Đây là ứng dụng Linux có tên iCAS - Hệ thống lắp ráp bản sao Illumina để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng icas_v062.tar.bz2. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng này có tên iCAS - Hệ thống lắp ráp bản sao Illumina để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
iCAS - Hệ thống lắp ráp bản sao Illumina để chạy trong Linux trực tuyến
Ad
MÔ TẢ
Giải trình tự từng dòng vô tính, như một phương tiện để đạt được các tập hợp chất lượng cao cho các bộ gen lớn và phức tạp, tiếp tục có liên quan lớn trong kỷ nguyên giải trình tự thông lượng cao. Tuy nhiên, các tập hợp thu được bằng cách sử dụng toàn bộ bộ gen hiện tại thường bị phân mảnh và đôi khi có vấn đề về tính hoàn chỉnh của bộ gen do các đặc điểm dữ liệu khác nhau được đưa vào bằng cách giải trình tự đa hợp.Với iCAS, quá trình lọc dữ liệu dựa trên thuật toán tần số kmer mới, dẫn đến các lần đọc trước khi lắp ráp gần như hoàn hảo. Các khung được tạo bằng cách sử dụng các thuật toán lắp ráp khác nhau và sau đó được hợp nhất với nhau để đạt được tính liên tục lâu hơn. Việc căn chỉnh lại tất cả các lần đọc trở lại khung bản nháp và hiệu chỉnh lại từng cơ sở trình tự sẽ đạt được sự đồng thuận cuối cùng. Sử dụng các bản sao hoàn chỉnh cho QC, đường ống có thể thu được các tổ hợp với độ phủ bản sao là 99.7% và chất lượng cơ sở đồng thuận của Q39.
Được phát triển tại Wellcome Trust Sanger Institute.
Khán giả
Nghiên cứu khoa học
Ngôn ngữ lập trình
Perl, C
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/icas/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
