xml2dsr - Trực tuyến trên đám mây

CHƯƠNG TRÌNH:

TÊN

xml2dsr - Chuyển đổi tập dữ liệu và tệp DICOM SR sang XML

SYNOPSIS

xml2dsr [tùy chọn] xmlfile-in dsrfile-out

MÔ TẢ

Sản phẩm xml2dsr tiện ích chuyển đổi nội dung của tài liệu XML (Ngôn ngữ đánh dấu có thể mở rộng)
sang định dạng Báo cáo có cấu trúc (SR) của DICOM (định dạng tệp hoặc tập dữ liệu thô). Lược đồ XML
dsr2xml.xsd chưa tuân theo bất kỳ định dạng tiêu chuẩn nào. Tuy nhiên, xml2dsr ứng dụng
có thể được nâng cao về khía cạnh này trong tương lai (ví dụ như bằng cách hỗ trợ HL7 / CDA - Clinical
Kiến trúc tài liệu).

Một tệp XML thích hợp có thể được tạo bằng cách sử dụng dsr2xml công cụ (tùy chọn + Xn đề nghị
thêm khai báo không gian tên XML vào phần tử gốc).

THÔNG SỐ

xmlfile-in tên tệp đầu vào XML cần được chuyển đổi (stdin: "-")

dsrfile-out DICOM SR tên tệp đầu ra

LỰA CHỌN

chung lựa chọn
-h - trợ giúp
in văn bản trợ giúp này và thoát

--phiên bản
in thông tin phiên bản và thoát

--tranh luận
in các đối số dòng lệnh mở rộng

-q --im lặng
chế độ yên tĩnh, in không có cảnh báo và lỗi

-v --dài dòng
chế độ tiết, chi tiết xử lý in

-d --gỡ lỗi
chế độ gỡ lỗi, in thông tin gỡ lỗi

-ll --log-level [l] evel: hằng số chuỗi
(nghiêm trọng, lỗi, cảnh báo, thông tin, gỡ lỗi, theo dõi)
sử dụng mức l cho trình ghi nhật ký

-lc --log-config [f] ilename: string
sử dụng tệp cấu hình f cho trình ghi nhật ký

đầu vào lựa chọn
mã hóa:

+ Ee --template-phong bì
phần tử mẫu bao gồm các mục nội dung

xử lý lựa chọn
Thẩm định:

+ Vs --validate-schema
xác thực tài liệu XML dựa trên Lược đồ
(không có --template-phong bì)

# yêu cầu libxml được biên dịch với hỗ trợ Lược đồ XML

+ Vn --check-namespace
kiểm tra không gian tên XML trong gốc tài liệu

số nhận dạng duy nhất:

+ Ug --generate-new-uids
tạo UID Nghiên cứu / Chuỗi / Phiên bản SOP mới

-Uo --dont-override-uids
không ghi đè lên các UID hiện có (mặc định)

+ Uo - ghi đè-uids
ghi đè lên các UID hiện có

đầu ra lựa chọn
định dạng tệp đầu ra:

+ F --write-file
ghi định dạng tệp (mặc định)

-F --write-dataset
ghi tập dữ liệu mà không có thông tin meta tệp

cú pháp chuyển đầu ra:

+ t = --write-xfer-same
viết bằng TS giống như đầu vào (mặc định)

+ te --write-xfer-little
viết với VR ít endian TS rõ ràng

+ tb --write-xfer-big
viết với VR big endian TS rõ ràng

+ ti --write-xfer-implicit
viết với VR ít endian TS ngầm

+ td --write-xfer-deflated
viết bằng deflated VR ít endian TS rõ ràng

đại diện giá trị sau năm 1993:

+ u --enable-new-vr
bật hỗ trợ cho các VR mới (UN / UT) (mặc định)

-u --disable-new-vr
vô hiệu hóa hỗ trợ cho VR mới, chuyển đổi sang OB

mã hóa độ dài nhóm:

+ g = --group-length-recalc
tính toán lại độ dài nhóm nếu có (mặc định)

+ g --group-length-create
luôn viết với các yếu tố độ dài nhóm

-g --group-length-remove
luôn viết mà không có phần tử độ dài nhóm

mã hóa độ dài theo chuỗi và mục:

+ e --length-explicit
viết với độ dài rõ ràng (mặc định)

-e --length-không xác định
viết với độ dài không xác định

phần đệm ở cuối tập dữ liệu (không phải với --write-dataset):

-p = --padding-giữ lại
không thay đổi phần đệm (mặc định nếu không --write-dataset)

-p --padding-off
không có phần đệm (ngầm định nếu --write-dataset)

+ p --padding-create [f] ile-pad [i] tem-pad: integer
căn chỉnh tệp trên nhiều byte f
và các mục trên nhiều byte trong số i byte

deflate mức nén (chỉ với --write-xfer-deflated):

+ cl --compression-level [l] evel: integer (mặc định: 6)
0 = không nén, 1 = nhanh nhất, 9 = nén tốt nhất

GHI CHÚ

DICOM Sự phù hợp
Sản phẩm xml2dsr tiện ích hỗ trợ các Lớp SOP sau:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
BasicTextSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
Nâng caoSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
Toàn diệnSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
Toàn diện3DSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
Thủ tụcLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
Chụp nhũ ảnhCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRSStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRSLưu trữ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
Thuốc phóng xạ, liều lượng, liều lượng 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
Cấy ghépPlanSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

Xin lưu ý rằng hiện chỉ hỗ trợ các thuộc tính bắt buộc và một số thuộc tính tùy chọn.

Nhân vật Mã hóa
Mã hóa ký tự DICOM được xác định tự động từ phần tử có thẻ
'0008,0005' (Bộ ký tự cụ thể) - nếu có. Các bộ ký tự sau đây là
hiện được hỗ trợ (yêu cầu libxml bao gồm iconv ủng hộ, xem --phiên bản đầu ra):

ASCII (ISO_IR 6) (UTF-8)
UTF-8 "ISO_IR 192" (UTF-8)
ISO Latinh 1 "ISO_IR 100" (ISO-8859-1)
ISO Latinh 2 "ISO_IR 101" (ISO-8859-2)
ISO Latinh 3 "ISO_IR 109" (ISO-8859-3)
ISO Latinh 4 "ISO_IR 110" (ISO-8859-4)
ISO Latinh 5 "ISO_IR 148" (ISO-8859-9)
Kirin "ISO_IR 144" (ISO-8859-5)
Tiếng Ả Rập "ISO_IR 127" (ISO-8859-6)
Tiếng Hy Lạp "ISO_IR 126" (ISO-8859-7)
Tiếng Do Thái "ISO_IR 138" (ISO-8859-8)

Nhiều bộ ký tự không được hỗ trợ (chỉ giá trị đầu tiên của 'Ký tự cụ thể
Set 'được sử dụng để mã hóa ký tự trong trường hợp có nhiều giá trị).

Nén
Nếu libxml được biên dịch với sự hỗ trợ của zlib, thì tệp đầu vào (tập tin xml-in) cũng có thể là
được nén bằng ZIP, thường dẫn đến các tệp nhỏ hơn nhiều. Xem đầu ra của tùy chọn
--phiên bản để kiểm tra xem có hỗ trợ zlib không.

Hạn chế
Lược đồ XML dsr2xml.xsd không hỗ trợ tất cả các biến thể của dsr2xml định dạng đầu ra.
Tuy nhiên, định dạng đầu ra mặc định (tùy chọn cộng --use-xml-không gian tên) nên làm việc.

Các phiên bản khác nhau của libxml dường như có các giới hạn khác nhau đối với độ dài tối đa của một
Giá trị phần tử XML. Do đó, cần tránh sử dụng các giá trị phần tử quá dài. MỘT
giới hạn điển hình cho libxml phiên bản 2.7.3 (trở lên) là 10 MB cho một giá trị phần tử.

ĐĂNG NHẬP

Mức độ xuất nhật ký của các công cụ dòng lệnh khác nhau và các thư viện cơ bản có thể
được chỉ định bởi người dùng. Theo mặc định, chỉ các lỗi và cảnh báo được ghi theo tiêu chuẩn
dòng lỗi. Sử dụng tùy chọn --dài dòng cũng như các tin nhắn thông tin như xử lý chi tiết
được báo cáo. Lựa chọn --gỡ lỗi có thể được sử dụng để biết thêm chi tiết về hoạt động nội bộ,
ví dụ: cho mục đích gỡ lỗi. Các cấp độ ghi nhật ký khác có thể được chọn bằng cách sử dụng tùy chọn --log-
cấp. Trong --Yên lặng chế độ chỉ có lỗi nghiêm trọng được báo cáo. Trong các sự kiện lỗi rất nghiêm trọng như vậy,
ứng dụng thường sẽ kết thúc. Để biết thêm chi tiết về các cấp độ ghi nhật ký khác nhau,
xem tài liệu của mô-đun 'oflog'.

Trong trường hợp kết quả ghi nhật ký phải được ghi vào tệp (tùy chọn với xoay tệp nhật ký),
đến nhật ký hệ thống (Unix) hoặc tùy chọn nhật ký sự kiện (Windows) --log-config có thể được sử dụng. Cái này
tệp cấu hình cũng chỉ cho phép chuyển hướng một số thông báo đến một đầu ra cụ thể
luồng và để lọc các thư nhất định dựa trên mô-đun hoặc ứng dụng nơi chúng
Được tạo ra. Một tệp cấu hình mẫu được cung cấp trong /logger.cfg.

COMMAND ĐƯỜNG DÂY

Tất cả các công cụ dòng lệnh sử dụng ký hiệu sau cho các tham số: dấu ngoặc vuông bao quanh
giá trị tùy chọn (0-1), ba dấu chấm ở cuối cho biết rằng nhiều giá trị được phép
(1-n), kết hợp của cả hai có nghĩa là giá trị từ 0 đến n.

Các tùy chọn dòng lệnh được phân biệt với các tham số bằng dấu '+' hoặc '-' đứng đầu,
tương ứng. Thông thường, thứ tự và vị trí của các tùy chọn dòng lệnh là tùy ý (tức là chúng
có thể xuất hiện ở bất kỳ đâu). Tuy nhiên, nếu các tùy chọn loại trừ lẫn nhau, sự xuất hiện ngoài cùng bên phải
Được sử dụng. Hành vi này tuân theo các quy tắc đánh giá tiêu chuẩn của các trình bao Unix phổ biến.

Ngoài ra, một hoặc nhiều tệp lệnh có thể được chỉ định bằng cách sử dụng dấu '@' làm tiền tố cho
tên tệp (ví dụ: @ command.txt). Đối số lệnh như vậy được thay thế bằng nội dung của
tệp văn bản tương ứng (nhiều khoảng trắng được coi như một dấu phân tách duy nhất trừ khi
chúng xuất hiện giữa hai dấu ngoặc kép) trước khi đánh giá thêm. Xin lưu ý rằng
tệp lệnh không được chứa tệp lệnh khác. Cách tiếp cận đơn giản nhưng hiệu quả này
cho phép người ta tóm tắt các kết hợp phổ biến của các tùy chọn / tham số và tránh dài dòng và
các dòng lệnh khó hiểu (một ví dụ được cung cấp trong tệp /dumppat.txt).

MÔI TRƯỜNG

Sản phẩm xml2dsr tiện ích sẽ cố gắng tải từ điển dữ liệu DICOM được chỉ định trong
DCMDICTPATH biến môi trường. Theo mặc định, tức là nếu DCMDICTPATH biến môi trường
không được thiết lập, tệp /dicom.dic sẽ được tải trừ khi từ điển được xây dựng
vào ứng dụng (mặc định cho Windows).

Hành vi mặc định nên được ưu tiên và DCMDICTPATH chỉ biến môi trường
được sử dụng khi từ điển dữ liệu thay thế được yêu cầu. Các DCMDICTPATH biến môi trường
có cùng định dạng với Unix shell PATH biến trong đó dấu hai chấm (':') ngăn cách
mục. Trên hệ thống Windows, dấu chấm phẩy (';') được sử dụng làm dấu phân cách. Từ điển dữ liệu
mã sẽ cố gắng tải từng tệp được chỉ định trong DCMDICTPATH biến môi trường. Nó
là một lỗi nếu không có từ điển dữ liệu nào có thể được tải.

Sử dụng xml2dsr trực tuyến bằng các dịch vụ onworks.net