Đây là ứng dụng Linux có tên locusvu để chạy trong Linux trực tuyến có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới tên LocusVu.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên locusvu này để chạy trong Linux trực tuyến với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
MÀN HÌNH
Ad
locusvu để chạy trong Linux trực tuyến
MÔ TẢ
LocusVu là một công cụ phần mềm mới dựa trên Java chấp nhận danh sách các locus bộ gen (vị trí trên nhiễm sắc thể) làm đầu vào và tự động tìm nạp thông tin liên quan (dải di truyền tế bào, tên gen, dữ liệu OMIM, v.v.) từ cơ sở dữ liệu công khai như trình duyệt bộ gen UCSC cơ sở dữ liệu. Sau đó, nó cho phép nhiều quy trình làm việc trên các kết quả được truy xuất, như so sánh nhiều bộ dữ liệu (bộ gen so sánh), xem các gen lân cận cho một locus từ chính công cụ hoặc biểu diễn bằng đồ thị các kết quả này trong biểu đồ thanh / hình tròn. LocusVu có GUI đơn giản dễ sử dụng trên giao diện người dùng cho phép người dùng tương tác trực quan với logic cơ bản.Công cụ có thể dễ dàng mở rộng để thêm hỗ trợ cho các cơ sở dữ liệu khác (ví dụ: Ensembl) hoặc để tìm nạp thông tin
từ các bảng khác trong cơ sở dữ liệu. Do đó, LocusVu cung cấp một khuôn khổ cơ bản có thể được sử dụng bởi người dùng và các nhà phát triển như nhau trong việc đơn giản hóa các quy trình công việc hiện có và tạo các quy trình mới hơn để hỗ trợ phân tích dữ liệu trong hệ gen.
Tính năng
- Tự động truy xuất dữ liệu từ cơ sở dữ liệu (hiện tại là cơ sở dữ liệu trình duyệt bộ gen của UCSC)
- Bật quy trình công việc trên các kết quả đã truy xuất như ..
- .. so sánh nhiều bộ dữ liệu (hệ gen so sánh)
- ..xem các gen lân cận để tìm vị trí (từ chính công cụ)
- .. biểu diễn kết quả bằng phương pháp điện tử (biểu đồ thanh / hình tròn)
- GUI dễ sử dụng trên giao diện người dùng để sử dụng trực quan
- Ghi nhật ký bằng Log4j để gỡ lỗi dễ dàng
- Dễ dàng mở rộng
Khán giả
Khoa học / Nghiên cứu, Nhà phát triển
Giao diện người dùng
Đu quay Java
Ngôn ngữ lập trình
Java
Môi trường cơ sở dữ liệu
MySQL
Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/locusvu/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
