Đây là ứng dụng Linux có tên kallisto có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng kallisto_windows-v0.50.0.zip. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên kallisto này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
kallisto
MÔ TẢ
kallisto là một chương trình để định lượng gần như tối ưu lượng bản sao dồi dào từ dữ liệu RNA-Seq, hay nói chung là các trình tự đích sử dụng các lần đọc trình tự thông lượng cao. Nó dựa trên ý tưởng sử dụng căn chỉnh giả để nhanh chóng xác định khả năng tương thích của các lần đọc và mục tiêu mà không cần căn chỉnh.
Theo các điểm chuẩn được thực hiện trên máy tính để bàn Mac, kallisto có thể định lượng 30 triệu lượt đọc RNA-seq của con người trong vòng chưa đầy 3 phút chỉ với các trình tự đọc và chỉ số transcriptome, bản thân nó có thể mất hơn 10 phút để xây dựng. Và vì nó sử dụng căn chỉnh giả, nó rất chắc chắn đối với các lỗi trong lần đọc và lưu giữ thông tin quan trọng cần thiết để định lượng. Điều này làm cho kallisto không chỉ nhanh mà còn có độ chính xác cao. Trong nhiều điểm chuẩn, nó thậm chí còn vượt trội hơn rất nhiều so với các công cụ hiện có.
Tính năng
- Sử dụng căn chỉnh giả
- Nhanh và chính xác
- Số lượng lớn RNA-Seq đã được định lượng có thể được phân tích bằng máy quay
- Có thể được sử dụng với bustools để xử lý trước dữ liệu RNA-seq tế bào đơn
Ngôn ngữ lập trình
C
Categories
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/kallisto.mirror/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
