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cmemit - 来自协方差模型的样本序列

概要

发送 [选项]

商品描述

发送 程序样本（发出）来自协方差模型的序列 , 和
将它们写入输出。 采样序列可用于多种目的，
包括为基准测试或测试创建合成真阳性。

默认是从每个 CM 中采样 XNUMX 个未对齐的序列。 或者，使用 -c
选项，您可以发出单个多数规则共识序列； 或与 -a 选项，你
可以发出对齐。

可能包含一个 CM 库，在这种情况下，将依次使用每个 CM。

可能是“-”（破折号），这意味着从 标准输入 而不是一个文件。

对于具有零碱基对的模型，序列是从配置文件 HMM 过滤器中采样的
CM的。 但是，由于这些模型几乎相同（除非特殊选项
被用于 构建 为了防止这种情况），使用 HMM 而不是 CM 不会改变
以显着的方式输出，除非 -l 选项被使用。 和 -l, HMM 将是
配置为等概率模型开始和结束位置，而 CM 不会。 你可以
力 发送 总是从 CM 中采样 ——诺姆蒙利 选项。

配置

-h 帮助; 打印命令行用法和可用选项的简短提醒。

-o 将合成序列保存到文件 而不是将它们写入标准输出。

-N 产生 序列。 默认值为 是10。

-u 以未对齐的格式 (FASTA) 写入生成的序列。 这是默认的
行为。

-a 以一致的对齐格式 (STOCKHOLM) 编写生成的序列
结构注释而不是 FASTA。 其他输出格式是可能的
--输出格式 选项。

-c 预测单个多数规则一致序列而不是采样序列
来自 CM 的概率分布。 高度保守的残基（碱基配对
得分高于 3.0 位的残基，或得分高于 XNUMX 位的单链残基
高于 1.0 位）以大写形式显示； 其他以小写字母显示。

-e 将 CM 发出的序列嵌入到更大的随机生成的长度序列中
由 HMM 生成，该 HMM 在真实基因组序列上进行了各种训练
GC 内容（使用相同的 HMM cm校准）。 您可以使用 --iid 选项
生成 25% A、C、G 和 U 序列。 CM 发出的序列将开始
在较大序列中的随机位置，并将包含在其
除非整体 --u5p or --u3p 选项被使用。 什么时候 -e 在使用
与...结合 --u5p， CM 发出的序列将始终从位置 1 开始
较大的序列，将被截断 5'。 组合使用时 --u3p CM
发出的序列将始终在位置结束 更大的序列，将是
截断 3'。

-l 在发出序列之前将 CM 配置为本地模式。 默认模型
将处于全局模式。 本地模式下，大的插入和删除比较多
比全局模式常见。

配置 用于 截断 发射 序列

--u5p 在随机选择的起始位置截断所有发出的序列 , 仅由
输出残基开始于 . 随机选择不同的起点
对于每个序列。

--u3p 在随机选择的结束位置截断所有发出的序列 , 仅由
将残基输出到位置 . 随机选择不同的终点
对于每个序列。

--a5p
结合 -a 选项，随机截断发出的对齐
选择的起始比赛位置 , 通过只输出位置的对齐列
赛后状态 - 1。 必须是介于 0 和共识之间的整数
模型的长度（可以使用 统计数据 程序。 作为特别
情况下，使用 0 作为 将导致随机选择的起始位置。

--a3p
结合 -a 选项，随机截断发出的对齐
选定的比赛结束位置 , 通过只输出位置的对齐列
比赛前状态 + 1。 必须是介于 1 和共识之间的整数
模型的长度（可以使用 统计数据 程序）。 作为一个
特殊情况，使用 0 作为 将导致随机选择的结束位置。

其他 配置

- 种子
用种子随机数生成器 , 一个整数 >= 0。如果 非零，
序列的随机抽样将是可重复的； 相同的命令将给出
相同的结果。 如果 为0，随机数生成器任意播种，
并且随机采样会因同一命令的运行而异。 这
默认种子为 0。

--iid -e， 生成更大的序列，每个 A、C、G 和 U 占 25%。

--rna 指定发出的序列作为 RNA 序列输出。 这是真的
默认。

- 脱氧核糖核酸 指定发出的序列作为 DNA 序列输出。 默认情况下，
输出字母是 RNA。

--idx
指定发出的序列命名为 . . By
默认 是1。

--输出格式
-一种， 将输出对齐格式指定为 . 可接受的格式是：Pfam、
AFA、A2M、Clustal 和 Phylip。 AFA 对齐 fasta。 只有 Pfam 和斯德哥尔摩
对齐格式将包括共识结构注释。

--t文件
将每个发出的序列的表格序列解析树（回溯）转储到文件
. 主要用于调试。

--exp
将 CM 的发射和转移概率取幂为 然后
在发出序列之前重新归一化这些分布。 此选项更改
解析树相对于默认值的 CM 概率分布。 和 少于
1.0 发出的序列在与
厘米。 和大于 1.0，发出的序列将倾向于具有更高的位
与 CM 对齐时的分数。 此位得分差异将随着
向任一方向远离 1.0。 如果等于 1.0，这个选项
相对于默认值没有影响。 此选项对于生成序列很有用
要么更难（ < 1.0) 或更容易 ( > 1.0) 让 CM
区分为与背景同源的随机序列。

--嗯嗯
从滤波器配置文件 HMM 而不是 CM 发出。

——诺姆蒙利
永远不要从过滤器配置文件 HMM 发出，始终使用 CM，即使对于具有
零碱基对。

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