Đây là lệnh macs2_bdgdiff có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
macs2_bdgdiff - Phân tích dựa trên mô hình cho ChIP-Sequencing
MÔ TẢ
cách sử dụng: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
[--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (tiền tố --o MỞ ĐẦU | -o TUYỆT VỜI TUYỆT VỜI)
không bắt buộc tranh luận:
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát
--t1 T1BDG
MACS stackup bedGraph cho điều kiện 1. Không tương thích với callpeak --SPMR đầu ra.
YÊU CẦU
--t2 T2BDG
MACS stackup bedGraph cho điều kiện 2. Không tương thích với callpeak --SPMR đầu ra.
YÊU CẦU
--c1 C1BDG
MACS điều khiển lambda bedGraph cho điều kiện 1. Không tương thích với callpeak --SPMR
đầu ra. YÊU CẦU
--c2 C2BDG
MACS điều khiển lambda bedGraph cho điều kiện 2. Không tương thích với callpeak --SPMR
đầu ra. YÊU CẦU
-C CẮT, --cắt CẮT
điểm cắt logLR. DEFAULT: 3 (tỷ lệ khả năng = 1000)
-l MỎNG, --min-len MINLEN
Chiều dài nhỏ nhất của vùng vi phân. Hãy thử giá trị lớn hơn để loại bỏ các vùng nhỏ.
ĐỊNH NGHĨA: 200
-g TỐI ĐA, - khoảng cách tối đa TỐI ĐA
Khoảng cách tối đa để hợp nhất các vùng vi phân lân cận. Xem xét khoảng cách rộng hơn cho rộng
điểm. Khoảng cách tối đa phải nhỏ hơn chiều dài tối thiểu (-g). ĐỊNH NGHĨA: 100
--d1 SÂU1, --deep1 SÂU1
Độ sâu của trình tự (số lần đọc không dư thừa tính bằng triệu) cho điều kiện 1. Nó sẽ là
được sử dụng cùng với --d2. Xem mô tả cho --d2 dưới đây để biết cách chỉ định chúng.
Mặc định: 1
--d2 SÂU2, --deep2 SÂU2
Độ sâu của trình tự (số lần đọc không dư thừa tính bằng triệu) cho điều kiện 2. Nó sẽ là
được sử dụng cùng với --d1. DEPTH1 và DEPTH2 sẽ được sử dụng để tính toán tỷ lệ
cho mỗi mẫu, để giảm quy mô mẫu lớn hơn xuống mức nhỏ hơn.
Ví dụ: trong khi so sánh 10 triệu điều kiện 1 và 20 triệu điều kiện 2, hãy sử dụng
--d1 10 --d2 20, thì giá trị tích lũy trong bedGraph cho điều kiện 2 sẽ được chia cho
2. Mặc định: 1
--outdir NGOÀI TRỜI
Nếu được chỉ định, tất cả các tệp đầu ra sẽ được ghi vào thư mục đó. Mặc định:
thư mục làm việc hiện tại
tiền tố --o OPREFIX
Tiền tố tệp đầu ra. Các tệp thực tế sẽ được đặt tên là PREFIX_cond1.bed,
PREFIX_cond2.bed và PREFIX_common.bed. Loại trừ lẫn nhau với -o/ - ofile.
-o TUYỆT VỜI, --ofile TUYỆT VỜI CỦA TẬP TIN
Tên tệp xuất. Phải đưa ra ba đối số theo thứ tự: 1. tệp cho các vùng duy nhất trong
điều kiện 1; 2. tệp cho các vùng duy nhất trong điều kiện 2; 3. tệp cho các khu vực chung
trong cả hai điều kiện. Lưu ý: loại trừ lẫn nhau với tiền tố --o.
Sử dụng macs2_bdgdiff trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
