Đây là khớp lệnh có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
matcher - Sự liên kết cục bộ của Waterman-Eggert của hai chuỗi
SYNOPSIS
người kết hợp -một chu kỳ trình tự -tiếp theo trình tự [-tập tin dữ liệu ma trận] [-các lựa chọn thay thế số nguyên]
[-gapopen số nguyên] [-gapextend số nguyên] -outfile sắp xếp
người kết hợp -Cứu giúp
MÔ TẢ
người kết hợp là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Alignment: Local".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-một chu kỳ trình tự
-tiếp theo trình tự
-tập tin dữ liệu ma trận
Đây là tệp ma trận tính điểm được sử dụng khi so sánh các chuỗi. Theo mặc định, nó là
tệp 'EBLOSUM62' (đối với protein) hoặc tệp 'EDNAFULL' (đối với trình tự nucleic). Này
các tệp được tìm thấy trong thư mục 'dữ liệu' của cài đặt EMBOSS.
thêm vào phần
-các lựa chọn thay thế số nguyên
Điều này đặt số lượng kết quả phù hợp thay thế đầu ra. Theo mặc định, chỉ cao nhất
sự liên kết cho điểm được hiển thị. Giá trị của 2 cho bạn những căn chỉnh hợp lý khác. Trong
một số trường hợp, ví dụ các protein đa miền của cDNA và so sánh DNA bộ gen,
có thể có những liên kết thú vị và quan trọng khác. Giá trị mặc định: 1
-gapopen số nguyên
Quả phạt đền cách biệt là số điểm được thực hiện khi một khoảng trống được tạo ra. Giá trị tốt nhất phụ thuộc
về sự lựa chọn của ma trận so sánh. Giá trị mặc định là 14 giả sử bạn đang sử dụng
Ma trận EBLOSUM62 cho trình tự protein hoặc giá trị 16 và ma trận EDNAFULL cho
trình tự nucleotit. Giá trị mặc định: @ ($ (acdprotein)? 14: 16)
-gapextend số nguyên
Chiều dài khoảng cách, hoặc phần mở rộng khoảng cách, hình phạt được thêm vào hình phạt khoảng cách tiêu chuẩn cho
từng gốc hoặc cặn trong khe hở. Đây là khoảng cách dài bị phạt. Thông thường bạn sẽ
mong đợi một vài khoảng trống dài hơn là nhiều khoảng cách ngắn, vì vậy hình phạt mở rộng khoảng cách
nên thấp hơn mức phạt khoảng cách. Một ngoại lệ là một hoặc cả hai chuỗi
các lần đọc đơn lẻ với các lỗi trình tự có thể xảy ra, trong trường hợp đó bạn sẽ mong đợi nhiều
các khoảng trống cơ sở duy nhất. Bạn có thể nhận được kết quả này bằng cách đặt hình phạt khoảng cách thành XNUMX (hoặc rất
thấp) và sử dụng hình phạt mở rộng khoảng cách để kiểm soát việc ghi khoảng cách. Giá trị mặc định:
@ ($ (acdprotein)? 4: 4)
Đầu ra phần
-outfile sắp xếp
Sử dụng matchere trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
