mia-3dbrainextractT1 - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

mia-3dbrainextractT1 - Trích xuất não từ hình ảnh đầu MRI 3D T1.

SYNOPSIS

mia-3drainextractT1 -i -o [tùy chọn]

MÔ TẢ

mia-3drainextractT1 Chương trình này được sử dụng để trích xuất não từ hình ảnh T1 MR. Nó đầu tiên
chạy kết hợp phân cụm c-mean mờ và hiệu chỉnh trường B để tạo điều kiện cho 3D
phân đoạn của hình ảnh 3D. Sau đó, các bộ nối khác nhau được chạy để thu được chất trắng
phân đoạn dưới dạng mặt nạ ban đầu, sau đó được sử dụng để chạy một vùng đang phát triển để có được mặt nạ
toàn bộ bộ não. Cuối cùng, mặt nạ này được sử dụng để tách não khỏi trường B0
hình ảnh đã chỉnh sửa.

LỰA CHỌN

-i --in-file = (đầu vào, bắt buộc); io
(các) hình ảnh đầu vào được phân đoạn Đối với các loại tệp được hỗ trợ, hãy xem
PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-file = (đầu ra, bắt buộc); io
mặt nạ não Để biết các loại tệp được hỗ trợ, hãy xem PLUGINS: 3dimage / io

-n --no-of-class = 3
số lớp học số lớp

-w --wm-class = 2
chỉ số chất trắng mờ

-p --wm-prob = 0.7
xác suất lớp vật chất trắng để tạo mặt nạ ban đầu lớp vật chất trắng
xác suất để tạo mặt nạ ban đầu

-t - ngưỡng phát triển = 20
ngưỡng cường độ cho khu vực phát triển ngưỡng cường độ cho khu vực phát triển

- hình dạng phát triển = 18n
vùng lân cận mặt nạ đang phát triển

Trợ giúp & Thông tin
-V --verbose = cảnh báo
tính chi tiết của đầu ra, in các thông báo ở cấp độ đã cho và mức độ ưu tiên cao hơn.
Các ưu tiên được hỗ trợ bắt đầu từ cấp thấp nhất là:
Thông tin - Tin nhắn cấp thấp
theo dõi - Chức năng theo dõi cuộc gọi
không - Báo cáo lỗi kiểm tra
cảnh báo - Cảnh báo
lôi - Báo cáo lỗi
gỡ lỗi - Đầu ra gỡ lỗi
tin nhắn - Tin nhắn bình thường
gây tử vong - Chỉ báo cáo các lỗi nghiêm trọng

- bản quyền
in thông tin bản quyền

-h - trợ giúp
in cái này giúp

-? --sử dụng
in một trợ giúp ngắn

--phiên bản
in số phiên bản và thoát

Chế biến
--threads = -1
Số luồng tối đa cần sử dụng để xử lý, Con số này phải thấp hơn
hoặc bằng số lõi xử lý logic trong máy. (-1:
ước tính tự động). Số luồng tối đa để sử dụng để xử lý, Điều này
số phải thấp hơn hoặc bằng số lõi bộ xử lý logic trong
máy. (-1: ước tính tự động).

BỔ SUNG: 3dimage / io

phân tích Phân tích hình ảnh 7.5

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .HDR, .hdr

Các loại phần tử được hỗ trợ:
không dấu 8 bit, có dấu 16 bit, có dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit,
dấu phẩy động 64 bit

kho dữ liệu IO ảo đến và đi từ nhóm dữ liệu nội bộ

Phần mở rộng tệp được công nhận:. @

đi đôi Chuỗi hình ảnh Dicom dưới dạng 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .DCM, .dcm

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 16 bit, 16 bit chưa ký

hdf5 IO hình ảnh HDF5 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .H5, .h5

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, có dấu 64 bit, không dấu 64 bit, nổi
dấu phẩy 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

inria INRIA hình ảnh

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .INR, .inr

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

mhd IO hình ảnh MetaIO 3D sử dụng triển khai VTK (thử nghiệm).

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

nifti IO hình ảnh 1D NIFTI-3

Phần mở rộng tệp được công nhận: .NII, .nii

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, có dấu 64 bit, không dấu 64 bit, dấu phẩy động 32
bit, dấu phẩy động 64 bit

vff Định dạng raster VFF Sun

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .VFF, .vff

Các loại phần tử được hỗ trợ:
không dấu 8 bit, có dấu 16 bit

vista Chế độ xem 3D

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .V, .VISTA, .v, .vista

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64
bit

vti Hình ảnh 3D VTK-XML vào và ra (thử nghiệm).

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .VTI, .vti

Các loại phần tử được hỗ trợ:
đã ký 8 bit, chưa ký 8 bit, đã ký 16 bit, chưa ký 16 bit, đã ký 32
bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64 bit

vtk Di sản hình ảnh 3D VTK vào và ra (thử nghiệm).

Các phần mở rộng tệp được công nhận: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Các loại phần tử được hỗ trợ:
dữ liệu nhị phân, có dấu 8 bit, 8 bit không dấu, 16 bit có dấu, 16 bit chưa dấu,
có dấu 32 bit, không dấu 32 bit, dấu phẩy động 32 bit, dấu phẩy động 64
bit

THÍ DỤ

Tạo mặt nạ từ hình ảnh đầu vào bằng cách chạy phân đoạn 5 lớp trên hình ảnh inpt
input.v và sử dụng lớp 4 làm lớp chất trắng và lưu trữ hình ảnh mặt nạ trong masked.v và
hình ảnh hiệu chỉnh trường B0 trong b0.v

mia-3dbrainextractT1 -i đầu vào.v -n 5 -w 4 -o mặt nạ.v

(Các) TÁC GIẢ

Gert Wollny

BẢN QUYỀN

Phần mềm này là Bản quyền (c) 1999‐2015 Leipzig, Đức và Madrid, Tây Ban Nha. Nó đến
với TUYỆT ĐỐI KHÔNG CÓ BẢO HÀNH và bạn có thể phân phối lại nó theo các điều khoản của GNU
GIẤY PHÉP CÔNG CỘNG CHUNG Phiên bản 3 (hoặc mới hơn). Để biết thêm thông tin, hãy chạy chương trình với
tùy chọn '--copyright'.

Sử dụng mia-3dbrainextractT1 trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net