gmx-trjcat - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

gmx-trjcat - Kết hợp các tệp quỹ đạo

SYNOPSIS

gmx trjcat [-f [<.xtc / .trr / ...> […]]] [-n [<.ndx>]] [-demux [<.xvg>]]
[-o [<.xtc / .trr / ...> […]]] [-bạn ] [-xvg ]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[cuốn tiểu thuyết]
[- [không] thời gian đặt] [- [không] sắp xếp] [- [không] tiếp tục]
[- [không] ghi đè] [- [không] mèo]

MÔ TẢ

GMX trjcat nối một số tệp quỹ đạo đầu vào theo thứ tự được sắp xếp. Trong trường hợp gấp đôi
khung thời gian mà một trong các tệp sau này được sử dụng. Bằng cách chỉ định -cài đặt thời gian bạn sẽ được hỏi
cho thời gian bắt đầu của mỗi tệp. Các tệp đầu vào được lấy từ dòng lệnh, chẳng hạn như
rằng một lệnh như GMX trjcat -f * .trr -o cố định.trr nên làm thủ thuật. Sử dụng -con mèo, Bạn
có thể chỉ cần dán nhiều tệp với nhau mà không cần xóa các khung có thời gian giống hệt nhau
tem.

Một tùy chọn quan trọng được suy ra khi tệp đầu ra nằm trong số các tệp đầu vào. Trong đó
trong trường hợp tệp cụ thể đó sẽ được thêm vào, có nghĩa là bạn không cần phải lưu trữ
tăng gấp đôi lượng dữ liệu. Rõ ràng là tệp để thêm vào phải là tệp có
thời gian bắt đầu vì người ta chỉ có thể nối thêm vào cuối tệp.

Nếu -demux tùy chọn được đưa ra, N quỹ đạo được đọc, được viết bằng
thứ tự như được chỉ định trong .xvg tập tin. Các .xvg tệp phải chứa một cái gì đó như:

0 0 1 2 3 4 5
2 1 0 2 3 5 4

Số đầu tiên là thời gian và các số tiếp theo trỏ đến các chỉ số quỹ đạo. Các
khung tương ứng với các số hiện diện ở dòng đầu tiên được thu thập vào
quỹ đạo đầu ra. Nếu số khung hình trong quỹ đạo không khớp với số khung hình trong
.xvg thì chương trình sẽ cố gắng trở nên thông minh. Hãy coi chừng.

LỰA CHỌN

Các tùy chọn để chỉ định các tệp đầu vào:

-f [<.xtc / .trr / ...> […]] (traj.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr cpt Gro g96 pdb tng

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Tùy chọn)
Tệp chỉ mục

-demux [<.xvg>] (remd.xvg) (Tùy chọn)
tệp xvgr / xmgr

Các tùy chọn để chỉ định tệp đầu ra:

-o [<.xtc / .trr / ...> […]] (trajout.xtc)
Quỹ đạo: xtc trr Gro g96 pdb tng

Các lựa chọn khác:

-bạn (ps)
Đơn vị cho các giá trị thời gian: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
định dạng âm mưu xvg: xmgrace, xmgr, không có

-b (-1)
Lần đầu tiên sử dụng (ps)

-e (-1)
Lần sử dụng cuối cùng (ps)

-dt (0)
Chỉ ghi khung khi t MOD dt = lần đầu tiên (ps)

-[cuốn tiểu thuyết (Đúng)
Đọc và ghi vận tốc nếu có thể

- [không] thời gian đặt (không)
Thay đổi thời gian bắt đầu một cách tương tác

- [không] sắp xếp (Đúng)
Sắp xếp các tệp quỹ đạo (không phải khung)

- [không] tiếp tục (không)
Giữ các khung chồng chéo ở cuối quỹ đạo

- [không] ghi đè (không)
Ghi đè các khung chồng chéo trong quá trình nối

- [không] mèo (không)
Không bỏ các khung thời gian gấp đôi

Sử dụng gmx-trjcat trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net