Tiếng AnhTiếng PhápTiếng Tây Ban Nha

Chạy máy chủ | Ubuntu > | Fedora > |


Biểu tượng yêu thích OnWorks

mhap - Trực tuyến trên đám mây

Chạy mhap trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks trên Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS

Đây là lệnh mhap có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN


mhap - chồng chéo trình tự xác suất

MÔ TẢ


Vui lòng đặt -s hoặc là -p tùy chọn. Xem các tùy chọn bên dưới: MHAP: MinHash Alignment Protocol.
Một công cụ để tìm sự chồng chéo của các chuỗi đã đọc lâu (chẳng hạn như PacBio hoặc Nanopore) trong
tin sinh học.

Phiên bản: 1.6, Thời gian xây dựng: 09/12/2015 11:46 PM Cách sử dụng 1 (thực thi trực tiếp): java
-người phục vụ -Xmx -cái lọ -s[-NS
tệp>] [-f ] Cách sử dụng 2 (tạo được tính toán trước
nhị phân): java -người phục vụ -Xmx -cái lọ -p
-q [-NS ]

--alignment, default = false
Tùy chọn thử nghiệm.

--alignment-offset, default = -0. 535
Phần bù để tính phương sai trong điểm đối sánh căn chỉnh.

--alignment-điểm, mặc định = 1.0E-6
Điểm giới hạn cho các trận đấu liên kết.

- ngưỡng bộ lọc, mặc định = 1.0E-5
[double], điểm cắt tại đó k-mer trong tệp bộ lọc k-mer được coi là
lặp đi lặp lại. Giá trị này cho một k-mer cụ thể được chỉ định trong cột thứ hai trong
tệp bộ lọc. Nếu không có tệp bộ lọc nào được cung cấp, tùy chọn này sẽ bị bỏ qua.

--Cứu giúp, default = false
Hiển thị menu trợ giúp.

- max-shift, mặc định = 0.2
[double], kích thước vùng ở bên trái và bên phải của chồng chéo ước tính, như được dẫn xuất
từ sự dịch chuyển trung vị và độ dài chuỗi, trong đó các kết quả khớp k-mer vẫn
được coi là hợp lệ. Chỉ bộ lọc giai đoạn thứ hai.

- độ dài cửa hàng phút, mặc định = 0
[int], Độ dài tối thiểu của lần đọc được lưu trữ trong hộp. Được sử dụng để lọc ra
các bài đọc ngắn từ tệp FASTA.

--nanopore-nhanh, default = false
Đặt tất cả các thông số cho cài đặt nhanh Nanopore. Đây là tốt nhất hiện tại
hướng dẫn và có thể thay đổi bất kỳ lúc nào mà không cần cảnh báo trước.

- không có bản thân, default = false
Không tính toán phần chồng chéo giữa các chuỗi bên trong một hộp. Nên được sử dụng khi
đến và từ các trình tự đến từ các tệp khác nhau.

--num-băm, mặc định = 512
[int], số min-mers được sử dụng trong MinHashing.

--num-min-match, mặc định = 3
[int], tối thiểu # min-mer phải được chia sẻ trước khi tính toán bộ lọc giai đoạn hai.
Bất kỳ trình tự nào dưới giá trị đó được coi là không chồng chéo.

--num-thread, mặc định = 12
[int], số luồng cần sử dụng để tính toán. Thường được đặt thành 2 x #cores.

--pacbio-nhanh, default = false
Đặt tất cả các thông số cho cài đặt nhanh PacBio. Đây là tốt nhất hiện tại
hướng dẫn và có thể thay đổi bất kỳ lúc nào mà không cần cảnh báo trước.

- nhạy cảm với pacbio, default = false
Đặt tất cả các thông số cho cài đặt nhạy cảm của PacBio. Đây là tốt nhất hiện tại
hướng dẫn và có thể thay đổi bất kỳ lúc nào mà không cần cảnh báo trước.

--store-full-id, default = false
Lưu trữ đầy đủ các ID như được thấy trong tệp FASTA, thay vì chỉ lưu trữ chuỗi
vị trí trong tệp. Một số tệp FASTA có IDS dài, làm chậm kết quả xuất ra.
Tùy chọn này bị bỏ qua khi sử dụng định dạng tệp nén.

--threshold, mặc định = 0.04
[double], ngưỡng điểm tương đồng ngưỡng cho phép sắp xếp hợp nhất ở giai đoạn thứ hai
lọc. Điều này dựa trên số lượng k-mer trung bình phù hợp trong chồng chéo
khu.

--phiên bản, default = false
Hiển thị phiên bản và thời gian xây dựng.

- trọng lượng, default = false
Thực hiện MinHashing có trọng số.

-f, default = ""
tệp bộ lọc k-mer được sử dụng để lọc ra các k-mer có tính đại diện cao. Phải được sắp xếp
theo thứ tự tần suất giảm dần (cột thứ hai).

-h, default = false
Hiển thị menu trợ giúp.

-k, mặc định = 16
[int], kích thước k-mer được sử dụng cho MinHashing. Kích thước k-mer cho bộ lọc giai đoạn hai là
riêng biệt, và không thể sửa đổi.

-p, default = ""
Cách sử dụng 2 chỉ. Thư mục chứa các tệp FASTA sẽ được chuyển đổi thành
định dạng nhị phân để lưu trữ.

-q, default = ""
Cách sử dụng 1: Tệp FASTA đọc hoặc một thư mục tệp, sẽ được so sánh với
tập hợp các bài đọc trong hộp (xem -s). Cách sử dụng 2: Thư mục đầu ra cho nhị phân
các tệp dữ liệu được định dạng.

-s, default = ""
Cách sử dụng 1 duy nhất. FASTA hoặc tệp dữ liệu nhị phân (xem Cách sử dụng 2) của các lần đọc sẽ
được lưu trữ trong một hộp và tất cả các lần đọc tiếp theo sẽ được so sánh với.

Sử dụng mhap trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net


Ad


Ad