Đây là lệnh hmmalign có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình giả lập trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
hmmalign - căn chỉnh các trình tự thành một cấu hình HMM
SYNOPSIS
hmm căn chỉnh [tùy chọn]
MÔ TẢ
Thực hiện căn chỉnh nhiều trình tự của tất cả các trình tự trong bằng cách sắp xếp chúng
riêng cho hồ sơ HMM trong . Căn chỉnh mới được xuất thành tiêu chuẩn in
Định dạng Stockholm.
Sản phẩm chỉ nên chứa một hồ sơ duy nhất. Nếu nó chứa nhiều hơn, chỉ cái đầu tiên
hồ sơ trong tệp sẽ được sử dụng.
Hay or (nhưng không phải cả hai) có thể là '-' (gạch ngang), có nghĩa là đọc cái này
đầu vào từ tiêu chuẩn chứ không phải là một tệp.
Các trình tự trong được căn chỉnh trong chế độ căn chỉnh cục bộ unihit. Do đó họ
nên được biết là chỉ chứa một tên miền (hoặc một phần của một tên miền). Các
sự liên kết tối ưu có thể chỉ định một số dư lượng là không chất (trạng thái N và C), trong đó
trong trường hợp những phần dư này vẫn được bao gồm trong căn chỉnh kết quả, nhưng bị đẩy ra bên ngoài
các cạnh. Để loại bỏ các dư lượng không có chất độc hại không được đánh dấu này khỏi kết quả, hãy xem --cắt
tùy chọn.
LỰA CHỌN
-h Cứu giúp; in lời nhắc ngắn gọn về việc sử dụng dòng lệnh và tất cả các tùy chọn có sẵn.
-o Hướng căn chỉnh đầu ra vào tệp , hơn là để tiêu chuẩn.
--mapali
Hợp nhất căn chỉnh hiện có trong tệp vào kết quả, ở đâu chính xác là
cùng sự liên kết đã được sử dụng để xây dựng mô hình trong . Điều này được thực hiện bằng cách sử dụng
bản đồ của các cột căn chỉnh đến các vị trí hồ sơ đồng thuận được lưu trữ trong
. Sự liên kết nhiều trong sẽ được tái tạo chính xác trong nó
các cột đồng thuận (như được xác định bởi hồ sơ), nhưng sự liên kết được hiển thị trong
các cột chèn có thể bị thay đổi, vì các phần chèn liên quan đến cấu hình
theo quy ước được coi là dữ liệu không được đánh dấu.
--cắt Cắt bỏ các dư lượng không chứa chất độc hại (được gán cho các trạng thái N và C theo hướng căn chỉnh tối ưu)
từ kết quả đầu ra nhiều căn chỉnh.
--amino
Chỉ định rằng tất cả các chuỗi trong là các protein. Theo mặc định, loại bảng chữ cái là
tự động phát hiện khi xem xét thành phần cặn.
--dna Chỉ định rằng tất cả các chuỗi trong là các DNA.
--rna Chỉ định rằng tất cả các chuỗi trong là các RNA.
--thông tin
Khai báo rằng đầu vào có định dạng . Các định dạng tệp trình tự được chấp nhận
bao gồm FASTA, EMBL, GenBank, DDBJ, UniProt, Stockholm và SELEX. Mặc định là
tự động phát hiện định dạng của tệp.
--định dạng
Chỉ định rằng nhiều căn chỉnh đầu ra có định dạng . Hiện tại,
được chấp nhận nhiều định dạng tệp trình tự căn chỉnh chỉ bao gồm Stockholm và SELEX.
Sử dụng hmmalign trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
