nhungg_63_long - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

nhungg_63_long - xây dựng đồ thị de Bruijn, loại bỏ lỗi và giải quyết lặp lại
(MAXKMERLENGTH = 63, DÀI DÀI)

MÔ TẢ

Cách sử dụng: ./velvetg thư mục [tùy chọn]

thư mục
: tên thư mục làm việc

Tiêu chuẩn lựa chọn:
-cov_cutoff
: loại bỏ các nút có phạm vi phủ sóng thấp SAU KHI xe buýt tham quan hoặc cho phép hệ thống suy ra nó

(mặc định: không xóa)

-ins_length
: khoảng cách dự kiến ​​giữa hai lần đọc kết thúc được ghép nối (mặc định: không đọc được ghép nối)

-read_trkg
: theo dõi các vị trí đọc ngắn trong lắp ráp (mặc định: không theo dõi)

-min_contig_lgth
: chiều dài contig tối thiểu được xuất sang tệp contigs.fa (mặc định: chiều dài băm * 2)

-amos_file
: export assembly sang AMOS file (mặc định: không xuất)

-exp_cov
: phạm vi dự kiến ​​của các khu vực duy nhất hoặc cho phép hệ thống suy ra nó

(mặc định: không có độ phân giải đọc dài hoặc kết thúc ghép nối)

-long_cov_cutoff : loại bỏ các nút có phạm vi phủ sóng đọc lâu thấp SAU KHI tham quan
xe buýt

(mặc định: không xóa)

Nâng cao lựa chọn:
-ins_length*
: khoảng cách dự kiến ​​giữa hai lần đọc kết thúc được ghép nối trong lần đọc ngắn tương ứng
tập dữ liệu (mặc định: không đọc ghép nối)

-ins_length_long
: khoảng cách dự kiến ​​giữa hai lần đọc đầu cuối được ghép nối dài (mặc định: không đọc được ghép nối)

-ins_length* _sd
: độ lệch chuẩn ước tính của tập dữ liệu tương ứng (mặc định: 10%
chiều dài)

[thay thế '*' bằng không, '2' hoặc '_long' nếu cần]

-đoạn đầu đài
: giàn giáo của các khung được sử dụng thông tin kết thúc được ghép nối (mặc định: bật)

-max_branch_length
: chiều dài tối đa trong cặp bong bóng cơ sở (mặc định: 100)

-max_divergence : tỷ lệ phân kỳ tối đa giữa hai nhánh trong bong bóng
(mặc định: 0.2)

-max_gap_count
: số lượng khoảng trống tối đa cho phép trong sự căn chỉnh của hai nhánh của bong bóng
(mặc định: 3)

-min_pair_count
: số lượng kết nối đầu cuối tối thiểu được ghép nối để phù hợp với giàn giáo dài hai
contigs (mặc định: 5)

-max_coverage
: loại bỏ các nút có phạm vi phủ sóng cao SAU KHI xe buýt tham quan (mặc định: không loại bỏ)

-coverage_mask
: độ che phủ tối thiểu cần thiết cho các vùng chắc chắn của đường viền (mặc định: 1)

-long_mult_cutoff
: số lần đọc dài tối thiểu cần thiết để hợp nhất các liên kết (mặc định: 2)

-unused_reads
: xuất các lần đọc không sử dụng trong tệp UnusedReads.fa (mặc định: không)

-đơn hàng
: xuất một bản tóm tắt về căn chỉnh contig sang các chuỗi tham chiếu (mặc định: không)

-xuấtĐã lọc
: xuất các nút dài đã bị bộ lọc vùng phủ loại bỏ (mặc định: không)

-dọn dẹp
: loại bỏ tất cả các tệp trung gian không có ích cho việc tính toán lại (mặc định:
không)

-rất sạch sẽ
: xóa tất cả các tệp trung gian (không thể tính toán lại) (mặc định: không)

-pairs_exp_fraction
: loại bỏ tất cả các kết nối cuối được ghép nối nhỏ hơn phần được chỉ định của
số lượng mong đợi (mặc định: 0.1)

-shortMatePairs*
: đối với thư viện cặp đôi, cho biết rằng thư viện có thể bị nhiễm
các lần đọc kết thúc được ghép nối (mặc định là không)

-bảo tồnDài
: giữ nguyên các chuỗi có số lần đọc dài trong chúng (mặc định là không)

Đầu ra:
thư mục / contigs.fa
: tệp fasta gồm các đường viền dài hơn hai lần độ dài băm

thư mục / stats.txt
: tệp số liệu thống kê (có khoảng cách giữa các tab) hữu ích để xác định mức giới hạn phù hợp

thư mục / LastGraph
: tệp có định dạng đặc biệt với tất cả thông tin trên biểu đồ cuối cùng

thư mục / nhung_asm.afg
: (nếu được yêu cầu) Tệp lắp ráp tương thích AMOS

Sử dụng nhungg_63_long trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net