mhap - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mhap - chồng chéo trình tự xác suất

MÔ TẢ

Hãy đặt -s hoặc là -p tùy chọn. Xem các tùy chọn bên dưới: MHAP: Giao thức căn chỉnh MinHash.
Một công cụ để tìm sự chồng chéo của các chuỗi đọc dài (chẳng hạn như PacBio hoặc Nanopore) trong
tin sinh học.

Phiên bản: 1.6, Thời gian xây dựng: 09/12/2015 11:46 PM Cách sử dụng 1 (thực thi trực tiếp): java
-người phục vụ -xmx -cái lọ -s[-q
tập tin>] [-f ] Cách sử dụng 2 (tạo dữ liệu được tính toán trước
nhị phân): java -người phục vụ -xmx -cái lọ -p
-q [-f ]

--căn chỉnh, mặc định = sai
Tùy chọn thử nghiệm.

--căn chỉnh-bù đắp, mặc định = -0. 535
Phần bù để tính đến sự khác biệt trong điểm số trận đấu căn chỉnh.

--điểm căn chỉnh, mặc định = 1.0E-6
Điểm giới hạn cho các trận đấu căn chỉnh.

--ngưỡng lọc, mặc định = 1.0E-5
[double], điểm cắt tại đó k-mer trong tệp bộ lọc k-mer được xem xét
lặp đi lặp lại. Giá trị này cho một k-mer cụ thể được chỉ định trong cột thứ hai trong
tập tin bộ lọc. Nếu không có tệp bộ lọc nào được cung cấp, tùy chọn này sẽ bị bỏ qua.

--Cứu giúp, mặc định = sai
Hiển thị menu trợ giúp.

--max-shift, mặc định = 0.2
[double], kích thước vùng ở bên trái và bên phải của phần chồng lấp ước tính, như được dẫn xuất
từ độ dịch chuyển trung bình và độ dài chuỗi, trong đó k-mer vẫn khớp
được coi là hợp lệ. Chỉ lọc giai đoạn hai.

--min-store-length, mặc định = 0
[int], Độ dài tối thiểu của lần đọc được lưu trong hộp. Dùng để lọc
đọc ngắn từ tệp FASTA.

--nanopore-nhanh, mặc định = sai
Đặt tất cả các tham số cho cài đặt nhanh Nanopore. Đây là điều tốt nhất hiện tại
hướng dẫn và có thể thay đổi bất cứ lúc nào mà không báo trước.

- không có bản thân, mặc định = sai
Không tính toán sự chồng chéo giữa các chuỗi bên trong một hộp. Nên sử dụng khi
các chuỗi đến và đi đến từ các tệp khác nhau.

--num-băm, mặc định = 512
[int], số lượng min-mer được sử dụng trong MinHashing.

--num-min-khớp, mặc định = 3
[int], # min-mer tối thiểu phải được chia sẻ trước khi tính toán bộ lọc giai đoạn hai.
Bất kỳ chuỗi nào dưới giá trị đó đều được coi là không chồng chéo.

--num-thread, mặc định = 12
[int], số lượng luồng được sử dụng để tính toán. Thường được đặt thành 2 x #cores.

--pacbio-nhanh, mặc định = sai
Đặt tất cả các tham số cho cài đặt nhanh PacBio. Đây là điều tốt nhất hiện tại
hướng dẫn và có thể thay đổi bất cứ lúc nào mà không báo trước.

--pacbio nhạy cảm, mặc định = sai
Đặt tất cả các tham số cho cài đặt nhạy cảm PacBio. Đây là điều tốt nhất hiện tại
hướng dẫn và có thể thay đổi bất cứ lúc nào mà không báo trước.

--store-full-id, mặc định = sai
Lưu trữ ID đầy đủ như trong tệp FASTA, thay vì chỉ lưu trữ chuỗi
vị trí trong tập tin. Một số tệp FASTA có IDS dài, làm chậm kết quả xuất ra.
Tùy chọn này bị bỏ qua khi sử dụng định dạng tệp nén.

--ngưỡng, mặc định = 0.04
[double], ngưỡng điểm tương tự bị cắt cho quá trình hợp nhất sắp xếp ở giai đoạn thứ hai
lọc. Điều này dựa trên số lượng trung bình của k-mer phù hợp trong phần chồng chéo
khu.

--phiên bản, mặc định = sai
Hiển thị phiên bản và thời gian xây dựng.

- trọng lượng, mặc định = sai
Thực hiện MinHashing có trọng số.

-f, mặc định = ""
Tệp bộ lọc k-mer được sử dụng để lọc các k-mer có tính lặp lại cao. Phải được sắp xếp
theo thứ tự tần số giảm dần (cột thứ hai).

-h, mặc định = sai
Hiển thị menu trợ giúp.

-k, mặc định = 16
[int], kích thước k-mer được sử dụng cho MinHashing. Kích thước k-mer cho bộ lọc giai đoạn thứ hai là
riêng biệt và không thể sửa đổi được.

-p, mặc định = ""
Chỉ sử dụng 2. Thư mục chứa các tệp FASTA cần được chuyển đổi thành
định dạng nhị phân để lưu trữ.

-q, mặc định = ""
Cách sử dụng 1: Tệp FASTA của các lần đọc hoặc thư mục chứa các tệp sẽ được so sánh với
tập hợp các bài đọc trong hộp (xem -s). Cách sử dụng 2: Thư mục đầu ra cho tệp nhị phân
tập tin dữ liệu được định dạng.

-s, mặc định = ""
Chỉ sử dụng 1. Tệp dữ liệu nhị phân hoặc FASTA (xem Cách sử dụng 2) của các lần đọc sẽ được
được lưu trữ trong một hộp và tất cả các lần đọc tiếp theo sẽ được so sánh với.

Sử dụng mhap trực tuyến bằng dịch vụ onworks.net