hmm2search - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

hmm2search - tìm kiếm cơ sở dữ liệu trình tự với cấu hình HMM

SYNOPSIS

hmm2search [tùy chọn] hmm tập tin tập tin tiếp theo

MÔ TẢ

hmm2search đọc một HMM từ hmm tập tin và tìm kiếm tập tin tiếp theo tương tự đáng kể
các trận đấu theo trình tự.

tập tin tiếp theo sẽ được tìm kiếm đầu tiên trong thư mục làm việc hiện tại, sau đó trong một thư mục
được đặt tên bởi biến môi trường BLASTDB. Điều này cho phép người dùng sử dụng cơ sở dữ liệu BLAST hiện có,
nếu BLAST đã được định cấu hình cho trang web.

hmm2search có thể mất vài phút hoặc thậm chí hàng giờ để chạy, tùy thuộc vào kích thước của chuỗi
cơ sở dữ liệu. Bạn nên chuyển hướng đầu ra thành một tệp.

Kết quả bao gồm bốn phần: danh sách được xếp hạng của các trình tự ghi điểm tốt nhất,
danh sách được xếp hạng của các miền ghi điểm tốt nhất, sự liên kết cho tất cả các miền ghi điểm tốt nhất và
một biểu đồ về điểm số. Điểm trình tự có thể cao hơn điểm miền cho
cùng một dãy nếu có nhiều hơn một miền trong dãy; điểm trình tự mất
tính đến tất cả các miền. Tất cả các chuỗi ghi điểm trên -E và -T các vết cắt được hiển thị
trong danh sách đầu tiên, sau đó mỗi miền được tìm thấy trong danh sách này được hiển thị trong danh sách thứ hai của
số lượt truy cập miền. Nếu muốn, các ngưỡng giá trị E và điểm bit cũng có thể được áp dụng cho
danh sách miền sử dụng --domE và --domT tùy chọn.

LỰA CHỌN

-h In sự trợ giúp ngắn gọn; bao gồm số phiên bản và tóm tắt của tất cả các tùy chọn, bao gồm
các tùy chọn của chuyên gia.

-A Giới hạn đầu ra căn chỉnh ở miền ghi điểm tốt nhất. -A0 tắt
đầu ra căn chỉnh và có thể được sử dụng để giảm kích thước của tệp đầu ra.

-E Đặt giới hạn giá trị E cho danh sách lần truy cập được xếp hạng theo trình tự thành , Ở đâu là một
số thực dương. Mặc định là 10.0. Lượt truy cập có giá trị E tốt hơn (ít hơn
hơn) ngưỡng này sẽ được hiển thị.

-T Đặt giới hạn điểm số bit cho danh sách lần truy cập được xếp hạng theo trình tự thành , Ở đâu is
một số thực. Giá trị mặc định là âm vô cực; theo mặc định, ngưỡng là
được điều khiển bởi giá trị E và không phải bằng điểm bit. Lượt truy cập có điểm bit tốt hơn
(lớn hơn) ngưỡng này sẽ được hiển thị.

-Z Tính điểm giá trị E như thể chúng ta đã xem một cơ sở dữ liệu trình tự của
trình tự. Giá trị mặc định là số lượng chuỗi được nhìn thấy trong tệp cơ sở dữ liệu của bạn
.

EXPERT LỰA CHỌN

--tương thích
Sử dụng định dạng đầu ra của HMMER 2.1.1, bản phát hành công khai 1998-2001; cung cấp như vậy
2.1.1 trình phân tích cú pháp không cần phải viết lại.

--CPU
Đặt số CPU tối đa mà chương trình sẽ chạy. Mặc định là sử dụng
tất cả các CPU trong máy. Ghi đè biến môi trường HMMER_NCPU. Chỉ một
ảnh hưởng đến các phiên bản luồng của HMMER (mặc định trên hầu hết các hệ thống).

--cut_ga
Sử dụng giới hạn điểm Pfam GA (ngưỡng thu thập). Tương đương với --globT
--domT , nhưng các điểm cắt GA2 và GA1 được đọc từ tệp HMM. hmm2build
đặt các điểm cắt này ở đó nếu tệp căn chỉnh được chú thích trong một Pfam thân thiện với
định dạng căn chỉnh (định dạng SELEX mở rộng hoặc Stockholm) và GA tùy chọn
dòng chú thích đã có mặt. Nếu các điểm giới hạn này không được đặt trong tệp HMM, --cut_ga
không hoạt động.

--cut_tc
Sử dụng các ngưỡng điểm Pfam TC (ngưỡng đáng tin cậy). Tương đương với --globT --domT
, nhưng các điểm cắt TC2 và TC1 được đọc từ tệp HMM. hmm2build đặt những
cắt ở đó nếu tệp căn chỉnh được chú thích trong căn chỉnh thân thiện với Pfam
định dạng (định dạng SELEX hoặc Stockholm mở rộng) và dòng chú thích CTV tùy chọn là
Món quà. Nếu các điểm giới hạn này không được đặt trong tệp HMM, --cut_tc không hoạt động.

--cut_nc
Sử dụng điểm cắt Pfam NC (tiếng ồn). Tương đương với --globT --domT ,
nhưng các điểm cắt NC1 và NC2 được đọc từ tệp HMM. hmm2build đặt những
cắt ở đó nếu tệp căn chỉnh được chú thích trong căn chỉnh thân thiện với Pfam
định dạng (định dạng SELEX hoặc Stockholm mở rộng) và dòng chú thích NC tùy chọn là
Món quà. Nếu các điểm giới hạn này không được đặt trong tệp HMM, --cut_nc không hoạt động.

--domE
Đặt giới hạn giá trị E cho danh sách lần truy cập được xếp hạng trên mỗi miền thành , Ở đâu là một
số thực dương. Giá trị mặc định là vô cực; theo mặc định, tất cả các miền trong
các chuỗi vượt qua ngưỡng đầu tiên sẽ được báo cáo trong danh sách thứ hai, vì vậy
rằng số lượng miền được báo cáo trong danh sách theo trình tự nhất quán với
số xuất hiện trong danh sách mỗi miền.

--domT
Đặt giới hạn điểm bit cho danh sách lần truy cập được xếp hạng trên mỗi miền thành , Ở đâu là một
số thực. Giá trị mặc định là âm vô cực; theo mặc định, tất cả các miền trong
các chuỗi vượt qua ngưỡng đầu tiên sẽ được báo cáo trong danh sách thứ hai, vì vậy
rằng số lượng miền được báo cáo trong danh sách theo trình tự nhất quán với
số xuất hiện trong danh sách mỗi miền. Quan trọng ghi chú: chỉ một miền trong một
trình tự được kiểm soát tuyệt đối bởi tham số này hoặc bởi --domT. Thứ hai và
các miền tiếp theo trong một chuỗi có ngưỡng điểm bit trên thực tế là 0 vì
chi tiết về cách HMMER hoạt động. HMMER yêu cầu ít nhất một lần đi qua
mô hình chính cho mỗi trình tự; để thực hiện nhiều hơn một lần vượt qua (nhiều hơn một miền)
căn chỉnh đa miền phải có điểm tốt hơn căn chỉnh miền đơn lẻ,
và do đó các miền phụ phải đóng góp điểm tích cực. Xem Hướng dẫn dành cho Người dùng
để biết thêm chi tiết.

--phía trước
Sử dụng thuật toán Chuyển tiếp thay vì thuật toán Viterbi để xác định
điểm trình tự. Điểm trên mỗi miền vẫn được xác định bởi thuật toán Viterbi.
Một số lập luận rằng Chuyển tiếp là một thuật toán nhạy hơn để phát hiện từ xa
trình tự tương đồng; Tuy nhiên, các thử nghiệm của tôi với HMMER đã không xác nhận điều này.

--thông tin
Khẳng định rằng đầu vào tập tin tiếp theo có định dạng ; không chạy định dạng Babelfish
tự động dò tìm. Điều này làm tăng phần nào độ tin cậy của chương trình, bởi vì
Babelfish có thể mắc sai lầm; đặc biệt được khuyến nghị cho những người không cần giám sát,
thông lượng chạy của HMMER. Các chuỗi định dạng hợp lệ bao gồm FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, STOCKHOLM, SELEX, MSF, CLUSTAL và PHYLIP. Xem Hướng dẫn sử dụng để biết
danh sách hoàn thành.

--null2
Tắt mô hình null post hoc thứ hai. Theo mặc định, mỗi căn chỉnh được đánh giá lại bởi
một bước xử lý hậu xử lý có tính đến thành phần thiên lệch có thể xảy ra ở một trong hai
HMM hoặc chuỗi mục tiêu. Điều này gần như cần thiết trong việc tìm kiếm cơ sở dữ liệu,
đặc biệt là với các mô hình liên kết cục bộ. Có một cơ hội rất nhỏ rằng điều này
xử lý hậu kỳ có thể xóa các kết quả phù hợp thực và trong những trường hợp này --null2 có thể cải thiện
độ nhạy với chi phí giảm độ đặc hiệu bằng cách để thành phần sai lệch
đánh xuyên qua.

--pvm Chạy trên Máy ảo song song (PVM). PVM phải đang chạy. Các
chương trình khách hàng hmm2search-pvm phải được cài đặt trên tất cả các nút PVM. PVM tùy chọn
hỗ trợ phải được biên dịch thành HMMER.

--xnu Bật tính năng lọc XNU của chuỗi protein mục tiêu. Không ảnh hưởng đến axit nucleic
trình tự. Trong các thí nghiệm thử nghiệm, --xnu dường như hoạt động kém hơn
mô hình post hoc null2 mặc định.

Sử dụng hmm2search trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net