Đây là lệnh macs2_bdgopt có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình mô phỏng trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
macs2_bdgopt - Phân tích dựa trên mô hình cho trình tự ChIP
MÔ TẢ
cách sử dụng: macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {nhân,cộng,p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
TẬP TIN
không bắt buộc tranh luận:
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát
-i NẾU, --ifile NẾU
Điểm MACS trên bedGraph. Lưu ý: đây phải là tệp bedGraph bao gồm TOÀN BỘ
bộ gen. YÊU CẦU
-m {nhân,cộng,p2q}, --phương pháp {nhân,cộng,p2q}
Phương pháp sửa đổi cột điểm của tệp bedGraph. Các lựa chọn có sẵn là:
nhân, cộng hoặc p2q. 1) nhân lên, EXTRAPARAM là bắt buộc và sẽ
nhân vào cột điểm. Nếu bạn định chia cột điểm cho X, hãy sử dụng
giá trị 1/X dưới dạng EXTRAPARAM. 2) thêm, EXTRAPARAM là bắt buộc và sẽ được thêm vào
cột điểm. Nếu bạn định trừ cột điểm cho X, hãy sử dụng giá trị của -X
như EXTRAPARAM. 3) p2q, điều này sẽ chuyển đổi điểm giá trị p thành điểm giá trị q bằng cách sử dụng
Quá trình Benjamini-Hochberg. EXTRAPARAM là không cần thiết. Phương pháp này giả định
điểm số là -log10 giá trị p từ MACS2. Bất kỳ loại điểm số nào khác sẽ gây ra
những lỗi không mong muốn.
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --thông số bổ sung [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
Tham số bổ sung cho METHOD. Kiểm tra chi tiết của -m tùy chọn.
--outdir NGOÀI TRỜI
Nếu được chỉ định, tất cả các tệp đầu ra sẽ được ghi vào thư mục đó. Mặc định:
thư mục làm việc hiện tại
-o TẬP TIN, --ofile TẬP TIN
Xuất ra tên tệp BEDGraph.
Sử dụng macs2_bdgopt trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net
