Đây là lệnh seqan_tcoffee có thể chạy trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks bằng cách sử dụng một trong nhiều máy trạm trực tuyến miễn phí của chúng tôi như Ubuntu Online, Fedora Online, trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MAC OS
CHƯƠNG TRÌNH:
TÊN
seqan_tcoffee - Căn chỉnh nhiều trình tự
SYNOPSIS
seqan_tcoffee -s [TÙY CHỌN]
MÔ TẢ
SeqAn :: T-Coffee là một công cụ căn chỉnh nhiều trình tự.
(c) Bản quyền 2009 của Tobias Rausch
-h, --Cứu giúp
Hiển thị thông báo trợ giúp này.
--phiên bản
Thông tin phiên bản màn hình hiển thị
Tùy chọn chính ::
-s, --seq FILE
Tên của tệp đầu vào nhiều fasta. Các loại tệp hợp lệ là: fa, FA, Fa, fasta, FASTA và
nhanh chóng.
-a, --bảng chữ cái STR
Bảng chữ cái trình tự được sử dụng. Một trong những protein, dna và rna. Mặc định: protein.
-o, --outfile FILE
Tên của tệp đầu ra. Các loại tệp hợp lệ là: fasta và msf. Mặc định: out.fasta.
Tùy chọn tạo đối sánh phân đoạn ::
-m, --phương pháp STR
Xác định phương thức tạo cho các trận đấu. Để chọn nhiều phương pháp tạo
nhớ lại tùy chọn này với các đối số khác nhau. Một trong những toàn cầu, cục bộ, chồng chéo và
lcs. Mặc định: toàn cầu và cục bộ.
-l, - thư viện FILE
Tên của tệp đối sánh. Để chọn nhiều tệp, hãy nhớ lại tùy chọn này với
tranh luận. Các loại tệp hợp lệ là: blast, mums, aln và lib.
Tùy chọn cho điểm ::
-g, --gop NUM
lỗ hổng hình phạt mở Mặc định: -13.
-e, --gex NUM
hình phạt mở rộng khoảng cách Mặc định: -1.
-ma, --ma trận STR
ma trận điểm Mặc định: Blosum62.
-bệnh đa xơ cứng, --msc NUM
điểm trận đấu Mặc định: 5.
-ừm, --mmsc NUM
hình phạt không phù hợp Mặc định: -4.
Tùy chọn cây hướng dẫn ::
-u, --usetree STR
Tên của tệp chứa Cây hướng dẫn Newick.
-b, --xây dựng STR
Phương pháp dựng cây. Các phương pháp sau được cung cấp: Neighbor-Joining (nj),
Liên kết đơn UPGMA (tối thiểu), liên kết hoàn chỉnh UPGMA (tối đa), liên kết trung bình UPGMA
(trung bình), liên kết trung bình có trọng số UPGMA (wavg). Neighbor-Joining tạo ra một unroot
cây mà chúng ta cắm rễ ở cặp nối cuối cùng. Một trong nj, min, max, avg và wavg.
Mặc định: nj.
Các tùy chọn đánh giá căn chỉnh ::
-i, --trong tập tin FILE
Tên của tệp căn chỉnh Các loại tệp hợp lệ là: fa, FA, Fa, fasta và
NHANH CHÓNG.
PHIÊN BẢN
Phiên bản seqan_tcoffee: Phiên bản 1.11 (30 tháng 2009 năm 4637) Bản sửa đổi: XNUMX Cập nhật lần cuối tháng XNUMX
2012
Sử dụng seqan_tcoffee trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net
