trò đùa - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

trò đùa - Tính toán nhiều liên kết trình tự có xác suất

SYNOPSIS

trò đùa chuỗi_tệp

trò đùa [tham số tùy chọn] -d =chuỗi_tệp [thông số tùy chọn]

MÔ TẢ

Bộ công cụ căn chỉnh theo xác suất (PRANK) là một chương trình căn chỉnh nhiều xác suất cho
Trình tự DNA, codon và axit amin. Nó dựa trên một thuật toán mới để xử lý
chèn một cách chính xác và tránh ước tính quá mức về số lượng sự kiện xóa.

Ngoài ra, PRANK vay mượn ý tưởng từ các phương pháp khả năng tối đa được sử dụng trong phát sinh loài và
tính đến khoảng cách tiến hóa giữa các trình tự một cách chính xác. Cuối cùng, PRANK
cho phép xác định một cấu trúc tiềm năng để các trình tự được căn chỉnh và sau đó,
đồng thời với sự liên kết, dự đoán vị trí của các đơn vị cấu trúc trong
trình tự.

LỰA CHỌN

ĐẦU RA ĐẦU VÀO THÔNG SỐ
-d =chuỗi_tệp
Tệp trình tự đầu vào ở định dạng FASTA.

-t =tập tin cây
Tệp cây để sử dụng. Nếu không được đặt, một cây NJ gần đúng sẽ được tạo.

-o =đầu ra_file
Đặt tên của tệp đầu ra. Nếu không được đặt, đầu ra_file được thiết lập để đầu ra.

-f =định dạng đầu ra
Đặt định dạng đầu ra. định dạng đầu ra có thể là một trong số nhịn ăn (Mặc định), Phylipi,
lá non, trang, hoặc là mối quan hệ.

-m =tập tin mô hình
Tệp mô hình để sử dụng. Nếu không được đặt, tập tin mô hình được thiết lập để HKY2 / WAG.

-ủng hộ
Tính toán hỗ trợ sau.

-showxml
Căn chỉnh đầu ra xml-file.

-showtree
Hướng dẫn căn chỉnh đầu ra.

-showanc
Xuất ra trình tự của tổ tiên.

-hiển thị tất cả
Xuất tất cả những thứ này.

-nhau
Không sử dụng neo Exonerate. (Exonerate để được cài đặt riêng.)

-nomafft
Không sử dụng MAFFT cho cây hướng dẫn. (MAFFT được cài đặt riêng.)

-njtree Ước tính cây từ căn chỉnh đầu vào (và căn chỉnh lại).

-tên ngắn gọn
Cắt ngắn tên ở ký tự khoảng trắng đầu tiên.

-Yên lặng Giảm sản lượng.

NHIỆM VỤ MERGE
-d1 =căn chỉnh_file
Tệp căn chỉnh đầu vào đầu tiên ở định dạng FASTA.

-d2 =căn chỉnh_file
Tệp căn chỉnh đầu vào thứ hai ở định dạng FASTA.

-t1 =tập tin cây
Tệp cây cho lần căn chỉnh đầu tiên. Nếu không được đặt, cây NJ gần đúng là
được tạo ra.

-t2 =tập tin cây
Tệp cây cho căn chỉnh thứ hai. Nếu không được đặt, cây NJ gần đúng là
được tạo ra.

MÔ HÌNH THÔNG SỐ
-F, +F Buộc luôn luôn bỏ qua các phần chèn.

-gaprate =#
Đặt tỷ lệ mở khoảng cách. Mặc định là 0.025 cho DNA và 0.005 đối với protein.

-gapext =#
Đặt xác suất mở rộng khoảng cách. Mặc định là 0.75 cho DNA và 0.5 cho
các protein.

-codon Sử dụng mô hình codon thực nghiệm để mã hóa DNA.

-ADN, -chất đạm
Sử dụng mô hình DNA hoặc protein, tương ứng. Tắt tính năng tự động phát hiện mô hình.

-termgap
Phạt khoảng trống đầu cuối bình thường.

-lại
Không có dữ liệu bị thiếu. Sử dụng -F cho khoảng trống đầu cuối.

-giữ cho Không loại bỏ các khoảng trống khỏi các trình tự được căn chỉnh trước.

KHÁC THÔNG SỐ
-iterate = #
Các vòng lặp lại căn chỉnh; theo mặc định, lặp lại năm lần và giữ nguyên
kết quả.

-Một lần Chỉ chạy một lần. Tương tự như -iterate = 1.

-cây mận
Tỉa cành cây hướng dẫn không có dữ liệu trình tự.

-pruneddata
Tỉa dữ liệu trình tự mà không có lá cây hướng dẫn.

-uselogs
Chậm hơn nhưng sẽ hoạt động với số lượng trình tự lớn hơn.

-Phiên dịch
Dịch dữ liệu đầu vào sang chuỗi protein.

-mttranslate
Dịch dữ liệu đầu vào sang chuỗi protein bằng cách sử dụng bảng mt.

-đổi
Không căn chỉnh, chỉ chuyển đổi sang một định dạng khác.

-dna =dna_sequence_file
Tệp trình tự DNA để dịch mã ngược của sự liên kết protein.

-Cứu giúp Hiển thị trang trợ giúp mở rộng với nhiều tùy chọn hơn.

-phiên bản
Hiển thị phiên bản và kiểm tra các bản cập nhật.

TÁC GIẢ

trò đùa được viết bởi Ari Loytynoja.

Trang hướng dẫn này ban đầu được viết bởi Manuel Prinz[email được bảo vệ]> cho Debian
dự án (và có thể được sử dụng bởi những người khác).

Sử dụng trò chơi khăm trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net