raxmlHPC-PTHREADS - Trực tuyến trên Đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

Sử dụng - Khả năng tối đa được tăng tốc theo trục ngẫu nhiên

MÔ TẢ

Sử dụng raxml với hỗ trợ AVX (1 cp)

Đây là RAxML phiên bản 8.2.4 được phát hành bởi Alexandros Stamatakis vào ngày 02 tháng 2015 năm XNUMX.

Với những đóng góp mã được đánh giá cao bởi: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(HITS) Alexey Kozlov (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT và HITS)
Nick Pattengale (Sandia) Wayne Pfeiffer (SDSC) Akifumi S. Tanabe (NRIFS)

Cũng vui lòng tham khảo hướng dẫn sử dụng RAxML

Vui lòng báo cáo lỗi thông qua nhóm Google RAxML! Vui lòng gửi cho chúng tôi tất cả các tệp đầu vào, chính xác
lời gọi, chi tiết của HW và hệ điều hành, cũng như tất cả các thông báo lỗi được in
để sàng lọc.

raxmlHPC [-SSE3 | -AVX | -PTHREADS | -PTHREADS-SSE3 | -PTHREADS-AVX | -HYBRID | -HYBRID-SSE3 | HYBRID-AVX]

-s serialFileName -n tên tệp xuất ra -m thay thế

[-a weightFileName] [-A secondStructureSubstModel] [-b
bootstrapRandomNumberSeed] [-B wcCriterionThreshold] [-c numberOfCategories] [-C]
[-d] [-D] [-e khả năngEpsilon] [-E loại trừ tên tập tin] [-f
a | A | b | B | c | C | d | D | e | E | F | g | G | h | H | i | I | j | J | k | m | n | N | o | p | P | q | r | R | s | S | t | T | u | v | V | w | W | x | y]
[-F] [-g groupingFileName] [-G positionThreshold] [-h] [-H] [-i
ban đầuRearrangementSetting] [-I autoFC | autoMR | autoMRE | autoMRE_IGN] [-j] [-J
MR | MR_DROP | MRE | STRICT | STRICT_DROP | T_ ] [-k] [-K] [-L MR | MRE | T_ ]
[-M] [-o outGroupName1 [, outGroupName2 [, ...]]] [- O] [-p parsimonyRandomSeed] [-P
proteinModel] [-q multipleModelFileName] [-r nhị phânConstraintTree] [-R
binaryModelParamFile] [-S SecondaryStructureFile] [-t userStartingTree] [-T
numberOfThreads] [-u] [-U] [-v] [-V] [-w outputDirectory] [-W trượtWindowSize]
[-x quickBootstrapRandomNumberSeed] [-X] [-y] [-Y
quartetGroupingFileName | advancedSequenceCandidatesFileName] [-z multipleTreesFile]
[- # | -N numberOfRuns | autoFC | autoMR | autoMRE | autoMRE_IGN]
[--mesquite] [- im lặng] [- no-seq-check] [- no-bfgs]
[--asc-corr = stamatakis | felsenstein | lewis]
[--flag-check] [- auto-prot = ml | bic | aic | aicc]
[--epa-keep-placements = number] [- epa-Tích lũy-Ngưỡng = ngưỡng]
[--epa-prob-Ngưỡng = ngưỡng] [--JC69] [- K80] [- HKY85]

-a Chỉ định tên tệp trọng số cột để gán các trọng số riêng lẻ cho từng cột của
sự liên kết. Các trọng số đó phải là số nguyên được phân tách bằng bất kỳ loại nào và số
khoảng trắng trong một tệp riêng biệt, hãy xem tệp "example_weights" để làm ví dụ.

-A Chỉ định một trong các mô hình thay thế cấu trúc thứ cấp được triển khai trong RAxML.
Danh pháp tương tự như trong sổ tay PHASE được sử dụng, các mẫu có sẵn: S6A, S6B,
S6C, S6D, S6E, S7A, S7B, S7C, S7D, S7E, S7F, S16, S16A, S16B

DEFAULT: Mẫu GTR 16 trạng thái (S16)

-b Chỉ định một số nguyên (hạt giống ngẫu nhiên) và bật khởi động

DEFAULT: TẮT

-B chỉ định một số dấu phẩy động trong khoảng từ 0.0 đến 1.0 sẽ được sử dụng làm điểm cắt
ngưỡng cho tiêu chí khởi động dựa trên MR. Cài đặt được khuyến nghị là 0.03.

DEFAULT: 0.03 (khuyến nghị cài đặt xác định theo kinh nghiệm)

-c Chỉ định số lượng danh mục tỷ lệ riêng biệt cho RAxML khi mô hình tỷ lệ
tính không đồng nhất được đặt thành CAT Tỷ lệ cá nhân trên mỗi trang web được phân loại thành
numberOfCategories xếp hạng các danh mục để tăng tốc tính toán.

ĐỊNH NGHĨA: 25

-C Bật đầu ra dài dòng cho các tùy chọn "-L" và "-fi". Điều này sẽ tạo ra nhiều hơn, như
cũng như các tệp đầu ra dài dòng hơn

DEFAULT: TẮT

-d bắt đầu tối ưu hóa ML từ cây bắt đầu ngẫu nhiên

DEFAULT: TẮT

-D Tiêu chí hội tụ tìm kiếm ML. Điều này sẽ ngắt các tìm kiếm ML nếu họ hàng
Robinson-Foulds khoảng cách giữa các cây thu được từ hai lần SPR lười liên tiếp
chu kỳ nhỏ hơn hoặc bằng 1%. Khuyến nghị sử dụng cho các tập dữ liệu rất lớn trong
các điều khoản của đơn vị phân loại. Trên những cây có hơn 500 đơn vị phân loại, điều này sẽ mang lại thời gian thực hiện
cải thiện khoảng 50% Trong khi chỉ cho năng suất những cây kém hơn một chút.

DEFAULT: TẮT

-e đặt độ chính xác tối ưu hóa mô hình trong các đơn vị khả năng xảy ra nhật ký để tối ưu hóa cuối cùng
cấu trúc liên kết cây

ĐỊNH NGHĨA: 0.1
đối với các mô hình không sử dụng tỷ lệ ước tính vị trí bất biến

0.001 cho các mô hình sử dụng tỷ lệ ước tính vị trí bất biến

-E chỉ định một tên tệp loại trừ, có chứa đặc điểm kỹ thuật của các vị trí căn chỉnh
bạn muốn loại trừ. Định dạng tương tự như Nexus, tệp sẽ chứa các mục nhập
như "100-200 300-400", để loại trừ ghi một cột, ví dụ: "100-100", nếu bạn
sử dụng một mô hình hỗn hợp, một tệp mô hình được điều chỉnh thích hợp sẽ được viết.

-f chọn thuật toán:

"-fa": phân tích Bootstrap nhanh chóng và tìm kiếm cây ML có điểm tốt nhất trong một chương trình
run "-f A": tính toán các trạng thái tổ tiên biên trên cây tham chiếu ROOTED được cung cấp
với "-t" "-fb": vẽ thông tin phân vùng trên cây được cung cấp dựa trên "-t"
trên nhiều cây

(ví dụ: từ bootstrap) trong một tệp được chỉ định bởi "-z"

"-f B": tối ưu hóa thang đo br-len và các tham số mô hình khác (GTR, alpha, v.v.) trên một cây
được cung cấp bằng "-t".
Cây cần có chiều dài cành. Độ dài nhánh sẽ không được tối ưu hóa,
chỉ được chia tỷ lệ bằng một giá trị chung duy nhất.

"-fc": kiểm tra xem liệu căn chỉnh có thể được đọc đúng cách bởi RAxML "-f C": tổ tiên không
kiểm tra trình tự cho Jiajie, người dùng cũng sẽ cần cung cấp danh sách tên đơn vị phân loại thông qua
-Y phân tách bằng khoảng trắng "-fd": leo đồi nhanh mới

DEFAULT: BẬT

"-f D": leo đồi nhanh chóng với RELL bootstraps "-fe": tối ưu hóa mô hình + chi nhánh
độ dài cho cây đầu vào đã cho chỉ trong GAMMA / GAMMAI "-f E": thực thi rất nhanh
tìm kiếm cây thử nghiệm, hiện tại chỉ dành cho thử nghiệm "-f F": thực thi nhanh
tìm kiếm trên cây thử nghiệm, hiện tại chỉ dành cho thử nghiệm "-fg": tính toán trên nhật ký trang web
Khả năng có thêm một cây quặng nữa đi qua

"-z" và ghi chúng vào một tệp mà CONSEL có thể đọc được
Các thông số mô hình sẽ chỉ được ước tính trên cây đầu tiên!

"-f G": tính toán nhật ký trên mỗi trang web Khả năng xảy ra thêm một cây quặng nữa đi qua
"-z" và ghi chúng vào một tệp mà CONSEL có thể đọc được. Các thông số mô hình
sẽ được ước tính lại cho từng cây

"-fh": tính toán kiểm tra khả năng nhật ký (SH-test) giữa cây tốt nhất được chuyển qua "-t"
và một loạt các cây khác được chuyển qua "-z" Các thông số mô hình sẽ được ước tính
chỉ trên cây đầu tiên!

"-f H": tính toán kiểm tra khả năng nhật ký (SH-test) giữa cây tốt nhất được chuyển qua "-t"
và một loạt các cây khác được chuyển qua "-z" Các thông số mô hình sẽ là
ước tính lại cho từng cây

"-fi": tính điểm IC và TC (Salichos và Rokas 2013) trên cây được cung cấp "-t"
dựa trên nhiều cây
(ví dụ: từ bootstrap) trong một tệp được chỉ định bởi "-z"

"-f I": một thuật toán tạo rễ cây đơn giản cho các cây chưa được root.
Nó ra rễ cây bằng cách cắm rễ ở cành cân bằng tốt nhất giữa cây con
độ dài (tổng của các nhánh trong cây con) của cây con bên trái và bên phải. MỘT
nhánh với số dư tối ưu không phải lúc nào cũng tồn tại! Bạn cần chỉ định cây
bạn muốn root thông qua "-t".

"-fj": tạo một loạt các tệp căn chỉnh được khởi động từ một tệp alignemnt ban đầu.
Bạn cần chỉ định một hạt giống với "-b" và số lượng bản sao với "- #"

"-f J": Tính toán các giá trị hỗ trợ giống SH trên một cây nhất định được chuyển qua "-t". "-fk":
Khắc phục độ dài nhánh dài trong tập dữ liệu được phân vùng có dữ liệu bị thiếu bằng cách sử dụng

thuật toán đánh cắp độ dài nhánh.
Tùy chọn này chỉ hoạt động cùng với "-t", "-M" và "-q". Nó sẽ in ra
cây có chiều dài nhánh ngắn hơn, nhưng có cùng điểm khả năng.

"-fm": so sánh độ phân đôi giữa hai nhóm cây được chuyển qua "-t" và "-z"
tương ứng. Điều này sẽ trả về mối tương quan Pearson giữa tất cả các phân nhóm
được tìm thấy trong hai tệp cây. Một tệp được gọi là
RAxML_bipartitionFrequencies.outpuFileName sẽ được in có chứa
tần số phân chia theo cặp khôn ngoan của hai tập hợp

"-fn": tính điểm khả năng ghi nhật ký của tất cả các cây có trong tệp cây được cung cấp bởi
"-z" trong GAMMA hoặc GAMMA + P-Invar Các thông số mô hình sẽ được ước tính trên
cây đầu tiên duy nhất!

"-f N": tính điểm khả năng xảy ra nhật ký của tất cả các cây có trong tệp cây được cung cấp bởi
"-z" trong GAMMA hoặc GAMMA + P-Invar Các thông số mô hình sẽ được ước tính lại cho
mỗi cây

"-fo": tốc độ leo đồi cũ và chậm hơn mà không có sự cắt giảm kinh nghiệm "-fp": thực hiện
Việc bổ sung MP theo từng bước thuần túy của các chuỗi mới vào một cây bắt đầu không hoàn chỉnh và thoát
"-f P": thực hiện vị trí phát sinh loài của các cây con được chỉ định trong tệp được chuyển
qua "-z" vào một cây tham chiếu nhất định

trong đó các cây con này được chứa được chuyển qua "-t" bằng cách sử dụng
thuật toán vị trí tiến hóa.

"-fq": máy tính tứ nhanh "-fr": tính toán theo cặp Robinson-Foulds (RF)
khoảng cách giữa tất cả các cặp cây trong tệp cây được chuyển qua "-z"

nếu các cây có các labales nút được biểu diễn dưới dạng các giá trị hỗ trợ số nguyên, chương trình cũng sẽ
tính toán hai hương vị của
khoảng cách Robinson-Foulds (WRF) có trọng số

"-f R": tính toán tất cả khoảng cách Robinson-Foulds (RF) theo từng cặp giữa một cây tham chiếu lớn
được chuyển qua "-t"

và nhiều cây nhỏ hơn (phải có một tập hợp con của đơn vị phân loại của cây lớn) đi qua
"-z".
Tùy chọn này nhằm mục đích kiểm tra tính hợp lý của các phylogenies rất lớn
mà không thể kiểm tra bằng mắt được nữa.

"-fs": tách sự liên kết được phân vùng nhiều gen thành tương ứng
subalignments "-f S": tính toán độ chệch vị trí của từng trang web cụ thể bằng cách sử dụng một bỏ sót
thử nghiệm lấy cảm hứng từ thuật toán vị trí tiến hóa "-ft": làm cây ngẫu nhiên
tìm kiếm trên một cây bắt đầu cố định "-f T": thực hiện tối ưu hóa toàn diện cuối cùng của ML
cây từ tìm kiếm bootstrap nhanh chóng ở chế độ độc lập "-fu": thực thi hình thái học
hiệu chuẩn trọng lượng sử dụng khả năng tối đa, điều này sẽ trả về một vectơ trọng lượng.

bạn cần cung cấp sự liên kết hình thái và cây tham chiếu qua "-t"

"-fv": phân loại một loạt các trình tự môi trường thành một cây tham chiếu bằng cách sử dụng kỹ lưỡng
đọc phụ trang
bạn sẽ cần khởi động RAxML với cây tham chiếu không toàn diện và
căn chỉnh chứa tất cả các chuỗi (tham chiếu + truy vấn)

"-f V": phân loại một loạt các trình tự môi trường thành một cây tham chiếu bằng cách sử dụng kỹ lưỡng
đọc phụ trang
bạn sẽ cần khởi động RAxML với cây tham chiếu không toàn diện và
căn chỉnh có chứa tất cả các chuỗi (tham chiếu + truy vấn) CẢNH BÁO: đây là một thử nghiệm
triển khai để xử lý hiệu quả hơn các bộ dữ liệu đa gen / toàn bộ bộ gen!

"-fw": tính toán kiểm tra ELW trên một loạt cây được chuyển qua "-z"
Các thông số mô hình sẽ chỉ được ước tính trên cây đầu tiên!

"-f W": tính toán kiểm tra ELW trên một loạt cây được chuyển qua "-z"
Các thông số mô hình sẽ được ước tính lại cho từng cây

"-fx": tính toán khoảng cách ML theo cặp, thông số mô hình ML sẽ được ước tính trên MP
cây bắt đầu hoặc cây do người dùng xác định được chuyển qua "-t", chỉ được phép dựa trên GAMMA
mô hình tỷ lệ không đồng nhất

"-fy": phân loại một loạt các trình tự môi trường thành một cây tham chiếu bằng cách sử dụng parsimony
bạn sẽ cần khởi động RAxML với cây tham chiếu không toàn diện và
căn chỉnh chứa tất cả các chuỗi (tham chiếu + truy vấn)

DEFAULT cho "-f": leo đồi nhanh mới

-F cho phép tìm kiếm cây ML theo mô hình CAT cho những cây rất lớn mà không cần chuyển sang
Cuối cùng thì GAMMA (tiết kiệm bộ nhớ). Tùy chọn này cũng có thể được sử dụng với GAMMA
để tránh tối ưu hóa triệt để cây ML có điểm tốt nhất trong
kết thúc.

DEFAULT: TẮT

-g chỉ định tên tệp của cây ràng buộc đa tầng mà cây này không cần
phải toàn diện, tức là không được chứa tất cả các đơn vị phân loại

-G kích hoạt thuật toán vị trí tiến hóa dựa trên ML theo phương pháp xác định cụ thể
giá trị ngưỡng (phần nhỏ của các nhánh chèn được đánh giá bằng cách sử dụng chậm
chèn theo ML).

-h Hiển thị thông báo trợ giúp này.

-H Tắt tính năng nén mẫu.

DEFAULT: BẬT

-i Cài đặt sắp xếp lại ban đầu để áp dụng các thay đổi tôpô tiếp theo
giai đoạn

-I phân tích khởi động posteriori. Sử dụng:

"-I autoFC" cho tiêu chí dựa trên tần suất "I autoMR" cho quy tắc đa số
tiêu chí cây đồng thuận "I autoMRE" cho cây đồng thuận quy tắc đa số mở rộng
tiêu chí "-I autoMRE_IGN" cho các chỉ số tương tự như MRE, nhưng bao gồm cả phân số
dưới ngưỡng cho dù chúng có tương thích không

hay không. Điều này mô phỏng MRE nhưng nhanh hơn để tính toán.

Bạn cũng cần chuyển một tệp cây chứa một số bản sao bootstrap qua "-z"

-j Chỉ định rằng các tệp cây trung gian sẽ được ghi vào tệp trong quá trình chuẩn
Tìm kiếm cây ML và BS.

DEFAULT: TẮT

-J Tính toán cây đồng thuận quy tắc đa số với "-J MR" hoặc quy tắc đa số mở rộng
cây đồng thuận với "-J MRE" hoặc cây đồng thuận nghiêm ngặt với "-J NGHIÊM TÚC". Cho một
ngưỡng đồng thuận tùy chỉnh> = 50%, chỉ định T_ , trong đó 100> = NUM> = 50.
Các tùy chọn "-J STRICT_DROP" và "-J MR_DROP" sẽ thực thi một thuật toán xác định
dropsets có chứa các đơn vị phân loại giả mạo như được đề xuất bởi Pattengale et al. trong bài báo
"Khám phá sự đồng thuận phát sinh loài tiềm ẩn". Bạn cũng sẽ cần cung cấp một cây
tệp có chứa một số cây KHÔNG ĐƯỢC GỬI qua "-z"

-k Chỉ định rằng cây khởi động phải được in với độ dài nhánh. Các
bootstraps sẽ chạy lâu hơn một chút, vì các thông số mô hình sẽ được tối ưu hóa tại
kết thúc mỗi lần chạy theo GAMMA hoặc GAMMA + P-Invar tương ứng.

DEFAULT: TẮT

-K Chỉ định một trong các mô hình thay thế nhiều trạng thái (tối đa 32 trạng thái) được triển khai trong
RAxML. Các mẫu có sẵn là: ORDERED, MK, GTR

DEFAULT: Mô hình GTR

-L Tính toán các cây đồng thuận được gắn nhãn bởi các hỗ trợ IC và giá trị TC tổng thể như
được đề xuất trong Salichos và Rokas 2013. Tính toán cây đồng thuận quy tắc đa số với
"-L MR" hoặc cây đồng thuận quy tắc đa số mở rộng với "-L MRE". Đối với một tùy chỉnh
ngưỡng đồng thuận> = 50%, chỉ định "-L T_ ", trong đó 100> = NUM> = 50. Bạn sẽ
tất nhiên cũng cần cung cấp một tệp cây có chứa một số cây KHÔNG ĐƯỢC GỬI qua
"-z"!

-m Mô hình Binary (Hình thái học), Nucleotide, Multi-State hoặc Amino Acid
Thay thế:

nhị phân:

"-m BINCAT [X]"
: Tối ưu hóa trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể được đánh giá
tự động trong BINGAMMA, tùy thuộc vào tùy chọn tìm kiếm trên cây. Với
phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m BINCATI [X]"
: Tối ưu hóa trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể được đánh giá
tự động trong BINGAMMAI, tùy thuộc vào tùy chọn tìm kiếm trên cây. Với
phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m ASC_BINCAT [X]"
: Tối ưu hóa trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể được đánh giá
tự động trong BINGAMMA, tùy thuộc vào tùy chọn tìm kiếm trên cây. Với
phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản. Hội đồng An ninh ASEAN
tiền tố sẽ sửa chữa khả năng xảy ra sai lệch xác định.

"-m BINGAMMA [X]"
: Mô hình GAMMA về tỷ lệ không đồng nhất (tham số alpha sẽ được ước tính).

Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m ASC_BINGAMMA [X]": Mô hình GAMMA về tỷ lệ không đồng nhất (thông số alpha sẽ là
ước lượng).
Tiền tố ASC sẽ sửa chữa khả năng xảy ra sai lệch khi thu thập được. Với
phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m BINGAMMAI [X]"
: Tương tự như BINGAMMA, nhưng ước tính tỷ lệ các vị trí bất biến.

Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

NUCLEOTIDE:

"-m GTRCAT [X]"
: GTR + Tối ưu hóa tỷ lệ thay thế + Tối ưu hóa trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể là
được đánh giá theo GTRGAMMA, tùy thuộc vào tùy chọn tìm kiếm dạng cây. Với tùy chọn
Phụ lục "X" bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m GTRCATI [X]"
: GTR + Tối ưu hóa tỷ lệ thay thế + Tối ưu hóa trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể là
được đánh giá theo GTRGAMMAI, tùy thuộc vào tùy chọn tìm kiếm trên cây. Với tùy chọn
Phụ lục "X" bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m ASC_GTRCAT [X]"
: GTR + Tối ưu hóa tỷ lệ thay thế + Tối ưu hóa trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể là
được đánh giá theo GTRGAMMA, tùy thuộc vào tùy chọn tìm kiếm dạng cây. Với tùy chọn
Phụ lục "X" bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản. Tiền tố ASC
sẽ sửa chữa khả năng xảy ra sai lệch xác định.

"-m GTRGAMMA [X]"
: GTR + Tối ưu hóa tỷ lệ thay thế + Mô hình tỷ lệ GAMMA

không đồng nhất (tham số alpha sẽ được ước tính).
Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m ASC_GTRGAMMA [X]": GTR + Tối ưu hóa tỷ lệ thay thế + Mô hình tỷ lệ GAMMA
không đồng nhất (tham số alpha sẽ được ước tính). Tiền tố ASC sẽ đúng
khả năng xảy ra sai lệch khi xác định. Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể
xác định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m GTRGAMMAI [X]"
: Giống như GTRGAMMA, nhưng ước tính tỷ lệ các vị trí bất biến.

Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

NHIỀU NHÀ NƯỚC:

"-m MULTICAT [X]"
: Tối ưu hóa trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể được đánh giá
tự động trong MULTIGAMMA, tùy thuộc vào tùy chọn tìm kiếm trên cây. Với
phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m MULTICATI [X]"
: Tối ưu hóa trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể được đánh giá
tự động trong MULTIGAMMAI, tùy thuộc vào tùy chọn tìm kiếm trên cây. Với
phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m ASC_MULTICAT [X]"
: Tối ưu hóa trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể được đánh giá
tự động trong MULTIGAMMA, tùy thuộc vào tùy chọn tìm kiếm trên cây. Với
phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản. Hội đồng An ninh ASEAN
tiền tố sẽ sửa chữa khả năng xảy ra sai lệch xác định.

"-m MULTIGAMMA [X]"
: Mô hình GAMMA về tỷ lệ không đồng nhất (tham số alpha sẽ được ước tính).

Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m ASC_MULTIGAMMA [X]": Mô hình GAMMA về tỷ lệ không đồng nhất (tham số alpha sẽ là
ước lượng).
Tiền tố ASC sẽ sửa chữa khả năng xảy ra sai lệch khi thu thập được. Với
phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m MULTIGAMMAI [X]"
: Tương tự như MULTIGAMMA, nhưng ước tính tỷ lệ các vị trí bất biến.

Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

Bạn có thể sử dụng tối đa 32 trạng thái ký tự riêng biệt để mã hóa các vùng đa trạng thái, chúng
phải được sử dụng theo thứ tự sau: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, A, B, C, D, E,
F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P, Q, R, S, T, U, V tức là nếu bạn có 6 phân biệt
trạng thái ký tự bạn sẽ sử dụng 0, 1, 2, 3, 4, 5 để mã hóa chúng. Sự thay thế
có thể chọn mô hình cho các vùng đa trạng thái thông qua tùy chọn "-K"

ACIDS AMINO:

"-m PROTCATmatrixName [F | X]"
: ma trận AA cụ thể + Tối ưu hóa tỷ lệ thay thế + Tối ưu hóa
trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể là
được đánh giá tự động trong PROTGAMMAmatrixName [F | X], tùy thuộc vào cây
tùy chọn tìm kiếm. Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của
tần số cơ bản.

"-m PROTCATImatrixName [F | X]"
: ma trận AA cụ thể + Tối ưu hóa tỷ lệ thay thế + Tối ưu hóa
trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể là
được đánh giá tự động trong PROTGAMMAImatrixName [F | X], tùy thuộc vào cây
tùy chọn tìm kiếm. Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của
tần số cơ bản.

"-m ASC_PROTCATmatrixName [F | X]"
: ma trận AA cụ thể + Tối ưu hóa tỷ lệ thay thế + Tối ưu hóa
trang web cụ thể

tỷ lệ tiến hóa được phân loại thành numberOfCategories riêng biệt
xếp hạng danh mục để có hiệu quả tính toán cao hơn. Cây cuối cùng có thể là
được đánh giá tự động trong PROTGAMMAmatrixName [F | X], tùy thuộc vào cây
tùy chọn tìm kiếm. Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của
tần số cơ bản. Tiền tố ASC sẽ điều chỉnh khả năng đạt được
Thiên kiến.

"-m PROTGAMMAmatrixName [F | X]"
: ma trận AA cụ thể + Tối ưu hóa tỷ lệ thay thế + Mô hình tỷ lệ GAMMA

không đồng nhất (tham số alpha sẽ được ước tính).
Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m ASC_PROTGAMMAmatrixName [F | X]": ma trận AA được chỉ định + Tối ưu hóa thay thế
tỷ lệ + mô hình tỷ lệ GAMMA
không đồng nhất (tham số alpha sẽ được ước tính). Tiền tố ASC sẽ đúng
khả năng xảy ra sai lệch khi xác định. Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể
xác định ước tính ML của các tần số cơ bản.

"-m PROTGAMMAImatrixName [F | X]"
: Giống như PROTGAMMAmatrixName [F | X], nhưng với ước tính tỷ lệ bất biến
các trang web.

Với phụ lục "X" tùy chọn, bạn có thể chỉ định ước tính ML của các tần số cơ bản.

Các kiểu thay thế AA hiện có: DAYHOFF, DCMUT, JTT, MTREV, WAG, RTREV, CPREV,
VT, BLOSUM62, MTMAM, LG, MTART, MTZOA, PMB, HIVB, HIVW, JTTDCMUT, CÚM, STMTREV,
DUMMY, DUMMY2, AUTO, LG4M, LG4X, PROT_FILE, GTR_UNLINKED, GTR Với "F" tùy chọn
phụ lục bạn có thể chỉ định nếu bạn muốn sử dụng tần số cơ sở thực nghiệm. TỰ ĐỘNG và
AUTOX không được hỗ trợ nữa, nếu bạn chỉ định AUTO, nó sẽ kiểm tra prot phụ.
các mô hình có và không có tần số cơ sở thực nghiệm ngay bây giờ! Xin lưu ý rằng đối với
các mô hình phân vùng, ngoài ra, bạn có thể chỉ định mô hình AA cho mỗi gen trong
tập tin phân vùng (xem hướng dẫn sử dụng để biết thêm chi tiết). Cũng lưu ý rằng nếu bạn ước tính AA GTR
các tham số trên tập dữ liệu được phân vùng, chúng sẽ được liên kết (ước tính chung) qua
tất cả các phân vùng để tránh tham số quá mức

-M Bật ước tính độ dài nhánh riêng lẻ trên mỗi phân vùng. Chỉ có hiệu lực
khi được sử dụng kết hợp với "-q" Độ dài nhánh cho các phân vùng riêng lẻ sẽ là
được in ra các tệp riêng biệt Một trung bình có trọng số của độ dài nhánh được tính bằng
sử dụng độ dài phân vùng tương ứng

DEFAULT: TẮT

-n Chỉ định tên của tệp đầu ra.

-o Chỉ định tên của một outgrpoup đơn lẻ hoặc một danh sách các nhóm outgrpoup được phân tách bằng dấu phẩy, ví dụ:
"-o Rat" hoặc "-o Rat, Mouse", trong trường hợp nhiều nhóm ngoài không phải là đơn ngành
tên đầu tiên trong danh sách sẽ được chọn là nhóm ngoài, không để khoảng cách giữa
tên đơn vị phân loại!

-O Tắt kiểm tra trình tự hoàn toàn không xác định trong căn chỉnh. Chương trình sẽ
không thoát với thông báo lỗi khi "-O" được chỉ định.

DEFAULT: bật kiểm tra

-p Chỉ định một hạt giống số ngẫu nhiên cho các suy luận parsimony. Điều này cho phép bạn
tái tạo kết quả của bạn và sẽ giúp tôi gỡ lỗi chương trình.

-P Chỉ định tên tệp của mô hình thay thế AA (Protein) do người dùng xác định. Tập tin này
phải chứa 420 mục nhập, 400 mục đầu tiên là tỷ lệ thay thế AA (điều này phải
là một ma trận đối xứng) và 20 cuối cùng là tần số cơ sở thực nghiệm

-q Chỉ định tên tệp chứa việc gán các mô hình để căn chỉnh
phân vùng cho nhiều mô hình thay thế. Để biết cú pháp của tệp này, vui lòng
tham khảo sách hướng dẫn.

-r Chỉ định tên tệp của cây ràng buộc nhị phân. cây này không cần phải
toàn diện, nghĩa là không được chứa tất cả các đơn vị phân loại

-R Chỉ định tên tệp của tệp tham số mô hình nhị phân mà trước đó
được tạo bằng RAxML bằng cách sử dụng -f e cây tùy chọn đánh giá. Tên tệp phải
là: RAxML_binaryModelParameters.runID

-s Chỉ định tên của tệp dữ liệu căn chỉnh ở định dạng PHYLIP

-S Chỉ định tên của tệp cấu trúc phụ. Tệp có thể chứa "." vì
các cột căn chỉnh không tạo thành một phần của thân và các ký tự "() <> [] {}" thành
xác định vùng gốc và giả mã

-t Chỉ định tên tệp cây bắt đầu của người dùng ở định dạng Newick

-T CHỈ PHIÊN BẢN PTHREADS! Chỉ định số luồng bạn muốn chạy. Đảm bảo
đặt "-T" thành nhiều nhất là số CPU bạn có trên máy của mình, nếu không, ở đó
sẽ làm giảm hiệu suất rất lớn!

-u sử dụng giá trị trung bình cho ước lượng rời rạc của mô hình GAMMA về tỷ lệ
không đồng nhất

DEFAULT: TẮT

-U Cố gắng tiết kiệm bộ nhớ bằng cách sử dụng triển khai dựa trên SEV cho các cột khoảng trống trên linh kiện lớn
căn chỉnh Kỹ thuật được mô tả ở đây:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/470 Điều này sẽ chỉ hoạt động đối với DNA và / hoặc
Dữ liệu PROTEIN và chỉ với phiên bản mã được xác định bằng văn bản SSE3 hoặc AVX.

-v Thông tin phiên bản màn hình hiển thị

-V Vô hiệu hóa tỷ lệ không đồng nhất giữa các mô hình trang web và sử dụng một mô hình không có tỷ lệ không đồng nhất
thay thế. Chỉ hoạt động nếu bạn chỉ định mô hình CAT về tỷ lệ không đồng nhất.

DEFAULT: tỷ lệ sử dụng không đồng nhất

-w FULL (!) Đường dẫn đến thư mục mà RAxML sẽ ghi các tệp đầu ra của nó

DEFAULT: thư mục hiện tại

-W Kích thước cửa sổ trượt chỉ dành cho thuật toán thiên vị vị trí dành riêng cho từng trang web
hiệu quả khi được sử dụng kết hợp với "-f S"

DEFAULT: 100 trang web

-x Chỉ định một số nguyên (hạt ngẫu nhiên) và bật khởi động nhanh THẬN TRỌNG:
không giống như trong phiên bản 7.0.4 RAxML sẽ tiến hành sao chép BS nhanh chóng theo mô hình
tỷ lệ không đồng nhất mà bạn đã chỉ định qua "-m" chứ không phải theo mặc định trong CAT

-X Tương tự như tùy chọn "-y" bên dưới, tuy nhiên tìm kiếm parsimony là hời hợt hơn.
RAxML sẽ chỉ thực hiện một cây phân tích cú pháp thứ tự bổ sung ngẫu nhiên theo từng bước
tái tạo mà không cần thực hiện bất kỳ SPR bổ sung nào. Điều này có thể hữu ích cho
tập dữ liệu toàn bộ bộ gen rất rộng, vì điều này có thể tạo ra nhiều cấu trúc liên kết hơn
cây khởi đầu khác nhau.

DEFAULT: TẮT

-y Nếu bạn chỉ muốn tính một cây bắt đầu parsimony với RAxML chỉ định "-y",
chương trình sẽ thoát ra sau khi tính toán cây bắt đầu

DEFAULT: TẮT

-Y Chuyển tên tệp nhóm bộ tứ xác định bốn nhóm để vẽ bộ tứ từ đó
Định dạng đầu vào của tệp phải chứa 4 nhóm ở dạng sau: (Gà, Người,
Loach), (Bò, Cá chép), (Chuột, Chuột, Dấu), (Cá voi, Ếch); Chỉ hoạt động kết hợp
với -f NS !

-z Chỉ định tên tệp của tệp chứa nhiều cây, ví dụ từ bootstrap
sẽ được sử dụng để vẽ các giá trị phân vùng lên một cây được cung cấp bằng "-t", Nó
cũng có thể được sử dụng để tính toán các khả năng xảy ra trong nhật ký trang web kết hợp với "-fg" và
để đọc một loạt các cây cho một số tùy chọn khác ("-fh", "-fm", "-fn").

- # | -N Chỉ định số lần chạy thay thế trên các cây bắt đầu riêng biệt Kết hợp
với tùy chọn "-b", điều này sẽ gọi ra nhiều phân tích boostrap Lưu ý rằng "-N"
đã được thêm vào như một sự thay thế vì "- #" đôi khi gây ra sự cố với một số
Các hệ thống trình bày công việc của Bộ KH & ĐT, vì "- #" thường được sử dụng để bắt đầu nhận xét. nếu bạn
muốn sử dụng tiêu chí khởi động hãy chỉ định "- # autoMR" hoặc "- # autoMRE" hoặc "- #
autoMRE_IGN "cho tiêu chí dựa trên cây quy tắc đa số (xem -I tùy chọn) hoặc "- #
autoFC "cho tiêu chí dựa trên tần số. Khởi động sẽ chỉ hoạt động trong
kết hợp với "-x" hoặc "-b"

DEFAULT: 1 phân tích duy nhất

--mesquite In các tệp đầu ra có thể được phân tích cú pháp bởi Mesquite.

DEFAULT: Tắt

--im lặng Tắt bản in các cảnh báo liên quan đến các trình tự giống hệt nhau và hoàn toàn
các vị trí không xác định trong căn chỉnh

DEFAULT: Tắt

--no-seq-kiểm tra Tắt kiểm tra MSA đầu vào cho các trình tự giống hệt nhau và hoàn toàn
các trang web chưa được xác định.
Kích hoạt tùy chọn này có thể tiết kiệm thời gian, đặc biệt là đối với các loài thực vật lớn
sự liên kết. Trước khi sử dụng, hãy đảm bảo kiểm tra căn chỉnh bằng cách sử dụng "-fc"
Lựa chọn!

DEFAULT: Tắt

--no-bfss Tắt sử dụng phương pháp BFGS tự động để tối ưu hóa tỷ lệ GTR khi không được phân vùng
Bộ dữ liệu DNA

DEFAULT: BFGS trên

--asc-chính xác Cho phép chỉ định loại hiệu chỉnh sai lệch xác thực mà bạn muốn sử dụng.
Có 3

các loại có sẵn: --asc-chính xác=đồ dùng móc đá lên cao: sự hiệu chỉnh tiêu chuẩn của Paul Lewis
--asc-chính xác=felsenstein: một sự điều chỉnh được giới thiệu bởi Joe Felsenstein cho phép
chỉ định rõ ràng

số lượng các vị trí bất biến (nếu biết) mà người ta muốn sửa cho.

--asc-chính xác=cây kim cang: một sự điều chỉnh do chính tôi giới thiệu cho phép một cách rõ ràng
chỉ định
số lượng các trang web bất biến cho mỗi ký tự (nếu biết) mà người ta muốn sửa
Cho.

- kiểm tra bằng thẻ Khi sử dụng tùy chọn này, RAxML sẽ chỉ kiểm tra xem tất cả các dòng lệnh có gắn cờ
specifed có sẵn và sau đó thoát

với một thông báo liệt kê tất cả các cờ dòng lệnh không hợp lệ hoặc với một thông báo nêu rõ
rằng tất cả các cờ đều hợp lệ.

- tự động bảo vệ=ml| bic | aic | aicc Khi sử dụng lựa chọn mô hình protein tự động, bạn có thể chọn
tiêu chí để lựa chọn các mô hình này.

RAxML sẽ kiểm tra tất cả các sub prot có sẵn. các kiểu ngoại trừ LG4M, LG4X và
Các mô hình dựa trên GTR, có và không có tần số cơ sở thực nghiệm. Bạn có thể chọn
giữa lựa chọn dựa trên điểm ML và các tiêu chí BIC, AIC và AICc.

ĐỊNH NGHĨA: ml

--epa-giữ-vị trí=con số chỉ định số lượng vị trí tiềm năng bạn muốn giữ lại
cho mỗi lần đọc trong thuật toán EPA.

Lưu ý rằng, các giá trị thực tế được in cũng sẽ phụ thuộc vào cài đặt cho
--epa-prob-ngưỡng=ngưỡng !

ĐỊNH NGHĨA: 7

--epa-prob-ngưỡng=ngưỡng chỉ định ngưỡng phần trăm để bao gồm tiềm năng
vị trí của một bài đọc tùy thuộc vào

trọng lượng vị trí tối đa cho bài đọc này. Nếu bạn đặt giá trị này thành 0.01 vị trí
có trọng lượng vị trí là 1% của vị trí tối đa sẽ vẫn là
được in ra tệp nếu cài đặt của --epa-giữ-vị trí cho phép nó

ĐỊNH NGHĨA: 0.01

- ngưỡng tích lũy=ngưỡng chỉ định ngưỡng cân nặng khả năng tích lũy
mà các vị trí đọc khác nhau được in

nộp. Vị trí cho một bài đọc sẽ được in cho đến khi tổng vị trí của chúng
trọng số đã đạt đến giá trị ngưỡng. Lưu ý rằng, tùy chọn này không thể
được sử dụng kết hợp với --epa-prob-ngưỡng cũng không với --epa-giữ-vị trí!

--JC69 chỉ định rằng tất cả các phân vùng DNA sẽ phát triển theo mô hình Jukes-Cantor, điều này
ghi đè tất cả các thông số kỹ thuật khác của mô hình cho các phân vùng DNA.

DEFAULT: Tắt

--K80 chỉ định rằng tất cả các phân vùng DNA sẽ phát triển theo mô hình K80, điều này sẽ ghi đè tất cả
các thông số kỹ thuật mô hình khác cho phân vùng DNA.

DEFAULT: Tắt

--HKY85 chỉ định rằng tất cả các phân vùng DNA sẽ phát triển theo mô hình HKY85, điều này ghi đè
tất cả các thông số kỹ thuật mô hình khác cho phân vùng DNA.

DEFAULT: Tắt

Đây là RAxML phiên bản 8.2.4 được phát hành bởi Alexandros Stamatakis vào ngày 02 tháng 2015 năm XNUMX.

Với những đóng góp mã được đánh giá cao bởi: Andre Aberer (HITS) Simon Berger
(HITS) Alexey Kozlov (HITS) Kassian Kobert (HITS) David Dao (KIT và HITS)
Nick Pattengale (Sandia) Wayne Pfeiffer (SDSC) Akifumi S. Tanabe (NRIFS)

Sử dụng raxmlHPC-PTHREADS trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net