macs2 - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

macs2 - macs2 - Phân tích dựa trên mô hình cho ChIP-Sequencing

MÔ TẢ

cách sử dụng: macs2 [-h] [--version]

{callpeak, bdgpeakcall, bdgbroadcall, bdgcmp, bdgopt, cmbreps, bdgdiff, filterdup, dự đoán, đống, randsample, refactor}
hữu ích. Cảm ơn !

mac2 -- Phân tích dựa trên mô hình cho ChIP-Sequencing

vị trí tranh luận:
{callpeak, bdgpeakcall, bdgbroadcall, bdgcmp, bdgopt, cmbreps, bdgdiff, filterdup, dự đoán, đống, randsample, refactor}

đỉnh cao
Chức năng MACS2 chính: Gọi các đỉnh từ kết quả căn chỉnh.

bdgpeakcall
Cuộc gọi cao điểm từ đầu ra bedGraph. Lưu ý: Tất cả các vùng trên cùng một nhiễm sắc thể trong
Tệp bedGraph phải liên tục nên chỉ các tệp bedGraph từ MACS2 mới là
có thể tiếp cận.

bdgbroadcall
Gọi các đỉnh rộng từ đầu ra bedGraph. Lưu ý: Tất cả các vùng trên cùng một nhiễm sắc thể ở
tệp bedGraph phải liên tục nên chỉ các tệp bedGraph từ MACS2 mới là
có thể tiếp cận.

bdgcmp Loại bỏ nhiễu bằng cách so sánh hai rãnh tín hiệu trong bedGraph. Lưu ý: Tất cả các khu vực trên
cùng một nhiễm sắc thể trong tệp bedGraph phải liên tục nên chỉ tệp bedGraph
từ MACS2 có thể sử dụng được.

bdgopt Các thao tác trên cột điểm của tệp bedGraph. Lưu ý: Tất cả các vùng trên cùng một
nhiễm sắc thể trong tệp bedGraph phải liên tục nên chỉ các tệp bedGraph từ
MACS2 có thể sử dụng được.

cmbrep
Kết hợp BEDGraphs điểm số từ các lần lặp lại. Lưu ý: Tất cả các vùng trên cùng một
nhiễm sắc thể trong tệp bedGraph phải liên tục nên chỉ các tệp bedGraph từ
MACS2 có thể sử dụng được.

bdgdiff
Phát hiện đỉnh chênh lệch dựa trên bốn tệp sơ đồ giường được ghép nối. Lưu ý: Tất cả các khu vực
trên cùng một nhiễm sắc thể trong tệp bedGraph phải liên tục nên chỉ bedGraph
các tệp từ MACS2 có thể truy cập được.

bộ lọc
Loại bỏ các lần đọc trùng lặp ở cùng một vị trí, sau đó chuyển đổi định dạng có thể chấp nhận thành GIƯỜNG
định dạng.

dự đoán
Dự đoán d hoặc kích thước phân mảnh từ kết quả căn chỉnh. * Sẽ KHÔNG lọc các bản sao *

chồng chất Các lần đọc được căn chỉnh theo chồng với kích thước phần mở rộng đã cho (kích thước phân mảnh hoặc d trong MACS
ngôn ngữ). Lưu ý rằng sẽ không có bước nào để lọc hoặc sắp xếp các lần đọc trùng lặp
mở rộng độ sâu, vì vậy bạn có thể cần thực hiện một số quá trình xử lý trước / sau.

lấy mẫu
Số mẫu ngẫu nhiên / tỷ lệ phần trăm của tổng số lần đọc.

tinh chỉnh
(Thử nghiệm) Căn chỉnh các lần đọc thô, tinh chỉnh các đỉnh cao nhất và cho điểm
đo cân bằng của thẻ waston / crick. Lấy cảm hứng từ SPP.

không bắt buộc tranh luận:
-h, --Cứu giúp
hiển thị thông báo trợ giúp này và thoát

--phiên bản
hiển thị số phiên bản của chương trình và thoát

Đối với các tùy chọn dòng lệnh của mỗi lệnh, hãy nhập: macs2 COMMAND -h

Sử dụng macs2 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net