Đây là lệnh cơ bản có thể được chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
mồi - Phiên bản đơn giản của primer3 để chọn mồi PCR
SYNOPSIS
mồi -sự nối tiếp tiếp theo [-khu vực mục tiêu phạm vi] [-có kích thước số nguyên] [-tích thước số nguyên]
[-maxdifftm phao] [-giải thích cờ boolean] [-numreturn số nguyên] -outfile ô uế
mồi -Cứu giúp
MÔ TẢ
mồi là một chương trình dòng lệnh từ EMBOSS (“Tổ chức Sinh học Phân tử Châu Âu Mở rộng
Bộ phần mềm"). Nó là một phần của (các) nhóm lệnh "Nucleic: Primers".
LỰA CHỌN
Đầu vào phần
-sự nối tiếp tiếp theo
Trình tự chọn mồi. Trình tự phải được trình bày 5 '-> 3'
thêm vào phần
-khu vực mục tiêu phạm vi
Nếu một hoặc nhiều Mục tiêu được chỉ định thì một cặp mồi hợp pháp phải xếp cạnh ít nhất một
của họ. Mục tiêu có thể là một trang web lặp lại trình tự đơn giản (ví dụ: lặp lại CA) hoặc
đa hình một cặp bazơ. Giá trị phải là danh sách được phân tách bằng dấu cách
, cặp ở đâu là chỉ số của cơ sở đầu tiên của Mục tiêu và
là cuối cùng Ví dụ: 50,51 yêu cầu mồi bao quanh 2 đế ở vị trí 50
và 51.
-có kích thước số nguyên
Chiều dài tối thiểu chấp nhận được của lớp sơn lót. Phải lớn hơn 0 và nhỏ hơn hoặc bằng
thành MAX-SIZE. Giá trị mặc định: 18
-tích thước số nguyên
Chiều dài tối đa có thể chấp nhận được (tính theo cơ sở) của lớp sơn lót. Hiện tại thông số này không thể là
lớn hơn 35. Giới hạn này được điều chỉnh bởi kích thước oligo tối đa mà Primer3's
nhiệt độ nóng chảy là hợp lệ. Giá trị mặc định: 27
-maxdifftm phao
Chênh lệch tối đa có thể chấp nhận được (không dấu) giữa nhiệt độ nóng chảy của
thuận và nghịch mồi. Giá trị mặc định: 100.0
Đầu ra phần
-giải thích cờ boolean
Nếu cờ này khác 0, hãy tạo ra LEFT-EXPLAIN và RIGHT-EXPLAIN, là đầu ra
nhằm cung cấp thông tin về số lượng cặp mồi mà Primer3 đã kiểm tra,
và thống kê về số bị loại bỏ vì nhiều lý do khác nhau. Giá trị mặc định: N
-numreturn số nguyên
Số lượng cặp mồi tối đa để trả về. Các cặp mồi trả về được sắp xếp theo
'chất lượng' của chúng, hay nói cách khác là theo giá trị của hàm mục tiêu (trong đó
số chỉ cặp mồi tốt hơn). Thận trọng: đặt thông số này thành lớn
giá trị sẽ tăng thời gian chạy. Giá trị mặc định: 5
-outfile ô uế
Sử dụng cơ bản trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
