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asn2all - 从 ASN.1 生物数据生成报告

概要

asn2all [-[-A ACC[-F 文件名[-G[-J n[-K n[-M[-T[-X[-a 类型[-b[-c]
[-d 径[-f 格式[-h[-i 文件名[-k[-l[-n 政策[-o 文件名[-p 径]
[-r[-v 文件名[-x 分机]

商品描述

asn2all 主要用于从二进制 ASN.1 Bioseq-set 生成报告
从 NCBI ftp 站点（ncbi-asn1 目录）下载的发布文件。 它可以产生
GenBank 和 GenPept 平面文件、FASTA 序列文件、INSDSet 结构化 XML、TinySeq XML、
和亮片式 5 列特征表。

发布文件（具有扩展名 .aso.gz) 应该用
拉链(1)，产生带有扩展名的文件 .aso。 例如， gbpri1.aso 是
灵长类动物部门的第一个文件，以及命令

gunzip gbpri1.aso.gz

将导致 gbpri1.aso 正在创建。 原本的 gbpri1.aso.gz 文件被删除后
解压成功。

In asn2all，要处理的文件名由 -i 命令行
争论。 用 -a t 表明它是一个发布文件和 -b 表明它是
二进制 ASN.1。 从 Entrez 获取的文本 ASN.1 文件可以通过使用 -a a
而不是 -a t -b.

核苷酸和蛋白质记录可以同时处理。 使用 -o 争论
指示核苷酸输出文件，以及 -v 蛋白质输出文件的参数。

这个 -f 参数确定要生成的格式，并有更详细的记录
（以及其他选项）在下一节。

配置

下面是选项的摘要。

- 打印使用信息

-A 加入
加入获取； 可以采取形式 加入,复杂,标志 协调 复杂
通常应该是 0 和 标志 价值 -1 允许获取外部特征

-F 文件名
加入过滤器文件

-G 轻松的基因组图谱

-J n 序列定位自

-K n 序列定位到

-M Seq-loc 负链

-T 使用线程

-X 扩展限定符输出

-a 类型
输入 ASN.1 类型：
a 自动（默认）
c 串联
z 任何
e序列输入
b 生物序列
s Bioseq 集
m Seq-提交
t 批处理（适用于官方发布；自动检测特定类型）

-b Bioseq-set 是二进制的

-c Bioseq-set 被压缩

-d 径
索引二进制 ASN.1 数据的路径

-f 格式
输出格式：
g GenBank/GenPept（默认）
m GenBank 大师风格
FASTA
d CDS FASTA
e基因FASTA
t 亮片式 5 列特征表
y TinySet XML（类似于 FASTA）
s INSDSSet XML（类似于 GenBank/GenPept）
结构等效的文本 ASN.1
x 结构等效的 XML
c 缓存组件

-h 显示额外的帮助信息

-i 文件名
输入文件名（默认为标准输入）

-k 启用本地提取

-l 提前锁定组件

-n 政策
近 FASTA 政策：
全部
n 仅近（默认）
f 仅远

-o 文件名
核苷酸输出文件名

-p 径
文件路径

-r 启用远程获取

-v 文件名
蛋白质输出文件名

-x 分机 处理整个目录时的文件选择后缀。 （默认是 .aso)

示例

命令

asn2all -i gbpri1.aso -at -b -fg -o gbpri1.nuc -v gbpri1.prt

将从生成 GenBank 和 GenPept 报告 gbpri1.aso.

使用 onworks.net 服务在线使用 asn2all