minimap - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

minimap - ánh xạ nhanh giữa các chuỗi DNA dài

SYNOPSIS

bản đồ nhỏ [-lSOV] [-k kmer] [-w chiến thắng] [-I kích thước lô] [-d tập tin dump] [-f OccThres] [-r
ban nhạcWidth] [-m phútChia sẻ] [-c tối thiểu] [-L trận đấu tối thiểu] [-g maxGap] [-T DustThres] [-t
nChủ đề] [-x cài sẵn] mục tiêu.fa truy vấn.fa > đầu ra.paf

MÔ TẢ

Minimap là một công cụ để tìm hiệu quả nhiều vị trí ánh xạ gần đúng giữa hai
tập hợp các chuỗi dài, chẳng hạn như giữa các lần đọc và các bộ gen tham chiếu, giữa các bộ gen và
giữa những lần đọc ồn ào kéo dài. Minimap có giai đoạn lập chỉ mục và lập bản đồ. Trong lập chỉ mục
giai đoạn, nó thu thập tất cả các bộ thu nhỏ của một loạt lớn các chuỗi mục tiêu trong một bảng băm; trong
giai đoạn ánh xạ, nó xác định các cụm tốt của các lần truy cập bộ thu nhỏ cột. Minimap hiện
không tạo sự liên kết chi tiết giữa mục tiêu và chuỗi truy vấn. Nó chỉ
xuất ra tọa độ bắt đầu và kết thúc gần đúng của các cụm này.

LỰA CHỌN

Lập chỉ mục lựa chọn
-k INT Chiều dài minimizer k-mer [15]

-w INT Kích thước cửa sổ thu nhỏ [2/3 chiều dài k-mer]. Bộ giảm thiểu là k-mer nhỏ nhất
trong một cửa sổ gồm w k-mers liên tiếp.

-I NUM Tải nhiều nhất NUM mục tiêu cơ sở vào RAM để lập chỉ mục [4G]. Nếu có nhiều hơn
NUM căn cứ ở mục tiêu.fa, bản đồ nhỏ cần đọc truy vấn.fa nhiều lần để lập bản đồ
chống lại từng lô trình tự mục tiêu. NUM có thể kết thúc bằng k / K / m / M / g / G.

-d FILE Dump chỉ mục bộ giảm thiểu thành FILE [không có bãi chứa]

-l Chỉ ra rằng mục tiêu.fa trên thực tế là một chỉ mục của trình thu nhỏ được tạo bởi tùy chọn -d, Chứ không phải
tệp FASTA hoặc FASTQ.

Lập bản đồ lựa chọn
-f PHAO NỔI Bỏ qua hàng đầu PHAO NỔI phần nhỏ của hầu hết các bộ giảm thiểu xảy ra [0.001]

-r INT Băng thông gần đúng cho nhóm lần truy cập trình thu nhỏ ban đầu [500]. MỘT máy thu nhỏ
đánh là một trình thu nhỏ có trong cả chuỗi mục tiêu và chuỗi truy vấn. MỘT máy thu nhỏ
đánh cụm là một nhóm các lần truy cập trình thu nhỏ cột có khả năng xảy ra giữa một mục tiêu
và một chuỗi truy vấn.

-m PHAO NỔI Hợp nhất các cụm lần truy cập trình thu nhỏ ban đầu nếu PHAO NỔI hoặc phần nhỏ hơn của bộ giảm thiểu
được chia sẻ giữa các cụm [0.5]

-c INT Giữ lại một cụm lần truy cập thu nhỏ nếu nó chứa INT hoặc nhiều lần truy cập trình thu nhỏ [4]

-L INT Loại bỏ một cụm lần truy cập của trình thu nhỏ nếu sau khi phân vùng, số lượng khớp
cơ sở là bên dưới INT [40]. Tùy chọn này chủ yếu làm giảm kích thước của đầu ra. Nó có
ít ảnh hưởng đến tốc độ và bộ nhớ cao điểm.

-g INT Tách một cụm lần truy cập của trình thu nhỏ ở một khoảng trống INT-bp hoặc lâu hơn không chứa
bất kỳ lần truy cập trình thu nhỏ nào [10000]

-T INT Mặt nạ các vùng trên chuỗi truy vấn với ngưỡng điểm SDUST INT; 0 để vô hiệu hóa
[0]. SDUST là một thuật toán để xác định các chuỗi con có độ phức tạp thấp. Không phải vậy
được bật theo mặc định. Nếu SDUST được ưu tiên, giá trị từ 20 đến 25 là
khuyến khích. Ngưỡng cao hơn che giấu ít chuỗi hơn.

-S Thực hiện ánh xạ tất cả so với tất cả. Trong chế độ này, nếu tên chuỗi truy vấn là
lớn hơn về mặt từ vựng so với tên chuỗi mục tiêu, các lần truy cập giữa chúng
sẽ bị đàn áp; nếu tên chuỗi truy vấn giống với tên đích,
số lần truy cập vào bộ thu nhỏ theo đường chéo cũng sẽ bị chặn.

-O Thả một lần truy cập thu nhỏ nếu nó cách xa các lần truy cập khác (THỬ NGHIỆM). Cái này
tùy chọn hữu ích để lập bản đồ các nhiễm sắc thể dài từ hai loài phân kỳ.

-x STR Thay đổi nhiều cài đặt dựa trên STR [không được thiết lập]. Nó được khuyến khích để áp dụng
tùy chọn này trước các tùy chọn khác, để các tùy chọn sau có thể ghi đè
nhiều cài đặt được sửa đổi bởi tùy chọn này.

ava10k cho PacBio hoặc Oxford Nanopore đọc ánh xạ tất cả so với tất cả (-Sw5 -L100 -m0).

Đầu ra đầu vào lựa chọn
-t INT Số lượng chủ đề [3]. Minimap sử dụng nhiều nhất ba chủ đề khi thu thập
các bộ giảm thiểu trên trình tự mục tiêu và sử dụng tối đa INT+1 chủ đề khi ánh xạ (
luồng phụ dành cho I / O, thường xuyên không hoạt động và tốn ít thời gian của CPU).

-V In số phiên bản ra stdout

OUTPUT FORMAT

Minimap đầu ra các vị trí ánh xạ ở Định dạng mApping theo cặp (PAF). PAF là một TAB-
định dạng văn bản được phân tách với mỗi dòng bao gồm ít nhất 12 trường như được mô tả trong
bảng sau:

┌────┬─────────┬───────────────────────────────────── ────────────────────────────┐
│cổ áo │ Kiểu │ Mô tả │
├────┼─────────┼───────────────────────────────────── ────────────────────────────┤
│ 1 │ chuỗi │ Tên chuỗi truy vấn │
│ 2 │ int │ Độ dài chuỗi truy vấn │
│ 3 │ int │ Tọa độ bắt đầu truy vấn (dựa trên 0) │
│ 4 │ int │ Tọa độ kết thúc truy vấn (dựa trên 0) │
│ 5 │ char │ `+ 'nếu truy vấn và mục tiêu trên cùng một chuỗi; `- 'nếu ngược lại │
│ 6 │ chuỗi │ Tên chuỗi mục tiêu │
│ 7 │ int │ Độ dài chuỗi mục tiêu │
│ 8 │ int │ Tọa độ bắt đầu đích trên sợi ban đầu │
│ 9 │ int │ Tọa độ cuối mục tiêu trên sợi ban đầu │
│ 10 │ int │ Số lượng các cơ sở phù hợp trong ánh xạ │
│ 11 │ int │ Cơ sở số, bao gồm cả khoảng trống, trong ánh xạ │
│ 12 │ int │ Chất lượng ánh xạ (0-255 thiếu 255) │
└────┴─────────┴───────────────────────────────────── ────────────────────────────┘

Khi sự liên kết có sẵn, cột 11 cung cấp tổng số trận đấu theo trình tự,
sự không khớp và khoảng trống trong việc căn chỉnh; cột 10 chia cho cột 11 cho sự liên kết
xác thực. Vì bản đồ nhỏ không tạo ra căn chỉnh chi tiết, hai cột này
gần đúng. PAF có thể tùy chọn có các trường bổ sung trong khóa-giá trị được nhập giống SAM
định dạng. Minimap ghi số lần truy cập trình thu nhỏ trong một cụm vào thẻ cm.

Sử dụng minimap trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net