这是 belvu 命令，可以使用我们的多个免费在线工作站之一在 OnWorks 免费托管服务提供商中运行，例如 Ubuntu Online、Fedora Online、Windows 在线模拟器或 MAC OS 在线模拟器
程序：
您的姓名
belvu - 以好看的颜色查看多个对齐方式。
概要
belvu [选项] |- [X 选项]
|- = 对齐文件或管道。
商品描述
Belvu 以丰富多彩的生物学可解释的方式呈现多个序列比对
方式。
配置
-c 打印保护表。
-l 加载颜色代码文件。
-L 加载标记颜色代码文件。
-m 读取具有匹配序列段的文件。
-r 以“原始”格式读取对齐（名称序列）。
-R 读取对齐时不要解析坐标。
-o 以这种格式将对齐或树写入标准输出并退出。
有效格式：MSF、Mul(Stockholm)、Selex、
FastaAlign，法斯塔，树。
-n 使非冗余启动时的 %identity。
-Q 删除比.
-q 删除比.
-P 在启动时删除部分序列。
-C 不要将坐标写入保存的文件。
-z
保存文件中名称和坐标之间的分隔符。
-a 在屏幕上显示对齐注释（仅限斯德哥尔摩格式）。
-p 输出 HMMER 的随机模型概率。
（基于所有残留物。）
-S
按此顺序对序列进行排序。
a -> 按字母顺序 o -> 按 Swissprot 生物体，按字母顺序 s -> 按分数 n ->
通过邻居加入树 u -> 通过 UPGMA 树 S -> 通过与第一个序列 i 的相似性
-> 通过身份到第一个序列
-s
读取分数文件。
-T 以通过方法计算的树开始：
n -> Neighbor-joining u -> UPGMA N -> Neighbor-joining，只显示树 U -> UPGMA，
只显示树 c -> 不要按生物体为树着色 o -> 不显示序列
树中的坐标 s -> 使用 Storm & Sonnhammer 距离校正 r -> 使用
未校正距离
-b <#>
打印出#bootstrapped 树并退出
（负值 -> 在屏幕上显示引导树）
-O
在此标签后读取生物体信息（默认操作系统）
-t
设置窗口标题。
-g 绘制网格线（用于调试）。
-u 从无色对齐开始（更快）。
-h 显示此帮助。
-v 显示版本信息。
一些 X 选项： -acefont 主要字体。 -字体 菜单字体。
使用 onworks.net 服务在线使用 belvu
