cmtk - 云端在线

程序：

您的姓名

cmtk - 计算形态测量工具包

概要

CMTK [选项]

商品描述

该帮助脚本提供了对 CMTK 提供的所有命令行工具的统一访问。
请指定 CMTK 要运行的命令及其选项。 看 cmtk- (1) 联机帮助页或
输出 CMTK - 帮帮我 为了具体选项

指令

细分
使用仿射后跟非刚性 B 样条将目标图像注册到图集
注册，然后将图集标签映射重新格式化为目标图像。

段_sri24
将目标图像注册到 SRI24 人脑图谱的选定通道，然后
将地图集标签映射之一重新格式化为目标图像。 注：假设
目标图像是头骨剥离的，即只包含大脑。

平均仿射
此工具计算用户提供的一系列仿射坐标的平均值
转换。

平均图像
此工具计算像素平均、方差、标准偏差、z 分数或
来自用户提供的强度图像列表的熵图像。

平均标签
使用部分体积的平均共同注册标签图像

平均adm
使用活动计算平均形状平均强度图像和变形图
变形模型。

连接仿射
此工具计算多个仿射坐标的显式串联
转换，每个转换都可以选择性地反转。

转换变形
此工具转换非刚性 B 样条自由格式变形坐标
不同表示之间的转换（例如，绝对与相对
向量）。 还创建分数变换。

转换
此工具可在图像文件格式和像素数据类型之间进行转换。 也可以申请
过程中进行简单、通用的图像操作。 任意数量
可以在命令行上指定操作，这将完全应用于
给定的命令。

数据库工具
这个工具修改和查询图像和转换之间的数据库
他们。

dcm2图像
将 DICOM 切片集组合到 3D 图像堆栈

描述
此工具将输入文件的详细描述打印为图像或
转换。

条纹
该程序可纠正采集的图像堆栈中的条纹伪影，这些伪影可能是由于
切片间强度尺度差异。

检测adni_phantom
该工具检测 3D 图像中所有球形地标的位置
Magphan EMR051 结构成像幻影（又名 ADNI Phantom）。

检测球体匹配过滤器
该工具检测三维图像中的球形物体。

自由度
将仿射变换从自由度表示转换为矩阵形式

dwi_mask_bad_slices
该工具读取一组 3D 扩散加权 MR 图像并找到坏切片。 一个坏
扩散图像中的切片被检测为平均强度在
所有对应切片的均值周围的指定间隔
剩余的扩散图像。

外经
校正回波平面图像中 B0 场不均匀性引起的失真（例如，
扩散加权图像）使用两幅以相反相位编码获得的图像
方向。

fib2图像
来自 UNC 光纤跟踪工具的光纤跟踪结果是从标准输入读取的
并将所有纤维点绘制成 3D 图像。 结果写入其中之一
支持的图像文件格式。

纤维状
从 UNC 光纤跟踪工具中读取包含光纤跟踪结果的文件
应用标准输入和一个或多个（串联）坐标变换
到所有纤维点坐标。 结果被写入标准输出，再次在
UNC 光纤文件格式。

电影 该工具将交错的输入图像拆分为通过图像，共同注册它们，
并重建运动校正图像

过滤
此工具应用空间过滤运算符，包括 cnotent-sensitive
运算符，基于选择性高斯核。

拟合仿射场
将线性仿射变换拟合到非刚性变换，无论是 B 样条
自由变形或非参数变形场。

fit_affin_xform
将线性仿射变换拟合到串联的列表中，可选地反转，
转换。

fit_affine_xform_landmarks
将线性仿射变换拟合到一组匹配的地标。

拟合样条场
将参数化非刚性变换（B 样条自由形式变形）拟合到
变形场

fit_spline_xform
将参数化非刚性变换（B 样条自由形式变形）拟合到列表
连接的，可选的反转，转换。

视图

地理匹配
该工具读取两个或多个图像并测试它们的网格尺寸、像素
大小和图像到空间的转换匹配。 可选地，所有图像都是
在执行测试之前重新定向到标准方向。 如果所有图像都匹配，
工具返回退出代码 0，否则返回退出代码 2。
错误（例如，无法读取其中一张图像），退出代码为 1。

m 使用一般线性对多幅图像中的像素强度进行统计建模
模型。

GMM 使用高斯混合的 EM 算法将图像分割为 c 个类别
可选先验。

表格
此工具已弃用。 请改用streamxform。

分组仿射
该工具同时注册大量输入图像，无需模板，
使用“凝结”算法或基于
互信息的连续逼近 ('RMI')。

分组初始化
计算一组输入图像的初始仿射对齐，可用作
分组注册输入

分组扭曲
该工具非刚性地同时注册一组输入图像，无需
模板，使用“凝结”算法或分组相似性度量
基于互信息（'RMI'）的连续近似。

豪斯多夫
此工具计算两个标签图像之间的 Hausdorff 距离。

直方图
创建图像强度的直方图并作为制表符分隔的文本文件写入
标准输出

图像数学
使用基于堆栈的后缀表示法对图像执行操作。

交错坏片
该工具读取 3D 图像的时间序列并检测异常值。

迭代形状平均

吉达 该工具将交错的输入图像拆分为通过图像，共同注册它们，
并重建运动校正图像

水平集
使用最小区域方差的前景/背景的水平集类型分割
能源

工商银行
该工具结合了来自共同注册和
使用局部加权的基于形状的平均重新格式化地图集。

LSBA 该工具结合了来自共同注册和重新格式化的多个二进制分段
使用局部加权的基于形状的平均的地图集。

投票
该工具结合了共同注册和重新格式化的地图集的多个分段
使用局部加权投票。

make_initial_affine
通过对齐质心或主轴来计算初始仿射变换

mat2dof
将变换矩阵转换为自由度

麦咖啡
使用基于直方图或基于协方差的多通道仿射图像配准
联合熵测度

麦克沃普
使用基于直方图的多通道非刚性 B 样条图像配准或
基于协方差的联合熵测量

mk_adni_phantom
生成 ADNI 结构成像校准体模（又名 Magphan）的图像
EMR051)。

mk_analyze_hdr
根据用户提供的参数，根据 Analzye 7.5 格式制作头文件
几何、数据类型、方向等。

mk_nifti_hdr
根据用户提供的参数，根据 NIFTI 文件格式制作头文件
几何、数据类型、方向等。

mk_phantom_3d
使用一系列绘图命令生成 3D 数字幻影图像

姆比亚斯
该程序使用偏差校正 MR 图像中的强度不均匀伪影
通过熵最小化估计的场。

交叠
计算两个或多个图像之间的重叠度量

探测器
此工具在用户提供的图像列表中打印像素值或符号标签
坐标。

像素搜索
此工具读取图像文件，以及来自标准的像素坐标列表
输入。 对于每个像素，在图像中的局部邻域中搜索
最大值。 然后将最大值的位置写入标准输出。

重新格式化
扩展的体积重新格式化工具，用于计算重新格式化的图像和雅可比映射
任意串联变换序列

注册
该程序使用多分辨率执行刚性和仿射图像配准
基于体素的图像相似性度量的优化。

注册x
该程序使用多分辨率执行刚性和仿射图像配准
基于体素的图像相似性度量的优化。

回归
变形场和图像的线性（和高阶多项式）回归。

重新定向
在图像方向之间转换，即物理重新排序像素阵列并适应
存储的解剖方向信息

SBA 使用欧几里德距离变换的平均分段（标签字段）。 全部
输入图像必须在同一空间中。 EDT 也在这个空间中计算。 看
http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 有关底层算法的详细信息。

斯拜 使用欧几里德距离变换的平均分段（标签字段）。 这个
工具通过从 EDT 插值来执行关节插值和平均。 这个
要求输入是从相同的固定到（不一定）的转换
不同的动态图像。 EDT 计算是在每个运动图像的空间中完成的。
我们 http://dx.doi.org/10.1109/TIP.2006.884936 有关底层证券的详细信息
算法。

序列
分析从标准输入读取的数值序列

相似
计算相似性度量，例如强度差异或标签重叠
两个图像。

分裂
将体积图像拆分为子图像，即将交错图像分成通道

统计
图像像素强度的统计计算，即均值和标准
偏差

流像素
此工具读取一个或多个图像并将其所有像素写入标准输出
二进制形式。 可选地，每个图像都可以重新定向到指定的解剖结构
方向和/或转换为不同的数据类型。 这对管道很有用
图像数据通过管道，例如，Camino DTI 工具包。

流形
从标准输入和用户读取点坐标的 ASCII 格式列表
提供的坐标变换序列（每个都可以选择反转）被应用
给他们。 然后将转换后的点写入标准输出。

符号
计算图像的近似对称平面以确定，例如，
人脑图像中的中矢状面。 支持多种形式的输出，
例如，将对称平面绘制到输入图像中，或者输入
图像沿对称平面重新排列。

符号
计算图像的近似对称平面以确定，例如，
人脑图像中的中矢状面。 支持多种形式的输出，
例如，将对称平面绘制到输入图像中，或者输入
图像沿对称平面重新排列。

测试
统计显着性的逐像素检验。 还计算相关性和 z 分数

未分裂
将单独的图像堆栈连接到一个交错的图像卷中

反扭曲图像幻影
此工具计算多项式变换或 B 样条自由形式
变形以解开图像。 转换基于预期和检测
在同一台扫描仪上获取的结构体模图像中的地标。 使用
“detect_adni_phantom”工具用于检测图像中 ADNI Phantom 的地标和
生成适合与此工具一起使用的幻像描述文件。

卷2csv
此工具计算标签图像中的区域体积。 它可选地接受
密度图（例如，对于不同的组织）并计算和打印每个区域
每个的内容。 此外，该工具可以接受可选的“像素体积”地图来说明
对于局部像素体积变化，例如，由于空间失真。

体积注射
从多个共同注册的（低分辨率）重建高分辨率卷
使用前向体积注入的图像

体积重建
使用逆插值从共同配准的图像迭代体积重建
或联合去模糊

VTKX形式
从标准输入和用户提供的坐标中读取 ASCII 格式的 VTK 文件
变换（可选反转）应用于顶点坐标。 一个VTK
然后将带有转换点的文件写入标准输出。

经 该程序使用多分辨率优化执行非刚性图像配准
基于体素的图像相似性度量和多分辨率 B 样条
转换模型。

翘曲2ps
将变形场写入 PostScript 格式的变形网格以进行可视化和
插图

经纱
该程序使用多分辨率优化执行非刚性图像配准
基于体素的图像相似性度量和多分辨率 B 样条
转换模型。

xform2d 字段
将参数刚性或非刚性变换转换为变形场，采样于
给定参考图像的像素位置

xform2itk
该工具将坐标变换从 CMTK 格式转换为 ITK 格式，并且在
该过程，也纠正了图像坐标约定的差异

xform2标量
该工具从变换和变形场中提取标量度量，
在网格位置采样，并将结果写入图像。 支持的例子
标量度量是：变换的 x、y、z 分量、变换的幅度
变换和雅可比行列式。

作者

Torsten Rohlfing，Michael P. Hasak、Greg Jefferis、Calvin R.
Maurer、Daniel B. Russakoff 和 Yaroslav Halchenko

使用 onworks.net 服务在线使用 cmtk