)
-endq (60)
Kết thúc q (1 / nm)
-năng lượng (12)
Năng lượng của tia X tới (keV)
Sử dụng gmx-saxs trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
