maqview - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

Maqview - Trình xem và lập chỉ mục căn chỉnh Maq

SYNOPSIS

maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] trong.map [chr[:Bắt đầu[-cuối]] […]]

maqview [-c in.cns] trong.map

MÔ TẢ

maqview là một tập hợp các chương trình đạt được quyền truy cập ngẫu nhiên nhanh chóng vào tệp căn chỉnh
được tạo ra bởi `trang điểm bản đồ 'và hiển thị sự liên kết với GUI đẹp mắt (Người dùng đồ họa
Giao diện). Nó có hiệu quả cao về tốc độ, bộ nhớ và sử dụng đĩa. maqview được dựa trên
OpenGL và được biết là hoạt động trên cả Mac OS X và Linux. Về nguyên tắc chuyển sang Windows là
dễ dàng.

maqindex
maqindex -i|-v|-b [-c in.cns] trong.map [chr[:Bắt đầu[-cuối]] […]]

-i Lập chỉ mục tệp căn chỉnh

-v In căn chỉnh trong khu vực được chỉ định ở định dạng `` maq mapview ''

-b Đổ căn chỉnh vào vùng được chỉ định ở định dạng .map nhị phân

-c FILE Lập chỉ mục tệp đồng thuận Maq để xem trong maqview cùng một lúc

chương trình maqindex lập chỉ mục tệp căn chỉnh maq trong.map hoặc nhanh chóng truy xuất tất cả các bài đọc trong
một hoặc nhiều vùng. Một trong -i, -v và -b phải được sử dụng. Vì -v or -b, ít nhất một
phải chỉ định vùng như `chrX ',` chrX: 1000' hoặc `chrX: 1,000-2,000 '. Nhiều vùng
được cho phép.

maqview
maqview [-c in.cns] trong.map

-c FILE Tệp đồng thuận Maq

chương trình maqview hiển thị căn chỉnh đã đọc trong cửa sổ đồ họa. Khi nào in.cns is
được chỉ định, trình tự trên cùng là tham chiếu, tiếp theo là trình tự đồng thuận Maq;
nếu không, sự đồng thuận theo quy tắc đa số sẽ được tính toán.

Maqview có hai chế độ xem: chế độ xem tuần tự và chế độ xem hộp. Trong chế độ xem trình tự, hãy đọc trình tự
sẽ được in trên màn hình. Các cơ sở tối hơn cho biết chất lượng cơ bản thấp hơn và các cơ sở màu đỏ
hiển thị sự khác biệt so với tài liệu tham khảo nếu in.cns được chỉ định hoặc cho
sự đồng thuận theo quy tắc đa số nếu không. Trong chế độ xem hình hộp, các loại nucleotit khác nhau là
được biểu diễn dưới dạng các hộp màu với xanh lục cho A, lục lam cho C, cam cho G, đỏ cho T và sẫm
màu xám cho N. Độ bão hòa của màu sắc cho biết chất lượng cơ bản và đường độ dày
trong số lượt đọc cho thấy chất lượng ánh xạ của các căn chỉnh đã đọc. Chỉ hỗ trợ phóng to / thu nhỏ
trong chế độ xem hộp. Trong cả hai chế độ xem, thanh trạng thái ở cuối cửa sổ sẽ hiển thị một số
thông tin về các lần chạm phím và đọc tên và chất lượng cơ bản được trỏ bởi chuột.

Việc điều hướng căn chỉnh được thực hiện bằng các liên kết phím rất quan trọng.

· Tổ hợp phím:

? Hiển thị trợ giúp
Lối ra
Chế độ xem trình tự
Chế độ xem hộp
p Chuyển sang chuỗi tham chiếu trước đó
n Chuyển sang chuỗi tham chiếu tiếp theo
Làm mới

Di chuyển đến vị trí được chỉ bởi
NS / Di chuyển sang trái bởi một cơ sở
l / Di chuyển sang phải bằng một cơ sở
k / Di chuyển lên một dòng
NS / Di chuyển xuống một dòng
> Chuyển sang bài đọc tiếp theo
<Chuyển đến bài đọc trước
NS / Di chuyển đến đầu tham chiếu hiện tại
NS / Di chuyển đến cuối tham chiếu hiện tại
u / Di chuyển sang trái qua một trang
/ Di chuyển sang phải theo một trang
Di chuyển theo 100 căn cứ
Di chuyển bằng 1000 căn cứ

+ Thêm chế độ xem mới
- Xóa chế độ xem hiện tại

Bật / tắt tính năng tự động cuộn phải
^ b Bật / tắt tự động cuộn sang trái
+ Phóng to
- Thu nhỏ
0 Thu phóng đến tỷ lệ mặc định
q Chuyển đổi hiển thị / ẩn chất lượng ánh xạ
e Chuyển đổi chất lượng ánh xạ SE / PE hiển thị
o Mở một tệp căn chỉnh mới

· Nhập một số nguyên và sau đó nhấn để nhảy đến vị trí cần thiết.

· Nhập một số nguyên và sau đó nhấn một phím khác để tăng tốc độ cuộn bằng cách
hệ số xác định.

· Nhấp chuột trái và kéo dấu thập màu vàng trong hình vuông để di chuyển dọc theo chuỗi. Bên phải
bấm vào tham chiếu để đánh dấu một cột.

Sử dụng maqview trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net