map2slimp - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

map2slim - ánh xạ các liên kết gen với một bản thể học 'mỏng'

SYNOPSIS

cd đi
map2slim GO_slims / goslim_generic.obo ontology / gene_ontology.obo gene-Association / gene_association.fb

MÔ TẢ

Với một tệp GO mỏng và một bản thể luận hiện tại (trong một hoặc nhiều tệp), tập lệnh này sẽ ánh xạ
một tệp liên kết gen (chứa các chú thích cho GO đầy đủ) cho các điều khoản trong GO
mảnh mai.

Tập lệnh có thể được sử dụng để tạo một tệp liên kết gen mới, chứa hầu hết các
các phụ kiện GO mỏng thích hợp, hoặc ở chế độ đếm, trong trường hợp đó, nó sẽ cung cấp gen riêng biệt
số lượng sản phẩm cho mỗi kỳ hạn mỏng

Định dạng tệp liên kết được mô tả ở đây:

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#file>

TRANH LUẬN

-b xô mảnh khảnh hồ sơ
Đối số này bổ sung xô về đến bản thể luận mỏng manh; xem tài liệu bên dưới cho
một lời giải thích. Tệp bản thể luận mỏng mới, bao gồm các điều khoản nhóm sẽ được ghi vào
xô mảnh khảnh hồ sơ

-bản đồ mảnh khảnh lập bản đồ hồ sơ
Điều này sẽ tạo ra một tệp ánh xạ cho mọi thuật ngữ trong bản thể luận đầy đủ hiển thị cả
thuật ngữ mỏng phù hợp nhất và tất cả các thuật ngữ mỏng là tổ tiên. Nếu bạn sử dụng cái này
tùy chọn, KHÔNG cung cấp tệp liên kết gen

những cái tên
(Chỉ hoạt động với -outmap)

Hiển thị tên của thuật ngữ trong tệp ánh xạ mỏng

-c Điều này sẽ buộc map2slim cung cấp số lượng của tệp assoc, thay vì ánh xạ nó

-t Khi được sử dụng kết hợp với -c sẽ tab đầu ra để thụt lề phản ánh
phân cấp cây trong tệp mỏng

-o ra hồ sơ
Điều này sẽ ghi assocs được ánh xạ (hoặc số lượng) vào tệp được chỉ định, thay vì
màn hình

TẢI VỀ

Tập lệnh này là một phần của go-perl gói, có sẵn từ CPAN

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

Tập lệnh này sẽ không hoạt động nếu không cài đặt go-perl

BẢN ĐỒ TIẾNG VIỆT
GO là một DAG, không phải là một cái cây. Điều này có nghĩa là thường có nhiều hơn một đường dẫn từ một thuật ngữ GO
lên đến nút Gene_Ontology gốc; con đường có thể giao nhau nhiều thuật ngữ trong mảnh
ontology - có nghĩa là một chú thích có thể ánh xạ đến nhiều thuật ngữ mỏng!

(ghi bạn cần xem trực tuyến cái này để xem hình ảnh bên dưới - nếu bạn không xem cái này trên
các http://www.geneontology.org trang web, bạn có thể xem URL sau:
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/* kiểm tra * / geneontology / go-dev / go-perl / doc / map2slim.gif>
)

Một ví dụ giả định vòng tròn màu xanh lam hiển thị các thuật ngữ trong GO slim và vòng tròn màu vàng hiển thị
các thuật ngữ trong bản thể luận đầy đủ. Bản thể luận đầy đủ thay thế cho từ mỏng, vì vậy các thuật ngữ màu xanh lam là
cũng trong bản thể luận.

ĐI ID BẢN ĐỒ ĐẾN SLIM ID TẤT CẢ CÁC CỔ TÍCH SLIM
===== ==================================
5 2 + 3 2,3,1
6 3 chỉ 3,1
7 4 chỉ 4,3,1
8 3 chỉ 3,1
9 4 chỉ 4,3,1
10 2 + 3 2,3,1

Cột thứ 2 hiển thị (các) ID thích hợp nhất trong ánh xạ trực tiếp mảnh mai. Thứ 3
cột hiển thị tất cả tổ tiên trong thanh mảnh.

Đặc biệt lưu ý ánh xạ của ID 9 mặc dù điều này có hai đường dẫn đến gốc thông qua
slim qua 3 và 4, 3 bị loại bỏ vì nó được cộng lại bởi 4.

Mặt khác, 10 ánh xạ tới cả 2 và 3 vì đây đều là ID mỏng đầu tiên trong
hai đường dẫn hợp lệ đến gốc, và không thay thế đường kia.

Thuật toán được sử dụng là:

để ánh xạ bất kỳ một thuật ngữ nào trong bản thể luận đầy đủ: tìm tất cả các đường dẫn hợp lệ đến nút gốc trong
bản thể học đầy đủ

đối với mỗi đường dẫn, lấy thuật ngữ mỏng đầu tiên gặp trong đường dẫn

loại bỏ bất kỳ điều khoản mỏng dư thừa nào trong tập hợp này, tức là các điều khoản mỏng được thay thế bởi các điều khoản mỏng khác
trong bộ

XÔ ĐIỀU KHOẢN
Nếu bạn chạy tập lệnh với tùy chọn -b, các điều khoản nhóm sẽ được thêm vào. Đối với bất kỳ thuật ngữ P trong
mảnh mai, nếu P có ít nhất một con C, một số hạng xô P 'sẽ được tạo dưới P. Đây là
một thuật ngữ tóm tắt để ánh xạ bất kỳ thuật ngữ nào trong bản thể luận đầy đủ là con cháu của P, nhưng
KHÔNG PHẢI là hậu duệ của bất kỳ đứa con nào của P trong bản thể luận mỏng.

Ví dụ: slim generic.0208 có các thuật ngữ và cấu trúc sau:

%Sự liên kết DNA ; ĐI: 0003677
% liên kết chất nhiễm sắc; ĐI: 0003682
% hoạt động của yếu tố phiên mã; ĐI: 0003700, ĐI: 0000130

Sau khi thêm các điều khoản nhóm, nó sẽ giống như sau:

%Sự liên kết DNA ; ĐI: 0003677
% liên kết chất nhiễm sắc; ĐI: 0003682
% hoạt động của yếu tố phiên mã; ĐI: 0003700; từ đồng nghĩa: GO: 0000130
@bucket: Z-OTHER-liên kết DNA; slim_temp_id: 12

Các thuật ngữ từ bản thể luận đầy đủ là các con khác của liên kết DNA, chẳng hạn như đơn-
chuỗi liên kết DNA và con cháu của nó sẽ ánh xạ với thuật ngữ xô.

Thuật ngữ nhóm có một ID mỏng là tạm thời và chỉ để tạo điều kiện cho
lập bản đồ. Nó không nên được sử dụng bên ngoài.

Thuật ngữ nhóm có tiền tố Z-OTHER; chữ Z là một sự tấn công để đảm bảo rằng thuật ngữ này là
luôn được liệt kê cuối cùng theo thứ tự bảng chữ cái.

Thuật toán được sửa đổi một chút nếu các thuật ngữ nhóm được sử dụng. Thuật ngữ nhóm có một
mối quan hệ ngầm với tất cả các anh chị em khác không phải là mỏng.

Do I nhu cầu xô điều kiện?

Ngày nay, hầu hết các tệp mỏng là hoàn toàn hoặc gần như 'hoàn chỉnh', tức là không có khoảng trống.
Điều này có nghĩa là tùy chọn -b sẽ không tạo ra các kết quả khác nhau đáng chú ý. Ví dụ,
bạn có thể thấy một cụm từ nhóm có liên kết KHÁC được tạo, không có chú thích nào cho nó: bởi vì tất cả
con của ràng buộc trong GO được thể hiện trong tệp mỏng.

Tùy chọn thùng chỉ thực sự cần thiết đối với một số tệp mỏng được lưu trữ cũ hơn,
là tĩnh và được tạo theo cách khá đặc biệt; họ có xu hướng tích tụ 'khoảng trống'
theo thời gian (ví dụ: GO sẽ thêm một con mới của ràng buộc, nhưng tệp mỏng tĩnh sẽ không
ngày, vì vậy bất kỳ sản phẩm gen nào được chú thích cho thuật ngữ mới này sẽ ánh xạ đến liên kết KHÁC trong
mảnh mai)

HÌNH ẢNH TRẬN ĐẤU
Lưu ý rằng (các) tệp bản thể học mỏng có thể đã lỗi thời so với hiện tại
bản thể học.

Hiện tại map2slim không gắn cờ biểu đồ không khớp giữa biểu đồ mảnh và biểu đồ trong
toàn bộ tập tin bản thể học; nó có bản thể luận đầy đủ là đồ thị thực. Tuy nhiên,
bản thể học mỏng sẽ được sử dụng để định dạng kết quả nếu bạn chọn -t -c như các tùy chọn.

OUTPUT
Ở chế độ bình thường, tệp liên kết gen định dạng chuẩn sẽ được ghi. Cột GO ID
(5) sẽ chứa GO slim ID. Ánh xạ tương ứng với cột thứ 2 trong bảng
bên trên. Lưu ý rằng tệp đầu ra có thể chứa nhiều dòng hơn tệp đầu vào. Đây là
vì một số ID GO đầy đủ có nhiều hơn một ID mỏng thích hợp.

ĐẾM PHƯƠNG THỨC

map2slim có thể được chạy với tùy chọn -c, điều này sẽ cung cấp số lượng gen riêng biệt
các sản phẩm được ánh xạ tới từng thuật ngữ mỏng. Các cột như sau

Thời hạn GO
Cột đầu tiên là GO ID, tiếp theo là tên thuật ngữ (tên thuật ngữ được cung cấp dưới dạng
nó được tìm thấy trong cả GO đầy đủ và bản thể luận mỏng - chúng thường sẽ giống nhau
nhưng đôi khi tệp mỏng sẽ ẩn sau những thay đổi trong tệp GO)

Số lượng sản phẩm gen mà đây là thuật ngữ mỏng liên quan nhất
số lượng sản phẩm gen khác biệt mà đây là sản phẩm phù hợp nhất / trực tiếp
TÔI. Trực tiếp nhất, chúng tôi muốn nói rằng liên kết được thực hiện trực tiếp với thuật ngữ này,
HOẶC liên kết được tạo ra với một đứa trẻ của thuật ngữ mỏng này VÀ không có đứa trẻ nào là mỏng
thuật ngữ mà hiệp hội ánh xạ tới.

Đối với hầu hết các mảnh, số lượng này sẽ tương đương với số liên kết trực tiếp
ánh xạ tới thuật ngữ mỏng này. Tuy nhiên, một số tệp mỏng cũ hơn "đáng chú ý" ở chỗ chúng
thừa nhận những "khoảng trống". Ví dụ: nếu slim có tất cả các con của "quá trình sinh học" với
ngoại lệ của "hành vi" thì tất cả các chú thích cho "hành vi" hoặc con của nó sẽ
tính ở đây

xem ví dụ bên dưới

Số lượng sản phẩm gen được suy ra là có liên quan đến thuật ngữ mỏng
và số lượng các sản phẩm gen riêng biệt được chú thích cho bất kỳ hậu duệ nào của nó
ID mỏng (hoặc được chú thích trực tiếp vào ID mỏng).

cờ obsoletion
Bản thể học GO

Để lấy một ví dụ; nếu chúng ta sử dụng -t và -c như thế này:

map2slim -t -c GO_slims / goslim_generic.obo ontology / gene_ontology.obo gene-Association / gene_association.fb

Sau đó, một phần của kết quả có thể giống như sau:

GO: 0008150 bio_process (quy trình sinh học) 34 10025 bio_process
GO: 0007610 hành vi (hành vi) 632 632 quy trình sinh học
GO: 0000004 quá trình sinh học không xác định (quá trình sinh học không xác định) 832 832 quá trình sinh học
GO: 0007154 giao tiếp tế bào (giao tiếp tế bào) 333 1701 quy trình sinh học
GO: 0008037 nhận dạng tế bào (nhận dạng tế bào) 19 19 quy trình sinh học
19 sản phẩm đã được ánh xạ tới GO: 0008037 hoặc một trong những sản phẩm con của nó. (GO: 0008037 là một nút lá trong thanh mảnh, vì vậy hai số đếm giống hệt nhau).

Mặt khác, GO: 0008150 chỉ nhận được 34 sản phẩm có liên quan nhất
thuật ngữ. Điều này là do hầu hết các chú thích sẽ ánh xạ đến một số phần tử con của GO: 0008150 trong thiết kế mỏng,
chẳng hạn như GO: 0007610 (hành vi). 34 sản phẩm gen này hoặc được chú thích trực tiếp cho
GO: 0008150, hoặc cho một số đứa trẻ của thuật ngữ này mà không phải là mỏng. Điều này có thể chỉ đến
'khoảng trống' trong mỏng. Lưu ý rằng chạy map2slim với tùy chọn -b sẽ 'cắm' những khoảng trống này
với điều khoản chất làm đầy nhân tạo.

Sử dụng map2slimp trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net