Đây là lệnh hmm2fetch có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
hmm2fetch - truy xuất HMM từ cơ sở dữ liệu HMM
SYNOPSIS
hmm2fetch [tùy chọn] cơ sở dữ liệu tên
MÔ TẢ
hmm2fetch là một tiện ích nhỏ truy xuất HMM có tên tên từ cơ sở dữ liệu mô hình HMMER
gọi là cơ sở dữ liệu. ở định dạng mới và in mô hình đó thành đầu ra tiêu chuẩn. Ví dụ,
hmm2fetch Pfam rừm truy xuất mô hình RRM (mô-đun nhận dạng RNA) từ Pfam, nếu
biến môi trường HMMERDB được đặt thành vị trí của cơ sở dữ liệu Pfam. Đã lấy được
Tệp HMM được viết ở định dạng HMMER 2 ASCII.
Cơ sở dữ liệu phải có tệp chỉ mục GSI liên quan. Để lập chỉ mục cơ sở dữ liệu HMM, hãy sử dụng
chương trình hmm2index.
LỰA CHỌN
-h In sự trợ giúp ngắn gọn; bao gồm số phiên bản và tóm tắt của tất cả các tùy chọn, bao gồm
các tùy chọn của chuyên gia.
-n thông dịch viên tên dưới dạng số HMM thay vì tên. Việc đánh số bắt đầu từ 0. Đối với
Ví dụ: để tìm nạp HMM đầu tiên từ cơ sở dữ liệu HMM có tên thức ăn, bạn sẽ làm
hmm2fetch -n 0 foo.
Sử dụng hmm2fetch trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
