phyml - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

phyml - Ước tính phát sinh loài sử dụng Khả năng tối đa

TÓM TẮC:

phyml [lệnh args]

Tất cả các tùy chọn bên dưới là tùy chọn (ngoại trừ '-i' nếu bạn muốn sử dụng dòng lệnh
giao diện).

Các tùy chọn lệnh:

-i (Hoặc --đầu vào) seq_file_name

seq_file_name là tên của tệp trình tự nucleotit hoặc axit amin trong PHYLIP
định dạng.

-d (Hoặc --loại dữ liệu) loại dữ liệu

loại dữ liệu là 'nt' cho nucleotide (mặc định), 'aa' cho trình tự axit amin, hoặc
'chung chung', (sử dụng định dạng tệp NEXUS và tham số 'ký hiệu' ở đây).

-q (Hoặc - tuần tự)

Thay đổi định dạng xen kẽ (mặc định) thành định dạng tuần tự.

-n (Hoặc --nhiều) nb_data_sets

nb_data_sets là số nguyên tương ứng với số bộ dữ liệu cần phân tích.

-p (Hoặc --pars) [] Sử dụng cây bắt đầu phân tích cú pháp tối thiểu. Tùy chọn này được tính đến
khi tùy chọn '-u' không có và khi sửa đổi topoLOGy cây được thực hiện.

-b (Hoặc --bootstrap) int

int > 0: int là số bản sao bootstrap.

int = 0: kiểm tra tỷ lệ khả năng xảy ra gần đúng hoặc giá trị bootstrap đều không
tính toán.

int = -1: kiểm tra tỷ lệ khả năng gần đúng trả về thống kê aLRT.

int = -2: kiểm tra tỷ lệ khả năng gần đúng trả về nhánh tham số dựa trên Chi2
hỗ trợ.

int = -4: (mặc định) nhánh giống SH hỗ trợ một mình.

-m (Hoặc --người mẫu) kiểu mẫu

model: tên mô hình thay thế. - Nucleotide-các mô hình dựa trên: HKY85 (mặc định) |
JC69 | K80 | F81 | F84 | TN93 | GTR | khách hàng (đối với tùy chọn tùy chỉnh, một chuỗi
sáu chữ số xác định kiểu máy. Ví dụ, 000000)

tương ứng với F81 (hoặc JC69 với điều kiện sự phân bố của tần số nucleotide là
đồng phục). 012345 tương ứng với GTR. Tùy chọn này có thể được sử dụng để mã hóa bất kỳ
mô hình được lồng trong GTR.

- Axit amin các mô hình dựa trên: LG (mặc định) | WAG | JTT | MtREV | Dayhoff | DCMút |
RtREV | CpREV | VT hoa62 | MtMam | MtArt | nhiễm HIV | HIVb | khách hàng

--aa_rate_file tên tập tin

tên tập tin là tên của tệp cung cấp tỷ lệ thay thế axit amin
ma trận ở định dạng PAML. Bắt buộc phải sử dụng tùy chọn này khi phân tích amin
trình tự axit với mô hình tùy chỉnh.

-f e, m, hoặc là fA, fC, fG, fT

e : tần số ký tự được xác định như sau:

- Trình tự nucleotide: (Theo kinh nghiệm) các tần số cơ bản cân bằng được ước tính
bằng cách đếm sự xuất hiện của các cơ sở khác nhau trong sự liên kết.

- Trình tự axit amin: (Theo kinh nghiệm) tần số axit amin cân bằng là
ước tính bằng cách đếm sự xuất hiện của các axit amin khác nhau trong sự liên kết.

m : tần số ký tự được xác định như sau:

- Trình tự nucleotide: (ML) các tần số cơ bản cân bằng được ước tính bằng cách sử dụng
khả năng tối đa

- Trình tự axit amin: (Mô hình) tần số axit amin cân bằng là
ước tính bằng cách sử dụng các tần số được xác định bởi mô hình thay thế.

"fA, fC, fG, fT" : chỉ có giá trị cho các mô hình dựa trên nucleotide. fA, fC, fG và fT là
số nổi tương ứng với các tần số của A, C, G và T lần lượt là
(CẢNH BÁO: không sử dụng bất kỳ khoảng trống nào giữa các giá trị của tần số nucleotide,
chỉ có dấu phẩy!)

-t (Hoặc --ts/truyền hình) ts / tv_ratio

ts / tv_ratio : tỷ lệ chuyển tiếp / chuyển đổi. Trình tự DNA chỉ. Có thể là một cố định
giá trị dương (ví dụ: 4.0) hoặc e để nhận ước tính khả năng xảy ra tối đa.

-v (Hoặc --pinv) prop_invar

prop_invar: tỷ lệ các vị trí bất biến. Có thể là một giá trị cố định trong [0,1]
phạm vi hoặc e để có được ước tính khả năng xảy ra tối đa.

-c (Hoặc - kính) nb_subst_cat

nb_subst_cat : số loại tỷ lệ thay thế tương đối. Vỡ nợ:
nb_subst_cat = 4. Phải là một số nguyên dương.

-a (Hoặc --alpha) gamma

gamma : phân phối của tham số hình dạng phân bố gamma. Có thể là một cố định
giá trị dương hoặc e để có được ước tính khả năng xảy ra tối đa.

-s (Hoặc --Tìm kiếm) di chuyển

Tùy chọn hoạt động tìm kiếm topoLOGy cây. Có thể là một trong hai NNI (mặc định, nhanh) hoặc SPR (a
chậm hơn một chút so với NNI) hoặc BEST (tốt nhất của tìm kiếm NNI và SPR).

-u (Hoặc --đầu vào) user_tree_file

user_tree_file : tên tập tin cây bắt đầu. Cây phải ở định dạng Newick.

-o thông số

Tùy chọn này tập trung vào việc tối ưu hóa thông số cụ thể.

thông số= tlr: cây topoLOGy (t), chiều dài nhánh (l) và các thông số tốc độ (r) là
được tối ưu hóa.

thông số= tl: topoLOGy của cây và chiều dài nhánh được tối ưu hóa.

thông số= lr: chiều dài nhánh và các thông số tốc độ được tối ưu hóa.

thông số= l: chiều dài nhánh được tối ưu hóa.

thông số= r: thông số tỷ lệ được tối ưu hóa.

thông số= n: không có tham số nào được tối ưu hóa.

--rand_start

Tùy chọn này đặt cây ban đầu thành ngẫu nhiên. Nó chỉ hợp lệ nếu tìm kiếm SPR
phải được thực hiện.

--n_rand_starts num

num là số cây ngẫu nhiên ban đầu được sử dụng. Nó chỉ hợp lệ nếu SPR
tìm kiếm sẽ được thực hiện.

--r_seed num

num là hạt giống được sử dụng để bắt đầu trình tạo số ngẫu nhiên. Phải là số nguyên.

--print_site_lnl

In khả năng xảy ra cho từng trang web trong tệp * _phyml_lk.txt.

--print_trace

In từng phyLOGeny đã khám phá trong quá trình tìm kiếm cây trong tệp
* _phyml_trace.txt.

--run_id chuỗi ID

Nối chuỗi chuỗi ID ở cuối mỗi tệp đầu ra PhyML. Tùy chọn này có thể
hữu ích khi chạy các mô phỏng liên quan đến PhyML.

--Yên lặng

Không có câu hỏi tương tác (để chạy ở chế độ hàng loạt) và đầu ra yên tĩnh.

--no_memory_check

Không có câu hỏi tương tác cho việc sử dụng bộ nhớ (để chạy ở chế độ hàng loạt). Đầu ra bình thường
nếu không thì.

--alias_subpatt

Bí danh trang web được tổng quát hóa ở cấp độ cây con. Đôi khi dẫn đến nhanh hơn
các phép tính. Xem Kosakovsky Pond SL, Muse SV, Sytematic Biology (2004) để biết
thí dụ.

--boot_progress_display num (mặc định = 20)

num là tần suất mà thanh tiến trình bootstrap sẽ được cập nhật. Cần phải
một số nguyên.

GIỐNG PHYLIP GIAO DIỆN

Bạn cũng có thể sử dụng PhyML mà không cần đối số, trong trường hợp này, hãy thay đổi giá trị của một tham số bằng cách
gõ ký tự tương ứng của nó như được hiển thị trên màn hình.

VÍ DỤ

Tệp trình tự xen kẽ DNA, các thông số mặc định:

thực vật -i tiếp theo1

Tệp trình tự xen kẽ AA, các tham số mặc định:

thực vật -i tiếp theo2 -d aa

Tệp trình tự tuần tự AA, với tùy chỉnh:

thực vật -i tiếp theo3 -q -d aa -m JTT -c 4 -a e

Sử dụng phyml trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net