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gmx-helix - 计算 alpha 螺旋的基本属性

概要

gmx 螺旋 [-s [<.tpr>][-n [<.ndx>][-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>][-b [-e ]
[-dt [-[现在[-r0 [-[无]q[-[否]F]
[-[无]数据库[-[没有]ev[-ahxstart [-ahxend ]

商品描述

GMX 螺旋 计算各种螺旋属性。 首先，检查肽以发现
最长的螺旋部分，由氢键和 phi/psi 角决定。 那一点是
安装到一个理想的螺旋周围 z-axis 并以原点为中心。 那么
计算以下属性：

· 螺旋半径（文件 半径.xvg）。 这只是二维的 RMS 偏差
对于所有 Calpha 原子。 它计算为 sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) 其中 N 是
骨架原子的数量。 对于理想螺旋，半径为 0.23 nm。

·扭曲（文件 扭曲.xvg）。 计算每个残基的平均螺旋角。 为
α-螺旋是 100 度，对于 3-10 个螺旋，它将更小，对于 5 个螺旋
它会更大。

· 每残留上升（文件 上升.xvg）。 每个残基的螺旋上升绘制为
差异 z-Calpha 原子之间的坐标。 对于理想的螺旋，这是 0.15 nm。

· 总螺旋长度（文件 len-ahx.xvg）。 螺旋的总长度，以 nm 为单位。 这是
只是平均上升（见上文）乘以螺旋残基数（见下文）。

· 螺旋偶极子，仅骨干（文件 浸-ahx.xvg).

· RMS 与理想螺旋的偏差，仅针对 Calpha 原子计算（文件
rms-ahx.xvg).

· 平均 Calpha - Calpha 二面角（文件 phi-ahx.xvg).

· 平均 phi 和 psi 角度（文件 菲普西.xvg).

· 根据 Hirst 和 Brooks 在 222 nm 处的椭圆率。

配置

指定输入文件的选项：

-s [<.tpr>] （白杨.tpr）
便携式 xdr 运行输入文件

-n [<.ndx>] （索引.ndx）
索引文件

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
弹道： 狂喜 TRR CPT 伟大 g96 资料库 TNG

指定输出文件的选项：

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
结构文件： 伟大 g96 资料库 中断特别是

其他选项：

-b (0)
从轨迹读取的第一帧 (ps)

-e (0)
从轨迹读取的最后一帧 (ps)

-dt (0)
仅在 t MOD dt = 第一次 (ps) 时使用帧

-[现在 （否）
查看输出 .xvg, .xpm, .EPS 和 .pdb 档

-r0 (1)
序列中的第一个残基数

-[无]q （否）
在每一步检查序列的哪一部分是螺旋的

-[否]F （是）
切换到完美的螺旋线

-[无]数据库 （否）
打印调试信息

-[没有]ev （否）
为 ED 编写一个新的“轨迹”文件

-ahxstart (0)
螺旋中的第一个残基

-ahxend (0)
螺旋中的最后一个残基

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