这是可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行的命令 andi，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
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andi - 估计进化距离
概要
安迪 [-jlv[-b INT[-p FLOAT[-m 模型[-t INT] FILES...
商品描述
安迪 估计密切相关的基因组之间的进化距离。 为了这 安迪
读取输入序列 FASTA 文件并计算成对锚点距离。 这
Haubold 等人在一篇论文中解释了这背后的想法。 （见下文）。
OUTPUT
输出是一个对称的距离矩阵 飞利浦 格式，每个条目代表
散度为正实数。 距离为零意味着两个序列是
相同，而其他值是核苷酸取代率的估计值（Jukes-
康托尔更正）。 由于技术原因，比较可能会失败，无法估计
计算。 在这种情况下 南 被打印。 这要么意味着输入序列是
太短 (<200bp) 或太多样化 (K>0.5) 使我们的方法无法正常工作。
配置
-b, --引导程序
计算多个距离矩阵，用 正1 从一开始就引导。 见
论文 Klötzl & Haubold (2016, in review) 的详细解释。
-j, - 加入
如果您的每个人都使用此模式 FASTA 文件代表一个程序集，其中包含许多
重叠群。 安迪 然后将每个文件包含的所有序列视为一个
基因组。 在此模式下，必须通过命令行提供至少一个文件名
论据。 对于输出，文件名用于标识每个序列。
-l, - 记忆不足
在多线程模式下， 安迪 需要与线程数量成线性关系的内存。 这
低内存模式将其更改为与使用数量无关的恒定需求
线程。 不幸的是，这带来了巨大的运行时成本。
-m, - 模型
支持不同的核苷酸进化模型。 默认情况下 Jukes-Cantor
使用校正。
-p
锚对的意义； 默认值：0.05。
-t
要使用的线程数； 默认情况下，使用所有可用的处理器。
多线程仅在以下情况下可用 安迪 是在 OpenMP 支持下编译的。
-v, --详细
打印附加信息。 多次应用以获得额外的冗长。
-h, - 帮帮我
打印概要和可用选项的说明。
- 版
输出版本信息和确认。
版权
版权所有 © 2014、2015 Fabian Klötzl 许可证 GPLv3+：GNU GPL 版本 3 或更高版本。
这是免费软件：您可以自由更改和重新分发它。 没有任何保证，
在法律允许的范围内。 完整的许可证文本可在
<http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
致谢
1) andi：Haubold, B. Klötzl, F. 和 Pfaffelhuber, P. (2015)。 andi：快速准确
密切相关基因组之间进化距离的估计
2) 算法：Ohlebusch, E. (2013)。 生物信息学算法。 序列分析，基因组
重排和系统发育重建。 第 118f 页。
3) SA 构建：Mori, Y. (2005)。 改进的两阶段后缀的简短描述
排序算法。 http://homepage3.nifty.com/wpage/software/itssort.txt
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