Đây là ứng dụng Linux có tên simulate_pcr có bản phát hành mới nhất có thể được tải xuống dưới dạng simulate_PCR-v1.2.tar.gz. Nó có thể được chạy trực tuyến trong nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ miễn phí OnWorks cho máy trạm.
Tải xuống và chạy trực tuyến ứng dụng có tên simulate_pcr này với OnWorks miễn phí.
Làm theo các hướng dẫn sau để chạy ứng dụng này:
- 1. Đã tải ứng dụng này xuống PC của bạn.
- 2. Nhập vào trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 3. Tải lên ứng dụng này trong trình quản lý tệp như vậy.
- 4. Khởi động trình giả lập trực tuyến OnWorks Linux hoặc trình giả lập trực tuyến Windows hoặc trình mô phỏng trực tuyến MACOS từ trang web này.
- 5. Từ Hệ điều hành OnWorks Linux mà bạn vừa khởi động, hãy truy cập trình quản lý tệp của chúng tôi https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX với tên người dùng mà bạn muốn.
- 6. Tải xuống ứng dụng, cài đặt và chạy nó.
mô phỏng_pcr
Ad
MÔ TẢ
Đánh giá độ đặc hiệu của mồi và dự đoán cả sản phẩm khuếch đại mong muốn và ngoài mục tiêu là một bước thiết yếu để thiết kế xét nghiệm PCR mạnh mẽ. Tập lệnh này dự đoán các amplicon phản ứng chuỗi polymerase (PCR) tiềm năng trong một cơ sở dữ liệu trình tự lớn như NCBI nt từ một cặp mồi đơn lẻ hoặc một bộ mồi ghép đa hợp lớn, cho phép các cơ sở mồi và đầu dò suy biến, với dung sai không phù hợp mục tiêu và phạm vi độ dài amplicon được thiết lập bởi người dùng. Mã mô phỏng amplicon PCR cũng chú thích amplicon với thông tin gen được tải xuống tự động từ NCBI và tùy chọn nó có thể dự đoán liệu có trùng khớp với đầu dò TaqMan / Luminex trong amplicon được dự đoán hay không. Nó là một tập lệnh Perl dòng lệnh mã nguồn mở được gọi là simulate_PCR.pl gọi chương trình BLAST (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn và blastdbcmd, và tiện ích NCBI efetch (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Đây là một ứng dụng cũng có thể được tìm nạp từ https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. Nó đã được lưu trữ trên OnWorks để có thể chạy trực tuyến một cách dễ dàng nhất từ một trong những Hệ thống hoạt động miễn phí của chúng tôi.
