Đây là idfetch lệnh có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
idfetch - truy xuất dữ liệu sinh học từ máy chủ NCBI ID1
SYNOPSIS
tìm nạp [-] [-F str] [-G tên tập tin] [-Q tên tập tin] [-c N] [-d str] [-e N] [-f str] [-g N]
[-i N] [-l tên tập tin] [-n] [-o tên tập tin] [-q str] [-s str] [-t N]
MÔ TẢ
tìm nạp là một máy khách cho máy chủ ID1 của NCBI, máy chủ này chứa một cơ sở dữ liệu lớn về chú thích
trình tự sinh học.
LỰA CHỌN
Dưới đây là một bản tóm tắt các tùy chọn.
- In tin nhắn sử dụng
-F str Thêm các loại tính năng được chỉ định (phân cách bằng dấu phẩy); các giá trị được phép là CDD, SNP,
SNP_graph, MGC, HPRD, STS, tRNA và microRNA.
-G tên tập tin
Tệp có danh sách GI, quyền truy cập (đã được phiên bản), FASTA SeqID để kết xuất
-Q tên tập tin
Tạo danh sách GI bằng truy vấn Entrez trong tên tập tin; đòi hỏi -dn or -dp.
-c N Độ phức tạp tối đa:
0 lấy toàn bộ đốm màu (mặc định)
1 nhận bioseq quan tâm
2 lấy bộ bioseq tối thiểu chứa bioseq quan tâm
3 lấy nuc-prot tối thiểu chứa bioseq quan tâm
4 có được tập hợp quán rượu tối thiểu có chứa bioseq quan tâm
-d str Cơ sở dữ liệu để sử dụng (với -q, có thể là một trong hai n cho nucleotide hoặc p đối với protein).
-e N Số thực thể (số truy xuất) để kết xuất
-f str SeqId phẳng. Các định dạng có thể có:
kiểu([tên] [, [nhập] [, [phát hành] [,phiên bản]]]) là '5 (HUMHBB)'
kiểu=nhập
kiểu:con số
(kiểu là một số chỉ ra kiểu con ASN.1 Seq-id.)
-g N Id GI cho một Thực thể để kết xuất
-i N Loại tra cứu:
0 nhận Seq-entry (mặc định)
1 nhận trạng thái GI (đầu ra cho stderr)
2 nhận SeqIds
3 lấy lịch sử GI (chỉ thay đổi trình tự)
4 nhận lịch sử sửa đổi (bất kỳ thay đổi nào đối với ASN.1)
-l tên tập tin
Tệp nhật ký
-n Chỉ xuất danh sách GI (với -q và -Q).
-o tên tập tin
Tên tệp cho đầu ra (mặc định = tiêu chuẩn)
-q str Tạo danh sách gi bằng truy vấn Entrez. Đòi hỏi -dn or -dp.
-s str FASTA phong cách SeqId ĐƯỢC ĐĂNG KÝ TRONG BÁO GIÁ. Định dạng:
lcl |int or str
bbs |int
bbm |int
gb |acc|loc
emb |acc|loc
pir |acc|tên
sp |acc|tên
vỗ nhẹ |đất nước|bằng sáng chế|seq
gi |int
dbj |acc|loc
prf |acc|tên
pdb |nhập|chuỗi
-t N Loại đầu ra:
1 văn bản ASN.1 (mặc định)
2 ASN.1 nhị phân
3 GenBank (chỉ Seq-entry)
4 GenPept (chỉ Seq-entry)
5 FASTA (bảng lịch sử)
6 điểm chất lượng (chỉ Seq-entry)
7 Tài liệu EntrezTổng hợp
8 bổ sung ngược FASTA
Sử dụng idfetch trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
