Đây là lệnh gmx-spol có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
gmx-spol - Phân tích sự định hướng và phân cực lưỡng cực của dung môi xung quanh các chất tan
SYNOPSIS
gmx spol [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[hiện nay]
[-xvg ] [- [không] com] [-refat ] [-rmin ]
[-máy lạnh ] [-nhúng ] [-ww ]
MÔ TẢ
GMX ống chỉ phân tích lưỡng cực xung quanh chất tan; nó đặc biệt hữu ích cho nước phân cực.
Một nhóm các nguyên tử tham chiếu, hoặc một tâm khối tham chiếu (tùy chọn -với) và một nhóm
nguyên tử dung môi là cần thiết. Chương trình tách nhóm nguyên tử dung môi thành các phân tử.
Đối với mỗi phân tử dung môi, khoảng cách đến nguyên tử gần nhất trong nhóm tham chiếu hoặc đến
COM được xác định. Một phân bố tích lũy của những khoảng cách này được vẽ. Cho mỗi
khoảng cách giữa -rmin và -máy lạnh tích bên trong của vectơ khoảng cách và lưỡng cực
của phân tử dung môi được xác định. Đối với các phân tử dung môi có điện tích ròng (ion),
điện tích ròng của ion được trừ đều khỏi tất cả các nguyên tử trong việc lựa chọn từng ion.
Giá trị trung bình của các thành phần lưỡng cực này được in ra. Điều tương tự cũng được thực hiện đối với sự phân cực,
trong đó lưỡng cực trung bình được trừ khỏi lưỡng cực tức thời. Độ lớn của
lưỡng cực trung bình được đặt với tùy chọn -nhúng, hướng được xác định bởi vectơ từ
nguyên tử đầu tiên trong nhóm dung môi đã chọn đến điểm giữa giữa nguyên tử thứ hai và nguyên tử
nguyên tử thứ ba.
LỰA CHỌN
Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:
-f [<.xtc / .trr / ...>] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Tệp đầu vào chạy xdr di động
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục
Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
tệp xvgr / xmgr
Các lựa chọn khác:
-b (0)
Khung đầu tiên (ps) để đọc từ quỹ đạo
-e (0)
Khung cuối cùng (ps) để đọc từ quỹ đạo
-dt (0)
Chỉ sử dụng khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)
-[hiện nay (không)
Xem đầu ra .xvg, .xpm, .eps và .pdb các tập tin
-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có
- [không] com (không)
Sử dụng khối tâm làm vị trí chuẩn
-refat (1)
Nguyên tử tham chiếu của phân tử dung môi
-rmin (0)
Khoảng cách tối đa (nm)
-máy lạnh (0.32)
Khoảng cách tối đa (nm)
-nhúng (0)
Lưỡng cực trung bình (D)
-ww (0.01)
Chiều rộng thùng
Sử dụng gmx-spol trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
