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gmx-chi - 计算你想知道的关于 chi 和其他二面角的所有信息

概要

gmx志[-s [<.gro/.g96/...>][-f [<.xtc/.trr/...>][-SS [<.dat>]]
[-o [<.xvg>][-p [<.pdb>][-jc [<.xvg>][-修正 [<.xvg>]]
[-g [<.log>][-ot [<.xvg>][-哦 [<.xvg>][-rt [<.xvg>]]
[-cp [<.xvg>][-b [-e [-dt [-[现在]
[-xvg [-r0 [-[无]phi[-[无]psi[-[没有]欧米茄]
[-[没有]拉玛[-[不] 暴力[-[无]定期[-[不]全部[-[无]rad]
[-[无]班次[-bin宽度 [-核心旋转异构体 ]
[-马奇 [-[不]规范化[-[没有]ramomega]
[-事实 [-[没有]chi_prod[-[无]HChi[-bmax ]
[-acflen [-[无]标准化[-P [-fitfn ]
[-开始适应 [-末端 ]

商品描述

GMX 太极拳 计算所有氨基酸骨架的 phi、psi、omega 和 chi 二面体和
侧链。 它可以计算二面角作为时间的函数，并作为直方图
分布。 分布 （组织-（二面角）（残差）.xvg) 是累积的
每种类型的残留物。

如果选项 -修正 给出，程序将计算二面体自相关函数。
使用的函数是 C(t) = . 余弦的使用
而不是角度本身，解决了周期性问题。 （范德斯波尔和贝伦森
(1997)，生物物理学。 J. 72, 2032-2041)。 每个残基的每个二面角的单独文件
(corr(二面角)(残差)(nresnr).xvg) 是输出，以及包含
所有残留物的信息（论证 -修正).

使用选项 -all，打印每个残基的角度本身作为时间的函数
分隔文件 （二面角）（残留物）（nresnr）.xvg. 这些可以是弧度或度数。

一个日志文件（参数 -g) 也有写。 这包含

· 关于每种类型残基数量的信息。

· 来自 Karplus 方程的 NMR ^3J 耦合常数。

·每个残基的旋转异构体之间的转换数量的表
纳秒，以及每个二面角的顺序参数 S^2。

· 旋转异构体占有率的每个残基的表。

所有旋转异构体都被视为 3 倍，除了 omega 和 chi 二面体到平面群
（即芳烃、Asp 和 Asn 的 chi_2；Glu 和 Gln 的 chi_3；以及 Arg 的 chi_4），它们是
2 倍。 “旋转异构体 0”表示二面角不在每个旋转异构体的核心区域。
核心区域的宽度可以设置为 -核心旋转异构体

S^2 顺序参数也输出到 .xvg 文件（参数 -o ) 和可选的
a .pdb 将 S^2 值作为 B 因子的文件（参数 -p）。 旋转体总数
每个时间步的转换（参数 -ot)，每个旋转异构体的转换次数（参数
-rt) 和 ^3J 耦合（参数 -jc)，也可以写成 .xvg 文件。 注意
旋转异构体转换的分析假设提供的轨迹帧是
等距的时间。

If -chi_prod 设置（和 -马奇 > 0)，累积旋转异构体，例如
1+9(chi_1-1)+3(chi_2-1)+(chi_3-1)（如果残基有三个三重二面角并且 -马奇
>= 3) 计算。 和以前一样，如果任何二面角不在核心区域，旋转异构体是
取为 0。这些累积旋转异构体的占有率（从旋转异构体 0 开始）是
写入作为参数的文件 -cp，如果 -all 给出标志，
作为时间函数的旋转异构体被写入 chiproduct(残差)(nresnr).xvg 和他们的
入住 histo-chiproduct(残差)(nresnr).xvg.

选项 -r 生成作为 phi 函数的平均 omega 角的等高线图
和 psi 角，也就是说，在拉马钱德兰图中，平均欧米茄角是用
颜色编码。

配置

指定输入文件的选项：

-s [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是 时间

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

-SS [<.dat>] （ssdump.dat） （可选）
通用数据文件

指定输出文件的选项：

-o [<.xvg>] （订单.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-p [<.pdb>] （订单.pdb） （可选）
蛋白质数据库文件

-jc [<.xvg>] （J耦合.xvg）
xvgr/xmgr 文件

-修正 [<.xvg>] (dihcorr.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-g [<.log>] (chi.log)
日志文件

-ot [<.xvg>] (dihtrans.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-哦 [<.xvg>] (tristo.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-rt [<.xvg>] (restrans.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

-cp [<.xvg>] (chiprodhisto.xvg) （可选）
xvgr/xmgr 文件

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-xvg
xvg 绘图格式：xmgrace、xmgr、无

-r0 (1)
起始残基

-[无]phi （否）
phi 二面角的输出

-[无]psi （否）
psi 二面角的输出

-[没有]欧米茄 （否）
欧米茄二面体（肽键）的输出

-[没有]拉玛 （否）
生成 phi/psi 和 chi_1/chi_2 Ramachandran 图

-[不] 暴力 （否）
编写一个文件，为违反的拉马钱德兰角提供 0 或 1

-[无]定期 （是）
以 360 度为模打印二面角

-[不]全部 （否）
为每个二面角输出单独的文件。

-[无]rad （否）
在角度与时间文件中，使用弧度而不是度数。

-[无]班次 （否）
从 phi/psi 角度计算化学位移

-bin宽度 (1)
直方图的 bin 宽度（度）

-核心旋转异构体 (0.5)
只有中央 -核心旋转异构体*(360/multiplicity) 属于每个旋转异构体（其余的
分配给旋转异构体 0)

-马奇 (0)
计算第一个 ndih chi 二面体：0, 1, 2, 3, 4, 5, 6

-[不]规范化 （是）
标准化直方图

-[没有]ramomega （否）
计算平均 omega 作为 phi/psi 的函数并将其绘制在 .xpm 情节

-事实 （-1）
B 因子值 .pdb 没有计算二面体顺序参数的原子文件

-[没有]chi_prod （否）
计算每个残基的单个累积旋转异构体

-[无]HChi （否）
包括侧链氢的二面体

-bmax (0)
构成二面体的任何原子的最大 B 因子，对于二面体
统计中要考虑的角度。 适用于多个数据库工作
分析了 X 射线结构。 -bmax <= 0 表示没有限制。

-acflen （-1）
ACF的长度，默认为帧数的一半

-[无]标准化 （是）
标准化 ACF

-P (0)
ACF 的勒让德多项式的阶数（0 表示无）：0、1、2、3

-fitfn （无）
拟合函数：none、exp、aexp、exp_exp、exp5、exp7、exp9

-开始适应 (0)
相关函数的指数拟合开始时间

-末端 （-1）
结束相关函数指数拟合的时间，-1 是直到
end

知 问题

· 产生许多输出文件（高达蛋白质残基数的 4 倍，
如果计算自相关函数，则为两倍）。 通常有几百个文件
是输出。

· phi 和 psi 二面角以非标准方式计算，使用 HN-CA-C 计算 phi
代替 C(-)-N-CA-C 和 N-CA-CO 代替 N-CA-CN(+)。 这引起
（通常很小）与其他工​​具的输出的差异，例如 GMX 拉玛.

· -r0 选项不能正常工作

· 多重性为 2 的旋转异构体打印在 日志 好像它们有多重性 3，有
第三个 (g(+)) 总是有概率 3

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